PDB-5kiu: VCP-interacting membrane protein (VIMP)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kiu

タイトル

VCP-interacting membrane protein (VIMP)

要素

Selenoprotein S

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / p97 adaptor protein / VCP-interacting membrane protein / VIMP

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of nitric oxide metabolic process / Derlin-1-VIMP complex / negative regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of macrophage apoptotic process / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of D-glucose import / low-density lipoprotein particle / very-low-density lipoprotein particle / Derlin-1 retrotranslocation complex / response to redox state ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Tang, W.K. / Xia, D.

引用

ジャーナル: Cell Discov / 年: 2017
タイトル: Structural basis for nucleotide-modulated p97 association with the ER membrane.
著者: Tang, W.K. / Zhang, T. / Ye, Y. / Xia, D.

履歴

登録	2016年6月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kiu.cif.gz	44.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kiu.ent.gz	32 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kiu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5kiu_validation.pdf.gz	406 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kiu_full_validation.pdf.gz	406 KB	表示
XML形式データ	5kiu_validation.xml.gz	4.9 KB	表示
CIF形式データ	5kiu_validation.cif.gz	6.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/5kiu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/5kiu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5kiwC 5kiyC 2q2fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2q2f-d 2aqa-d 1w5k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Selenoprotein S

9.73 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.729, 17.973, 33.993
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.58, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Selenoprotein S / SelS / VCP-interacting membrane protein 分子量: 9729.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VIMP, SELS, AD-015, SBBI8 / 発現宿主: Bacteria (unknown) / 参照: UniProt: Q9BQE4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.33 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MES, pH 6.0, 20 % 2-propanol, 20 % PEG MME 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→60.58 Å / Num. obs: 3854 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / R_merge(I) obs: 0.286

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2Q2F

2q2f

解像度: 2.2→60.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 17.438 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.323 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24434	173	4.5 %	RANDOM
R_work	0.18576	-	-	-
obs	0.1885	3681	97.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.188 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0 Å²	3.07 Å²
2-	-	-1.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→60.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	631	0	0	17	648

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	636
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	664
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.943	1.964	845
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.059	3	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.535	5	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.193	23.714	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.532	15	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.862	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	705
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	146
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.114	3.388	303
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.036	3.367	302
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.221	5.041	377
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.221	5.064	378
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.776	4.301	333
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.771	4.317	334
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.245	6.178	469
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.991	26.768	720
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.092	26.745	716
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.202→2.259 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	15	-
R_work	0.262	251	-
obs	-	-	87.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9902	3.0446	-2.1657	7.4322	-2.6032	3.0293	0.0146	0.1908	-0.011	-0.1688	-0.0491	-0.3506	-0.0588	-0.0223	0.0345	0.0792	0.019	-0.0306	0.0385	0.0215	0.0858	33.6162	14.6151	47.3202
2	2.6093	2.2754	-3.7124	4.174	-1.9199	6.0995	-0.1659	-0.1096	-0.0625	-0.1419	0.0048	0.0831	0.251	0.2649	0.1611	0.1056	-0.0024	-0.0234	0.124	0.0086	0.0282	27.0728	-3.3337	60.5088
3	12.093	0.8513	-8.5955	5.0805	4.3001	10.9114	0.3654	0.2803	0.2757	-0.2836	-0.1237	-0.0299	-0.5695	-0.3806	-0.2417	0.1077	0.0748	-0.0163	0.1207	0.0268	0.0388	16.0729	-7.5807	72.1795
4	11.6599	2.4606	-6.1303	3.0199	-3.478	5.6124	0.0386	0.1453	-0.2616	0.006	-0.0616	-0.0645	-0.1827	-0.1503	0.0231	0.0582	0.0429	0.0483	0.119	-0.0062	0.066	3.8399	-9.6466	81.4468
5	13.6709	1.4516	-9.1589	0.4553	-0.0245	9.1233	0.0905	-0.3777	-0.0816	0.0029	-0.0556	-0.0364	-0.0813	0.1866	-0.0349	0.0013	-0.0036	0.0013	0.0997	0.0166	0.0085	-8.6474	-11.8928	90.1334
6	16.2662	2.3443	-2.75	1.8885	-3.8081	7.9731	-0.1735	-0.1985	-0.4447	0.0807	-0.0425	-0.131	-0.2028	0.0556	0.216	0.0174	-0.0145	0.0063	0.0766	0.0336	0.054	-22.9618	-15.1459	99.0035

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	47 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	63 - 77
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	78 - 88
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	89 - 98
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	99 - 109
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	110 - 121

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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