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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kiu | ||||||
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タイトル | VCP-interacting membrane protein (VIMP) | ||||||
要素 | Selenoprotein S | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / p97 adaptor protein / VCP-interacting membrane protein / VIMP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of nitric oxide metabolic process / negative regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / Derlin-1-VIMP complex / negative regulation of macrophage apoptotic process / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / negative regulation of D-glucose import / very-low-density lipoprotein particle / low-density lipoprotein particle / Derlin-1 retrotranslocation complex ...regulation of nitric oxide metabolic process / negative regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / Derlin-1-VIMP complex / negative regulation of macrophage apoptotic process / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / negative regulation of D-glucose import / very-low-density lipoprotein particle / low-density lipoprotein particle / Derlin-1 retrotranslocation complex / response to redox state / retrograde protein transport, ER to cytosol / regulation of gluconeogenesis / ER overload response / ubiquitin-specific protease binding / cytoplasmic microtubule / antioxidant activity / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / response to glucose / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / ERAD pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / cell redox homeostasis / establishment of protein localization / negative regulation of inflammatory response / cellular response to insulin stimulus / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / signaling receptor activity / cellular response to oxidative stress / ATPase binding / cellular response to lipopolysaccharide / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / endoplasmic reticulum / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Tang, W.K. / Xia, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2017 タイトル: Structural basis for nucleotide-modulated p97 association with the ER membrane. 著者: Tang, W.K. / Zhang, T. / Ye, Y. / Xia, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5kiu.cif.gz | 44.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5kiu.ent.gz | 32 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5kiu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5kiu_validation.pdf.gz | 406 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5kiu_full_validation.pdf.gz | 406 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5kiu_validation.xml.gz | 4.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5kiu_validation.cif.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/5kiu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/5kiu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9729.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VIMP, SELS, AD-015, SBBI8 / 発現宿主: Bacteria (unknown) / 参照: UniProt: Q9BQE4 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.33 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M MES, pH 6.0, 20 % 2-propanol, 20 % PEG MME 2000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→60.58 Å / Num. obs: 3854 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.286 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2Q2F 解像度: 2.2→60.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 17.438 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.323 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.188 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→60.58 Å
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拘束条件 |
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