PDB-5kdp: E491A mutant of choline TMA-lyase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kdp

タイトル

E491A mutant of choline TMA-lyase

要素

Choline trimethylamine-lyase

キーワード

LYASE / mutant / radical

機能・相同性

機能・相同性情報

choline trimethylamine-lyase / choline trimethylamine lyase activity / carbon-nitrogen lyase activity / choline catabolic process / choline binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfovibrio alaskensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Funk, M.A. / Drennan, C.L.

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2016
タイトル: Molecular Basis of C-N Bond Cleavage by the Glycyl Radical Enzyme Choline Trimethylamine-Lyase.
著者: Bodea, S. / Funk, M.A. / Balskus, E.P. / Drennan, C.L.

履歴

登録	2016年6月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月2日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kdp.cif.gz	929.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kdp.ent.gz	782 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kdp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5kdp_validation.pdf.gz	465.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kdp_full_validation.pdf.gz	476.8 KB	表示
XML形式データ	5kdp_validation.xml.gz	70.8 KB	表示
CIF形式データ	5kdp_validation.cif.gz	107.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/5kdp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/5kdp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fauC 5favC 5fawSC 5fayC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fav-d 6vue-d 5fay-d 5a0u-4 5a0u-1 5faw-d 21601 21600 6a0r-1 5ymr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Choline trimethylamine-lyase

C: Choline trimethylamine-lyase

ヘテロ分子

184 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	228.922, 228.922, 78.924
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Choline trimethylamine-lyase / Choline TMA-lyase / Choline utilization protein C / Glycyl radical enzyme CutC / GRE CutC 分子量: 91528.086 Da / 分子数: 2 / 変異: E491A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfovibrio alaskensis (バクテリア) 株: G20 / 遺伝子: cutC, Dde_3282 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q30W70, choline trimethylamine-lyase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION 分子量: 102.046 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1586 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.45 % / 解説: large, thin rods
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.0-1.2 M sodium malonate pH 7.0-8.0 / PH範囲: 7-8 / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月4日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 164734 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 26.35 Å² / R_sym value: 0.1 / Net I/σ(I): 18.4
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 11.9 % / R_merge(I) obs: 0.776 / Mean I/σ(I) obs: 4.06 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FAW

5faw

解像度: 1.9→49.471 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.5

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2444	4917	3 %	random
R_work	0.2144	-	-	-
obs	0.2153	163752	99.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.471 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12666	0	44	1588	14298

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	13027
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.616	17644
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.321	7828
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	1892
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2305

