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- PDB-5kh9: Crystal structure of a low occupancy fragment candidate (5-[(4-Is... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kh9
タイトルCrystal structure of a low occupancy fragment candidate (5-[(4-Isopropylphenyl)amino]-6-methyl-1,2,4-triazin-3(2H)-one) bound in the ubiquitin binding pocket of the HDAC6 zinc-finger domain
要素Histone deacetylase 6
キーワードHYDROLASE / HISTONE DEACETYLASE / HDAC / HDAC6 / FRAGMENT SCREENING / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / DIAMOND I04-1 XCHEM / PANDDA
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of hydrogen peroxide metabolic process / cellular response to topologically incorrect protein / polyubiquitinated misfolded protein transport / positive regulation of cellular response to oxidative stress / negative regulation of aggrephagy / positive regulation of cholangiocyte proliferation / response to misfolded protein / positive regulation of protein oligomerization / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / type 2 mitophagy ...negative regulation of hydrogen peroxide metabolic process / cellular response to topologically incorrect protein / polyubiquitinated misfolded protein transport / positive regulation of cellular response to oxidative stress / negative regulation of aggrephagy / positive regulation of cholangiocyte proliferation / response to misfolded protein / positive regulation of protein oligomerization / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / type 2 mitophagy / positive regulation of RIG-I signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex disassembly / peroxidase inhibitor activity / regulation of establishment of protein localization / erythrocyte enucleation / regulation of autophagy of mitochondrion / protein-containing complex disassembly / tubulin deacetylation / Cilium Assembly / regulation of microtubule-based movement / collateral sprouting / tubulin deacetylase activity / Transcriptional regulation by RUNX2 / histone deacetylase activity, hydrolytic mechanism / lysosome localization / negative regulation of microtubule depolymerization / ATPase inhibitor activity / positive regulation of dendrite morphogenesis / cilium disassembly / misfolded protein binding / positive regulation of type 2 mitophagy / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / dendritic spine morphogenesis / protein deacetylation / aggresome assembly / regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of mitochondrion organization / cellular response to misfolded protein / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / regulation of fat cell differentiation / protein lysine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / microtubule associated complex / aggresome / cellular response to parathyroid hormone stimulus / response to corticosterone / histone deacetylase activity / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / response to dexamethasone / Notch-HLH transcription pathway / negative regulation of gene expression, epigenetic / axonal transport of mitochondrion / dynein complex binding / cell leading edge / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / response to immobilization stress / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / histone deacetylase complex / positive regulation of epithelial cell migration / cilium assembly / polyubiquitin modification-dependent protein binding / alpha-tubulin binding / regulation of macroautophagy / HSF1 activation / beta-tubulin binding / negative regulation of protein-containing complex assembly / inclusion body / multivesicular body / negative regulation of proteolysis / axon cytoplasm / antiviral innate immune response / response to amphetamine / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / actin filament organization / epigenetic regulation of gene expression / ubiquitin binding / transcription corepressor binding / intracellular protein transport / Hsp90 protein binding / Late endosomal microautophagy / protein destabilization / beta-catenin binding / regulation of protein stability / caveola / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / tau protein binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / histone deacetylase binding / cellular response to hydrogen peroxide / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Chaperone Mediated Autophagy / protein polyubiquitination / Aggrephagy / actin binding / cellular response to heat / microtubule binding / perikaryon / microtubule / regulation of autophagy
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) ...Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6T5 / FORMIC ACID / Protein deacetylase HDAC6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.07 Å
データ登録者Harding, R.J. / Tempel, W. / Ravichandran, M. / Collins, P. / Pearce, N. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Schapira, M. / Bountra, C. / Edwards, A.M. ...Harding, R.J. / Tempel, W. / Ravichandran, M. / Collins, P. / Pearce, N. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Schapira, M. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / von Delft, F. / Santhakumar, V. / Arrowsmith, C.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Small Molecule Antagonists of the Interaction between the Histone Deacetylase 6 Zinc-Finger Domain and Ubiquitin.
著者: Harding, R.J. / Ferreira de Freitas, R. / Collins, P. / Franzoni, I. / Ravichandran, M. / Ouyang, H. / Juarez-Ornelas, K.A. / Lautens, M. / Schapira, M. / von Delft, F. / Santhakumar, V. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2016年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,44240
ポリマ－11,9331
非ポリマー51039
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area320 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area6180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.434, 44.157, 56.549
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Histone deacetylase 6 / HD6


分子量: 11932.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC6, KIAA0901, JM21 / プラスミド: pET28-lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) codon plus / 参照: UniProt: Q9UBN7, histone deacetylase

-
非ポリマー , 6種, 118分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-6T5 / 6-methyl-5-[(4-propan-2-ylphenyl)amino]-2~{H}-1,2,4-triazin-3-one


分子量: 244.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H16N4O
#5: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 33 / 由来タイプ: 合成
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2M Na-formate, 0.2M Na-acetate pH4.6, 5% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.07→34.81 Å / Num. obs: 46238 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 256160
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.07-1.13.10.9571.1196.6
4.79-34.815.60.04145199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.26データスケーリング
REFMAC5.8.0151精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化開始モデル: pdbid 3C5K

3c5k


解像度: 1.07→34.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 0.931 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Users of this crystal structure: verify our intepretion of the electron density. Amplitudes and unmerged intensities are included with this deposition. Diffraction images will be deposited in ...詳細: Users of this crystal structure: verify our intepretion of the electron density. Amplitudes and unmerged intensities are included with this deposition. Diffraction images will be deposited in a public repository. Geometry restraints for the fragment candidate were prepared with GRADE. Ambiguous difference density suggests some form of covalent modification of Cys1147.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1503 2104 4.6 %RANDOM
Rwork0.1356 ---
obs0.1363 44074 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 193.07 Å2 / Biso mean: 14.755 Å2 / Biso min: 7.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.75 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.4 Å2-0 Å2
3---1.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.07→34.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数778 0 58 79 915
Biso mean--32.92 28.67 -
残基数----100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.019897
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02797
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6151.9211241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.11131839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3165114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.08824.76242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.43915122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.94151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211139
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4321.248430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.431.248431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9781.881543
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.23131694
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free33.838531
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.79151739
LS精密化 シェル解像度: 1.07→1.098 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 158 -
Rwork0.303 3111 -
all-3269 -
obs--96.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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