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万見
- PDB-5kgq: NMR structure and dynamics of Q4DY78, a conserved kinetoplasid-sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kgq
タイトルNMR structure and dynamics of Q4DY78, a conserved kinetoplasid-specific protein from Trypanosoma cruzi
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / conserved
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者D'Andrea, E.D. / Retel, J.S. / Diehl, A. / Schmieder, P. / Oschkinat, H. / Pires, J.R.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)141688/2011-4 ブラジル
CAPES99999.011648/2013-09 ブラジル
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: NMR structure and dynamics of Q4DY78, a conserved kinetoplasid-specific protein from Trypanosoma cruzi.
著者: D'Andrea, E.D. / Retel, J.S. / Diehl, A. / Schmieder, P. / Oschkinat, H. / Pires, J.R.
履歴
登録2016年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
改定 1.52024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5261
ポリマ－12,5261
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 12526.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053511907.89 / プラスミド: pGEX-4T2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Star / 参照: UniProt: Q4DY78

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
212isotropic12D 1H-15N HSQC
323isotropic22D 1H-13C HSQC
131isotropic12D 1H-1H TOCSY
141isotropic12D 1H-1H NOESY
353isotropic23D CBCA(CO)NH
363isotropic23D HN(CA)CB
272isotropic13D HBHA(CO)NH
282isotropic13D 1H-15N TOCSY
393isotropic13D (H)CCH-COSY
3103isotropic23D (H)CCH-TOCSY
3113isotropic13D HNCO
2122isotropic23D 1H-15N NOESY
3133isotropic23D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.4 mM Unlabeled Q4DY78, 90% H2O/10% D2OUnlabeled, 0.4 mM, PBS buffer (10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4, 140 mM NaCl, 2.7 mM KCl), pH 7.4, added 10 mM DTTUnlabeled90% H2O/10% D2O
solution20.3 mM [U-100% 15N] Q4DY78, 90% H2O/10% D2O15N labeled, 0.3 mM, PBS buffer (10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4, 140 mM NaCl, 2.7 mM KCl), pH 7.4, added 10 mM DTT15N labeled90% H2O/10% D2O
solution30.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Q4DY78, 90% H2O/10% D2O13C, 15N double-labeled, 0.8 mM, in PBS buffer (10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4, 140 mM NaCl, 2.7 mM KCl), pH 7.4, added 10 mM DTT13C, 15N double-labeled90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMQ4DY78Unlabeled1
0.3 mMQ4DY78[U-100% 15N]2
0.8 mMQ4DY78[U-100% 13C; U-100% 15N]3
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1Unlabeled, 0.4 mM, PBS buffer (10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4, 140 mM NaCl, 2.7 mM KCl), pH 7.4, added 10 mM DTT10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4, 140 mM NaCl, 2.7 mM KCl mMunlabeled7.4 1 atm298 K
215N labeled, 0.3 mM, PBS buffer (10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4, 140 mM NaCl, 2.7 mM KCl), pH 7.4, added 10 mM DTT10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4, 140 mM NaCl, 2.7 mM KCl mM15N labeled7.4 1 atm298 K
313C, 15N double-labeled, 0.8 mM, in PBS buffer (10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4, 140 mM NaCl, 2.7 mM KCl), pH 7.4, added 10 mM DTT10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4, 140 mM NaCl, 2.7 mM KCl mM13C, 15N double-labeled7.4 1 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001Triple resonance probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002Triple resonance cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.1Bruker Biospincollection
TopSpin3.1Bruker Biospin解析
Sparky3.114Goddardpeak picking
Sparky3.114Goddardchemical shift assignment
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CNS1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
詳細: structures are based on a total of 2387 restraints, 2171 are NOE-derived distance constraints, 144 dihedral angle restraints, 72 distance restraints from hydrogen bonds
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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