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9216-1.9442	0.3233	410	0.3003	4924	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9679-1.9928	0.3135	410	0.2866	4969	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0467-2.076	0.2971	409	0.2734	4994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1069-2.1399	0.2825	410	0.2619	5032	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2125-2.2527	0.2879	410	0.2552	5040	X-RAY DIFFRACTION	100
2.296-2.3429	0.2858	410	0.248	5022	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4495-2.5108	0.2553	408	0.2383	5028	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5786-2.6545	0.2773	410	0.2443	5038	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8381-2.9517	0.2659	410	0.2254	5062	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0861-3.2487	0.2374	410	0.218	5049	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7187-4.0928	0.1985	410	0.1737	5136	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6846-5.9006	0.1857	410	0.1514	5188	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.378	0.2646	0.0391	0.3496	-0.1578	0.2047	0.0372	-0.0645	0.0565	0.1834	0.0326	0.1013	-0.1551	-0.5039	0.066	0.1503	0.0579	0.0239	0.5841	0.0083	0.3086	453.9197	-38.0435	44.3748
2	0.303	0.0226	-0.134	0.2546	0.164	0.2338	-0.0082	0.0803	0.1359	-0.1741	0.0928	0.1411	-0.3852	-0.4937	0.061	0.1586	0.2143	-0.0022	0.4745	0.0566	0.2984	460.5242	-25.5668	32.1643
3	-0.0007	0.0515	-0.0446	0.1513	-0.177	0.202	0.0523	-0.0719	0.016	0.123	-0.0027	-0.0266	-0.0089	-0.2836	0.0105	0.1341	-0.007	0.0173	0.3475	-0.005	0.2073	463.4353	-42.8978	50.8934
4	0.1559	0.0634	-0.173	0.2265	-0.1317	0.3563	-0.0407	0.0416	0.0237	-0.0962	0.0712	0.0107	0.1902	-0.461	0.0337	0.1454	-0.097	-0.0038	0.4426	0.0245	0.2313	460.8715	-54.2619	32.5497
5	0.11	-0.023	0.102	0.0079	0.0037	0.0879	0.0084	-0.0123	0.0367	-0.0186	-0.0201	-0.0194	-0.1053	-0.0106	0	0.1732	-0.0045	-0.0099	0.2362	0.0127	0.2028	477.5805	-32.728	9.798
6	0.0943	-0.0077	-0.1915	0.1478	0.0462	0.3929	0.028	0.0402	-0.0056	-0.0517	0.0033	0.0037	0.0581	-0.3884	-0.0016	0.1569	-0.0226	-0.026	0.316	0.0103	0.2285	469.0618	-44.6094	10.9975
7	0.2141	0.0373	0.041	0.0491	-0.0925	0.3359	0.0423	0.0758	0.0212	0.0784	0.0497	0.1298	-0.0857	-0.6879	0.0205	0.2036	-0.059	-0.0171	0.6949	0.0319	0.2874	450.9124	-50.5107	15.8143
8	0.0166	-0.0267	-0.0685	0.1756	0.2903	0.4468	-0.1189	0.0813	-0.0839	-0.1326	0.0402	-0.0608	0.2259	0.3911	-0.1828	0.4347	0.129	0.0367	0.1663	-0.0263	0.2002	514.1772	-74.0744	11.2886
9	0.1623	0.0166	-0.1628	0.1509	0.0753	0.2488	0.0493	-0.1596	-0.1196	0.0088	-0.1173	-0.0104	0.4568	0.4395	-0.0383	0.4669	0.2281	0.004	0.2207	0.0286	0.2106	515.4822	-78.7855	30.1751
10	0.0936	-0.0059	-0.0717	0.1287	0.0201	0.1809	0.0068	0.1173	0.0111	-0.0161	-0.0214	-0.0201	0.0957	0.1425	0.0001	0.2328	0.0456	0.0056	0.212	0.0103	0.204	513.4535	-57.8593	16.3293
11	0.4198	0.0118	0.1668	0.1288	0.1302	0.4776	0.0204	0.0493	-0.0203	-0.0375	-0.0087	0.0276	0.3033	-0.0493	0.0005	0.3085	0.008	0.0108	0.142	-0.0086	0.1937	497.1491	-71.5898	10.4274
12	0.1055	0.1026	0.0236	0.0968	-0.0141	0.3314	0.149	-0.1645	0.0283	0.1722	-0.1147	0.0403	0.2474	0.088	0.0129	0.3871	-0.0427	0.0431	0.1826	0.0202	0.1677	492.475	-76.9174	48.3156
13	0.2285	0.0179	0.1494	0.2712	0.1091	0.1623	0.0766	0.0575	-0.1033	0.0602	-0.0869	-0.0013	0.4452	-0.0241	-0.0092	0.5054	-0.1231	0.0102	0.0853	-0.0307	0.2022	487.6941	-79.3977	38.2704
14	0.2638	0.1234	0.1099	0.3158	0.1565	0.2479	-0.0043	-0.151	-0.0691	0.0592	-0.0318	0.0837	0.5762	-0.2056	0.0194	0.6079	-0.1189	0.028	0.0889	-0.0088	0.2513	486.5397	-84.6142	26.6078

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 44 through 110 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 111 through 207 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 208 through 330 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 331 through 505 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 506 through 574 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 575 through 770 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 771 through 846 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 41 through 110 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 111 through 207 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 208 through 285 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 286 through 504 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 505 through 574 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 575 through 665 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 666 through 846 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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