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万見
- PDB-4neg: The crystal structure of tryptophan synthase subunit beta from Ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4neg
タイトルThe crystal structure of tryptophan synthase subunit beta from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'
要素Tryptophan synthase beta chain
キーワードLYASE / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


L-tryptophan metabolic process / tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Tryptophan synthase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.201 Å
データ登録者Tan, K. / Zhang, R. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of tryptophan synthase subunit beta from Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'
著者: Tan, K. / Zhang, R. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2013年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase beta chain
B: Tryptophan synthase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6198
ポリマ－89,1472
非ポリマー4726
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area25000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)200.762, 49.037, 76.494
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Tryptophan synthase beta chain


分子量: 44573.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor
遺伝子: Bacillus anthracis, BAS1161, BA_1253, GBAA_1253, trpB
プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)majic / 参照: UniProt: Q81TL8, tryptophan synthase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.97 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Li2SO4, 0.1M Tris, 25%(w/v) PEG 400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935, 0.97935, 0.97945
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月2日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979351
20.979451
反射解像度: 2.2→45.5 Å / Num. all: 37647 / Num. obs: 37647 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique all: 1881 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARPモデル構築
WARPモデル構築
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.201→44.885 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2172 1877 5 %random
Rwork0.175 ---
all0.1772 37568 --
obs0.1772 37568 99.49 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.201→44.885 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4785 0 27 75 4887
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074888
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0336604
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.521743
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066750
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005848
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.201-2.260.31051360.25312669X-RAY DIFFRACTION97
2.26-2.32650.2751390.2272744X-RAY DIFFRACTION99
2.3265-2.40160.26391370.21122686X-RAY DIFFRACTION99
2.4016-2.48750.25421380.20542745X-RAY DIFFRACTION100
2.4875-2.5870.27761450.20972762X-RAY DIFFRACTION100
2.587-2.70480.24841200.19742725X-RAY DIFFRACTION100
2.7048-2.84740.29621490.20322724X-RAY DIFFRACTION100
2.8474-3.02570.23281500.19722759X-RAY DIFFRACTION100
3.0257-3.25930.26831440.19752761X-RAY DIFFRACTION100
3.2593-3.58710.22981360.17412752X-RAY DIFFRACTION100
3.5871-4.10590.17911790.15192738X-RAY DIFFRACTION100
4.1059-5.17180.16331400.13352797X-RAY DIFFRACTION100
5.1718-44.89420.20281640.17022829X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6493-1.45010.16061.6907-0.51961.93790.11760.3382-0.1267-0.1999-0.14480.29660.0488-0.2403-0.01310.2997-0.03260.00920.3227-0.11270.3609-35.582-2.7022-15.4972
25.9759-1.4363-0.75674.8389-0.08173.56460.3682-0.11290.6777-0.057-0.17190.0807-0.3516-0.2796-0.18270.35340.0590.06610.4516-0.06270.4486-41.281214.0467-15.2795
38.3376-7.51110.74439.4347-1.88911.79110.1427-0.1331-0.4335-0.396-0.02030.55430.2726-0.3378-0.08990.2956-0.07690.01430.3555-0.09310.3107-35.4014-9.3337-10.5291
44.1960.752-1.04462.8295-0.94362.79070.0817-0.34560.31810.1099-0.030.3147-0.1275-0.1883-0.06430.271-0.01410.01950.3962-0.10330.2738-26.4485-2.33220.3506
56.0735.96464.74477.38343.78196.1656-0.10621.0274-1.2707-0.03150.334-0.46140.37061.1544-0.1790.44760.13690.07950.76560.04970.47611.4722-10.4976-22.9959
65.7372-5.7021-4.69925.66054.66993.8631-0.00580.1527-1.4005-0.345-0.04040.1210.5599-0.0710.04990.4466-0.00330.04320.3913-0.0160.5454-9.111-15.3515-20.2964
78.2742-4.16465.93954.5703-4.49476.4910.09970.3271-0.0378-0.3040.09090.1276-0.3115-0.7539-0.2850.32860.09820.01040.5461-0.05150.26-25.83361.1595-31.8523
85.39490.6764-0.02623.69670.66333.34260.18650.2330.7511-0.2139-0.2889-0.273-0.30750.38270.07360.2836-0.00520.03690.43770.08380.34710.27853.1635-16.792
95.89721.54984.36882.8002-0.82636.52190.16570.6894-0.1694-0.136-0.19740.09610.36020.35590.00810.35780.08720.03420.4975-0.07340.316-12.8396-7.5247-32.4171
104.0991-0.0095-3.2978.1473-3.12015.29050.3380.8152-0.1282-0.2507-0.397-0.81660.19320.29970.02910.40.11120.05530.8292-0.04970.3451-12.9853-0.8031-40.0629
115.16480.0044-0.23673.12710.68515.75610.35680.53890.4795-0.3340.1476-0.15-0.8572-0.0025-0.49520.47850.0960.13630.54110.12720.4699-20.171110.2264-35.4438
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 20 through 103 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 104 through 200 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 201 through 224 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 225 through 394 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 19 through 37 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 38 through 54 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 55 through 84 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 85 through 200 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 201 through 224 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 225 through 261 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 262 through 392 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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