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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kh1 | |||||||||
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タイトル | Shigella flexneri Effector IpaH1880 | |||||||||
![]() | Invasion plasmid antigen | |||||||||
![]() | LIGASE / Shigella / Effector / E3 Ligase / Ubiquitin | |||||||||
機能・相同性 | ![]() : / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / host cell cytoplasm / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Nishide, A. / Mizushima, T. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Shigella flexneri Effector IpaH1880 著者: Nishide, A. / Mizushima, T. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 235.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 190 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 460.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3cvrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66859.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ipaH_4, SF1880 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 2.1%(w/v) Tacsimate pH6.0 100mM Bis-Tris/HCl pH6.5 16% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 9062 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 92.8779608153 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 25.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.46 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.533 / % possible all: 86.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3CVR 解像度: 3.4→44.011 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.27 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.4→44.011 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -12.4278 Å / Origin y: -6.016 Å / Origin z: -38.3649 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |