[日本語] English
万見
- PDB-5kin: Crystal structure of tryptophan synthase alpha beta complex from ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kin
タイトルCrystal structure of tryptophan synthase alpha beta complex from Streptococcus pneumoniae
要素
  • Tryptophan synthase alpha chain
  • Tryptophan synthase beta chain
キーワードLYASE / Structural Genomics / CSGID / tryptophan synthase A / tryptophan synthase B / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme ...Tryptophan synthase, alpha chain / Tryptophan synthase, alpha chain, active site / Tryptophan synthase alpha chain / Tryptophan synthase alpha chain signature. / Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tryptophan synthase beta chain / Tryptophan synthase alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Chang, C. / Michalska, K. / Bigelow, L. / Jedrzejczak, R. / ANDERSON, W.F. / JOACHIMIAK, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Conservation of the structure and function of bacterial tryptophan synthases.
著者: Michalska, K. / Gale, J. / Joachimiak, G. / Chang, C. / Hatzos-Skintges, C. / Nocek, B. / Johnston, S.E. / Bigelow, L. / Bajrami, B. / Jedrzejczak, R.P. / Wellington, S. / Hung, D.T. / Nag, P. ...著者: Michalska, K. / Gale, J. / Joachimiak, G. / Chang, C. / Hatzos-Skintges, C. / Nocek, B. / Johnston, S.E. / Bigelow, L. / Bajrami, B. / Jedrzejczak, R.P. / Wellington, S. / Hung, D.T. / Nag, P.P. / Fisher, S.L. / Endres, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2016年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年5月9日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id ..._atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 3.02019年9月18日Group: Data collection / Database references / Polymer sequence
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity_poly / pdbx_database_related
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_poly.pdbx_target_identifier
改定 3.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase alpha chain
B: Tryptophan synthase beta chain
C: Tryptophan synthase alpha chain
D: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,7467
ポリマ－144,4694
非ポリマー2763
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9360 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area47710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.697, 71.160, 138.682
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Tryptophan synthase alpha chain


分子量: 27765.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: trpA, SP_1811 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97P33, tryptophan synthase
#2: タンパク質 Tryptophan synthase beta chain


分子量: 44469.051 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 4-402 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: modified residue 91 LLP
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: trpB, SP_1812 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97P32, tryptophan synthase
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Tris-Cl, 25% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793373 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 48447 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 38.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.166 / Χ2: 1.69 / Net I/av σ(I): 14.277 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 174816
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.45-2.493.30.7423860.6830.4720.880.84199.8
2.49-2.543.50.72124120.7090.4510.8520.851100
2.54-2.593.70.70424040.7080.4360.8310.85199.9
2.59-2.643.70.66124130.760.4030.7760.846100
2.64-2.73.70.5923860.7970.3620.6931.014100
2.7-2.763.70.48424410.8570.2960.5690.995100
2.76-2.833.70.45324130.8540.2750.531.06100
2.83-2.93.70.39524210.9050.2420.4641.084100
2.9-2.993.70.3324290.9060.20.3871.122100
2.99-3.093.70.27324220.9260.1670.3211.248100
3.09-3.23.70.22323910.9490.1360.2621.42799.9
3.2-3.323.70.18624240.9490.1150.2191.592100
3.32-3.483.70.15724110.9480.0970.1861.78399.9
3.48-3.663.60.12424390.9810.0760.1462.00999.8
3.66-3.893.60.11124260.9810.070.1322.41399.8
3.89-4.193.60.09824400.9790.0620.1172.79399.6
4.19-4.613.50.08224110.9860.0520.0983.00399.3
4.61-5.283.40.07424440.9870.0480.0892.93299.3
5.28-6.653.40.07824520.9880.050.0932.78499.5
6.65-503.30.05724820.9910.0370.0683.64297.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2386精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NEG

4neg


解像度: 2.45→49.126 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2275 2264 4.76 %
Rwork0.1805 45342 -
obs0.1828 47606 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.16 Å2 / Biso mean: 49.1718 Å2 / Biso min: 12.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→49.126 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9877 0 18 109 10004
Biso mean--63.01 40.13 -
残基数----1297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00210113
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50813715
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031797
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4946033
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.45-2.50330.3121430.26728112954100
2.5033-2.56160.33181450.253727982943100
2.5616-2.62560.3341580.259428162974100
2.6256-2.69660.31671560.2527852941100
2.6966-2.77590.33581570.243828172974100
2.7759-2.86550.31371320.237628412973100
2.8655-2.96790.27521300.229628402970100
2.9679-3.08670.28481340.2228673001100
3.0867-3.22720.28671270.215828352962100
3.2272-3.39730.23011300.206928522982100
3.3973-3.61010.25791150.182128482963100
3.6101-3.88870.20291320.167728222954100
3.8887-4.27990.18061420.143228552997100
4.2799-4.89870.17221630.13042823298699
4.8987-6.16990.18321630.14522834299799
6.1699-49.1360.16351370.1372898303598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3107-0.11540.39871.6305-0.21591.1430.16070.1390.007-0.47060.2030.57820.0297-0.55520.14110.60090.0907-0.12630.71930.00580.322446.687742.8314-2.466
20.77350.15370.43660.4215-0.31670.63140.11940.2611-0.2334-0.1948-0.04690.030.1171-0.117100.60250.0877-0.07360.6952-0.13160.349756.602938.90844.266
30.34650.21370.02160.1622-0.01630.033-0.48730.30440.65620.01520.18960.0766-0.44440.0476-0.00670.76970.1941-0.11080.7507-0.03380.510951.338560.37611.2499
40.01660.01020.00760.00620.00930.01470.08980.0034-0.1698-0.14980.44320.0460.18620.29190.00020.90150.0846-0.07921.5426-0.19010.940836.571452.8825.2701
50.194-0.22880.03680.2701-0.02660.14140.01020.04140.0107-0.2776-0.24280.7075-0.0106-0.4748-0.00720.7040.0314-0.11840.8853-0.02120.478236.619443.43374.3333
60.677-0.39380.05110.84340.19810.99550.05110.2440.1385-0.1803-0.1978-0.1327-0.1903-0.1449-0.00310.21240.07690.03370.23340.04720.19275.779760.987631.2555
70.4102-0.3466-0.34180.89490.43661.47030.09360.2786-0.1419-0.0898-0.23230.00080.2151-0.7103-0.06240.27860.1485-0.04190.4895-0.1080.277858.009158.586931.8623
80.5551-0.2260.05110.1562-0.06040.62880.14820.15990.0347-0.0623-0.0724-0.0948-0.0538-0.02400.25760.04370.03970.2270.02720.261584.577756.658832.1698
90.3520.06910.3692-0.00030.06440.39390.24360.2287-0.1120.0482-0.20090.02350.249-0.0462-00.48230.0494-0.01230.4545-0.01220.337872.796841.384624.4873
100.2739-0.13530.27750.60930.4050.83640.18980.0132-0.04370.0991-0.0815-0.07020.1759-0.153800.23170.00980.01070.18910.02250.251478.953143.141244.61
111.3664-0.3952-0.02871.1122-0.08110.6285-0.0446-0.1816-0.01010.19270.0567-0.0678-0.1003-0.0100.2609-0.05790.02980.2481-0.04910.210564.681455.9423102.0392
120.4450.4164-0.42230.5665-0.57830.820.1068-0.3751-0.05610.1721-0.1735-0.26780.01810.5344-0.01290.3391-0.0089-0.03340.3675-0.00430.31283.206854.971498.9224
130.3656-0.0406-0.43810.23-0.0490.5708-0.1717-0.3706-0.210.2363-0.0359-0.10780.08620.13020.00010.3270.0103-0.0070.3160.03650.37373.088340.4871103.954
140.12040.05040.14390.2326-0.1150.2985-0.0121-0.22680.0920.15990.0149-0.2174-0.30190.1397-00.276-0.0339-0.03180.2378-0.02830.300882.008866.383181.1511
150.1972-0.06980.0790.0273-0.01150.26960.0856-0.02350.013-0.0577-0.1025-0.0388-0.237-0.19010.00430.15010.06160.03480.15380.02450.248574.881169.049753.8505
160.3887-0.0540.05260.57810.64531.29720.0275-0.0954-0.01930.0741-0.166-0.09350.1497-0.3562-0.05270.1238-0.06170.00940.11240.00170.217475.52951.001469.5772
170.4032-0.15290.21680.76360.52620.62040.0055-0.03080.0540.017-0.0447-0.0273-0.2521-0.1169-0.00140.18820.02950.04080.12140.00010.265872.976776.632162.5326
180.02930.0824-0.15770.1842-0.36050.67450.084-0.1463-0.120.1318-0.0468-0.0995-0.0547-0.3008-0.00020.26030.00540.01020.2818-0.040.298460.637168.03676.7422
190.57560.056-0.01660.20710.29310.4368-0.11930.20990.1307-0.0867-0.22560.1414-0.0849-0.1762-0.16390.17730.112-0.01830.2751-0.04890.323155.094469.334356.8988
200.53590.11750.58070.6381-0.20260.78640.11750.00120.07570.3752-0.08480.01990.0558-0.36880.00190.19390.04750.03730.3032-0.01080.227457.505167.986255.606
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 31 )A2 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 151 )A32 - 151
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 152 through 210 )A152 - 210
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 211 through 224 )A211 - 224
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 225 through 258 )A225 - 258
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 4 through 92 )B4 - 92
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 93 through 200 )B93 - 200
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 201 through 264 )B201 - 264
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 265 through 327 )B265 - 327
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 328 through 402 )B328 - 402
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 138 )C1 - 138
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 139 through 203 )C139 - 203
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 204 through 258 )C204 - 258
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 4 through 39 )D4 - 39
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 40 through 92 )D40 - 92
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 93 through 200 )D93 - 200
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 201 through 264 )D201 - 264
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 265 through 327 )D265 - 327
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 328 through 348 )D328 - 348
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 349 through 402 )D349 - 402

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る