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- PDB-5ki9: Crystal structure of human beta-defensin 4 (HBD4) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ki9
タイトルCrystal structure of human beta-defensin 4 (HBD4)
要素Beta-defensin 104
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / DEFENSIN / ANTIMICROBIAL / CHEMOTACTIC / DIMERIZATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Beta defensins / Defensins / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / positive chemotaxis / chemoattractant activity / monocyte chemotaxis / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Beta-defensin / Beta defensin
類似検索 - ドメイン・相同性
trifluoroacetic acid / Beta-defensin 104
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Jacek, L. / Adam, P. / Marzenam, P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human beta-Defensin 4: defensin without the "twist"
著者: Adam, P. / Marzenam, P. / Jerry, A. / Jacek, L.
履歴
登録2016年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-defensin 104
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6595
ポリマ－5,2571
非ポリマー4024
水30617
1
A: Beta-defensin 104
ヘテロ分子

A: Beta-defensin 104
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,31910
ポリマ－10,5142
非ポリマー8048
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area3070 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area6290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.704, 41.704, 52.945
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細author states the biological assembly is unknown

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Beta-defensin 104 / Beta-defensin 4 / hBD-4 / Defensin / beta 104


分子量: 5257.094 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-65 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LYSINE RESIDUES ARE DI-METHYLATED / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DEFB104A, DEFB104, DEFB4, DEFB104B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WTQ1
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid / トリフルオロ酢酸


分子量: 114.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2HF3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 25.5% PEG 8,000, 0.085 M sodium acetate buffer pH 4.5, 0.17 M Lithium Sulfate, 15% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 6994 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 16.6 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 1.697 / Net I/av σ(I): 90.17 / Net I/σ(I): 16.7 / Num. measured all: 116371
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.55-1.587.30.86518
1.58-1.6111.70.7031100
1.61-1.6412.40.5091100
1.64-1.6712.20.4261100
1.67-1.7112.60.3191100
1.71-1.7512.20.2741100
1.75-1.7912.50.1971100
1.79-1.8412.30.151100
1.84-1.8912.40.1191100
1.89-1.9512.40.0941100
1.95-2.0212.30.0831100
2.02-2.112.20.071100
2.1-2.216.60.1771100
2.2-2.3225.80.21100
2.32-2.4625.80.1351100
2.46-2.6525.60.1131100
2.65-2.9225.20.0881100
2.92-3.3423.90.0621100
3.34-4.2121.60.0491100
4.21-5015.60.0411100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC5.5.0104精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 5.658 / SU ML: 0.087 / SU R Cruickshank DPI: 0.1588 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.115
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2678 645 9.8 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.2336 5916 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 170.24 Å2 / Biso mean: 51.173 Å2 / Biso min: 30.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20 Å20 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---0.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数363 0 21 17 401
Biso mean--56.03 74.82 -
残基数----43
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.021389
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.052.047523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.294542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.16120.520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.2581557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.028157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02292
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.881.5214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9642341
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.4523175
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.5144.5182
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.9263389
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 46 -
Rwork0.29 416 -
all-462 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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