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- PDB-5kjy: Co-crystal structure of PKA RI alpha CNB-B mutant (G316R/A336T) w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kjy
タイトルCo-crystal structure of PKA RI alpha CNB-B mutant (G316R/A336T) with cAMP
要素cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cyclic nucleotide / cAMP-dependent protein kinase / nucleotide selectivity / cyclic nucleotide binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm head-tail coupling apparatus / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / nucleotide-activated protein kinase complex / ALK mutants bind TKIs / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / sarcomere organization / cAMP-dependent protein kinase complex / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / PKA activation ...sperm head-tail coupling apparatus / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / nucleotide-activated protein kinase complex / ALK mutants bind TKIs / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / sarcomere organization / cAMP-dependent protein kinase complex / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / PKA activation / ciliary base / negative regulation of activated T cell proliferation / protein kinase A catalytic subunit binding / mesoderm formation / plasma membrane raft / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / cardiac muscle cell proliferation / cAMP binding / Hedgehog 'off' state / multivesicular body / cellular response to glucagon stimulus / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / intracellular signal transduction / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / protein-containing complex / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain ...cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lorenz, R. / Moon, E. / Kim, J.J. / Huang, G.Y. / Kim, C. / Herberg, F.W.
資金援助 ドイツ, 米国, 3件
組織認可番号国
Federal Ministry of Education and Research GrantFKZ 0316177F (No Pain) ドイツ
The Center for Interdisciplinary Nanostructure Science and Technology (CINSaT) of the University of Kassel ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)2R01GM090161-06 米国
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2017
タイトル: Mutations of PKA cyclic nucleotide-binding domains reveal novel aspects of cyclic nucleotide selectivity.
著者: Lorenz, R. / Moon, E.W. / Kim, J.J. / Schmidt, S.H. / Sankaran, B. / Pavlidis, I.V. / Kim, C. / Herberg, F.W.
履歴
登録2016年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年8月2日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4162
ポリマ－17,0871
非ポリマー3291
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.700, 98.700, 36.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細monomer according to gel filtration

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要素

#1: タンパク質 cAMP-dependent protein kinase type I-alpha regulatory subunit / Tissue-specific extinguisher 1 / TSE1


分子量: 17086.668 Da / 分子数: 1 / 変異: G316R, A336T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAR1A, PKR1, PRKAR1, TSE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P10644
#2: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.68 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 2.5M NaCl, 0.1M sodium acetate/acetic acid pH 4.7, 0.2M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月5日
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→33.31 Å / Num. obs: 13793 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.1_743精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RGS

1rgs


解像度: 2→32.307 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2214 684 4.96 %
Rwork0.1746 --
obs0.177 13791 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / Bsol: 53.095 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.7765 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.7765 Å20 Å2
3----3.5531 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→32.307 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1105 0 22 82 1209
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071159
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0821572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.855446
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.15450.26991370.21212593X-RAY DIFFRACTION100
2.1545-2.37130.25591350.20422608X-RAY DIFFRACTION100
2.3713-2.71420.25241350.1882624X-RAY DIFFRACTION100
2.7142-3.41910.23111370.16662629X-RAY DIFFRACTION100
3.4191-32.31130.1931400.16012653X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.9558-2.0381-5.34117.21524.29054.76960.3570.8515-0.4423-0.8657-0.4216-0.55870.39840.07440.18620.47380.16040.02790.2970.02090.346150.9719-23.3582.5897
23.42290.80223.67889.0080.65613.9948-0.1865-0.859-0.91620.19280.00280.66071.3128-0.69490.10580.3173-0.01230.05070.21030.00730.283339.7806-20.855111.0432
34.96183.72482.75214.5134.10033.9348-0.06460.0998-0.2473-0.58850.0807-0.16740.3331-0.1967-0.00020.38650.0023-0.06920.1991-0.01090.262242.7133-22.40980.2186
46.8386-3.08350.60984.9132-0.48613.8842-0.01330.38070.9049-0.1514-0.3163-0.3819-0.93990.45110.2070.3598-0.0044-0.05150.16470.06060.247548.60370.44165.7818
54.7566-1.8249-1.14925.68630.17451.1635-0.0850.27610.1997-0.5395-0.01180.0585-0.42850.32270.0390.3121-0.0244-0.0580.09010.02520.120945.9606-7.56877.8993
63.1891-1.4269-0.08732.41650.77723.2713-0.3126-0.01520.81230.0683-0.05980.1951-0.642-0.42610.23480.35620.091-0.05290.2791-0.03280.31839.65785.705616.295
73.2179-0.983-0.47277.3411-0.47112.33180.2112-0.0088-0.0105-0.3242-0.15740.5241-0.1538-0.3046-0.07420.30720.0188-0.02240.1854-0.04210.188739.9567-4.69228.7851
89.19472.9891.87915.98451.25314.4502-0.08070.48160.0435-0.9017-0.02780.3365-0.2588-0.17580.13720.39110.0415-0.03930.16760.0190.176744.3286-10.73130.7068
99.0407-5.2675-7.04289.53146.27269.653-0.19020.2961-0.4338-0.3148-0.01291.10320.4333-0.69580.10960.2832-0.0657-0.10110.3073-0.00440.412131.7913-15.20394.9269
102.0961-0.25920.23963.60475.37658.2894-0.3512-0.99380.4180.9689-0.03351.3740.0503-1.51220.37040.39150.10080.12030.4852-0.05880.494432.0374-2.78916.1855
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 236:250)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 251:258)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 259:274)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 275:288)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 289:303)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 304:316)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 317:342)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 343:356)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 357:370)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resseq 371:377)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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