[日本語] English
万見
- PDB-5kh1: Shigella flexneri Effector IpaH1880 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kh1
タイトルShigella flexneri Effector IpaH1880
要素Invasion plasmid antigen
キーワードLIGASE / Shigella / Effector / E3 Ligase / Ubiquitin
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation of process of another organism / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / host cell cytoplasm / protein ubiquitination / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Novel E3 ligase domain / C-terminal novel E3 ligase, LRR-interacting / LRR-containing bacterial E3 ligase, N-terminal / Type III secretion system leucine rich repeat protein / : / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RING-type E3 ubiquitin transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Nishide, A. / Mizushima, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)15H04341 日本
Grant-in-Aid for JSPS Fellows14J10879 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Shigella flexneri Effector IpaH1880
著者: Nishide, A. / Mizushima, T.
履歴
登録2016年6月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Invasion plasmid antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8601
ポリマ－66,8601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area29520 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)56.316, 80.058, 298.346
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Invasion plasmid antigen


分子量: 66859.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: ipaH_4, SF1880 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q83R64

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.1%(w/v) Tacsimate pH6.0 100mM Bis-Tris/HCl pH6.5 16% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 9062 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 92.8779608153 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 25.3
反射 シェル解像度: 3.4→3.46 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.533 / % possible all: 86.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
PHASER位相決定
BUCCANEERモデル構築
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CVR

3cvr


解像度: 3.4→44.011 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3046 471 5.22 %RANDOM
Rwork0.2388 ---
obs0.2423 9019 92.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→44.011 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4421 0 0 0 4421
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114514
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7116147
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7132750
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07697
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009809
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4003-3.89210.36321410.29872579X-RAY DIFFRACTION86
3.8921-4.90260.34881550.25342837X-RAY DIFFRACTION93
4.9026-44.01460.26251750.21163132X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.4278 Å / Origin y: -6.016 Å / Origin z: -38.3649 Å
111213212223313233
T0.7069 Å2-0.065 Å2-0.0321 Å2-0.7777 Å2-0.0258 Å2--0.5475 Å2
L0.1978 °2-0.0744 °2-0.0535 °2-1.1174 °2-1.6377 °2--2.0759 °2
S-0.0182 Å °0.4869 Å °-0.0352 Å °-0.3856 Å °-0.0041 Å °0.0103 Å °0.4116 Å °-0.0994 Å °-0.001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る