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- PDB-5kin: Crystal structure of tryptophan synthase alpha beta complex from ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5kin | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of tryptophan synthase alpha beta complex from Streptococcus pneumoniae | ||||||||||||
![]() |
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![]() | LYASE / Structural Genomics / CSGID / tryptophan synthase A / tryptophan synthase B / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||||||||
Function / homology | ![]() | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Chang, C. / Michalska, K. / Bigelow, L. / Jedrzejczak, R. / ANDERSON, W.F. / JOACHIMIAK, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||||||||
![]() | ![]() Title: Conservation of the structure and function of bacterial tryptophan synthases. Authors: Michalska, K. / Gale, J. / Joachimiak, G. / Chang, C. / Hatzos-Skintges, C. / Nocek, B. / Johnston, S.E. / Bigelow, L. / Bajrami, B. / Jedrzejczak, R.P. / Wellington, S. / Hung, D.T. / Nag, ...Authors: Michalska, K. / Gale, J. / Joachimiak, G. / Chang, C. / Hatzos-Skintges, C. / Nocek, B. / Johnston, S.E. / Bigelow, L. / Bajrami, B. / Jedrzejczak, R.P. / Wellington, S. / Hung, D.T. / Nag, P.P. / Fisher, S.L. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
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Downloads & links
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 44.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 60.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5kzmC ![]() 4negS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 27765.680 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC BAA-334 / TIGR4 / Gene: trpA, SP_1811 / Plasmid: pMCSG68 / Production host: ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 44469.051 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 4-402 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: modified residue 91 LLP Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC BAA-334 / TIGR4 / Gene: trpB, SP_1812 / Plasmid: pMCSG68 / Production host: ![]() ![]() #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Tris-Cl, 25% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 16, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793373 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.45→50 Å / Num. obs: 48447 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 38.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.166 / Χ2: 1.69 / Net I/av σ(I): 14.277 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 174816 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4NEG Resolution: 2.45→49.126 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.7 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 135.16 Å2 / Biso mean: 49.1718 Å2 / Biso min: 12.06 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.45→49.126 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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