PDB-5kbp: The crystal structure of an alpha-mannosidase from Enterococcus f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kbp

タイトル

The crystal structure of an alpha-mannosidase from Enterococcus faecalis V583

要素

Glycosyl hydrolase, family 38

キーワード

HYDROLASE / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-mannosidase activity / mannose metabolic process / oligosaccharide catabolic process / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Tan, K. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of an alpha-mannosidase from Enterococcus faecalis V583
著者: Tan, K. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2016年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kbp.cif.gz	715.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kbp.ent.gz	591.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kbp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5kbp_validation.pdf.gz	456.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kbp_full_validation.pdf.gz	466.3 KB	表示
XML形式データ	5kbp_validation.xml.gz	60.2 KB	表示
CIF形式データ	5kbp_validation.cif.gz	83 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/5kbp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/5kbp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2wyi-d 4nca-d 5gq9-d 20553 3hvr-d 5xq2-d 6pzk-d 4ncb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP56691

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (14) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyl hydrolase, family 38

B: Glycosyl hydrolase, family 38

ヘテロ分子

208 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.834, 127.834, 223.716
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1091- HOH

#1: タンパク質	Glycosyl hydrolase, family 38 分子量: 102659.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (strain ATCC 700802 / V583) (乳酸球菌) 株: ATCC 700802 / V583 / 遺伝子: EF_1707 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q834E8
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.16 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 Li2SO4, 0.1M Tris:HCl, 2.0M (NH4)2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月15日
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 83104 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 26.1
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.704 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2386	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

解像度: 2.4→50 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.51

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2315	4144	4.99 %	random
R_work	0.1867	-	-	-
obs	0.1889	83021	99.51 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14105	0	120	265	14490

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	14556
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.465	19822
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.775	8606
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	2154
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2581

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4258	0.3692	146	0.2866	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4258-2.4543	0.366	124	0.284	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4543-2.4843	0.3518	111	0.2772	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4843-2.5157	0.3236	152	0.2821	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5157-2.5488	0.3744	142	0.2769	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5488-2.5837	0.3072	109	0.2603	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5837-2.6206	0.3149	112	0.2595	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6206-2.6598	0.3839	127	0.2567	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6598-2.7013	0.3067	134	0.2545	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7013-2.7456	0.306	148	0.2492	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7456-2.7929	0.3263	157	0.2524	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7929-2.8437	0.3495	127	0.2533	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8437-2.8984	0.3172	137	0.2534	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8984-2.9576	0.318	139	0.2503	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9576-3.0219	0.3203	160	0.2529	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0219-3.0921	0.2983	134	0.2557	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0921-3.1695	0.2982	148	0.2407	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1695-3.2551	0.2881	134	0.2255	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2551-3.3509	0.2661	142	0.2035	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3509-3.459	0.2521	132	0.1935	2586	X-RAY DIFFRACTION	99
3.459-3.5826	0.25	146	0.1788	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5826-3.726	0.2176	140	0.1696	2618	X-RAY DIFFRACTION	99
3.726-3.8956	0.1851	144	0.1503	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8956-4.1008	0.1745	139	0.1404	2629	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1008-4.3576	0.159	138	0.134	2614	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3576-4.6939	0.1638	146	0.128	2623	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6939-5.1658	0.1472	139	0.1277	2657	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1658-5.9123	0.2042	126	0.1533	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9123-7.4449	0.1771	177	0.1759	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4449-50	0.2015	134	0.1624	2720	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6868	0.6458	-0.2458	1.9246	0.1133	1.8248	-0.0026	-0.2193	-0.0783	0.0203	-0.0105	-0.0441	0.1413	0.1566	0.0043	0.4153	0.0373	-0.0206	0.3365	0.0142	0.3218	52.2905	-7.9748	45.789
2	3.4445	1.5364	4.4019	1.7417	1.766	7.2251	0.0281	-0.4389	-0.0332	0.2016	-0.1179	0.2729	0.1055	-0.5512	0.0718	0.5057	0.0142	0.0604	0.3406	0.0183	0.4059	38.8554	-11.9851	58.0298
3	0.5309	0.1441	0.1927	1.0047	0.001	0.6933	0.0171	0.143	-0.0282	-0.2769	-0.0128	0.2651	0.0495	-0.1264	-0.0022	0.474	0.0393	-0.1397	0.3733	-0.0121	0.4068	30.7129	4.5771	22.7187
4	2.9264	0.8297	0.4392	2.5793	0.6018	0.6955	-0.0126	0.2758	-0.3558	-0.2473	0.1508	-0.0764	0.1147	0.1441	-0.1192	0.6307	0.0702	-0.0492	0.4142	-0.0327	0.3628	67.9342	-3.644	17.5806
5	2.0415	0.5389	0.7081	2.4214	1.1728	2.1288	-0.059	0.7647	-0.2054	-0.6897	0.2774	-0.3721	-0.0403	0.2357	-0.2138	0.7338	0.0972	0.0824	0.6818	-0.0823	0.4475	81.0441	3.3461	9.8994
6	1.5359	0.2132	0.5291	1.6434	-0.1326	1.4748	0.1303	0.2192	0.012	-0.1468	-0.0764	-0.0337	0.0634	0.1222	-0.0522	0.4587	0.0696	-0.0078	0.3329	0.0003	0.3106	67.218	14.2671	33.218
7	2.6086	-0.0106	-0.3963	1.0527	0.003	0.3944	-0.0493	-0.3408	0.1285	0.2088	0.0746	0.0276	0.0379	-0.1275	-0.0203	0.665	-0.0009	-0.0642	0.4644	0.0385	0.2875	61.4782	24.8678	60.1566
8	1.0378	0.1576	0.6784	1.6774	0.7787	1.1266	-0.0337	0.1233	0.1193	-0.1479	-0.0066	-0.0776	-0.0547	-0.0403	0.0416	0.4562	0.0333	0.0287	0.3384	0.0794	0.2595	66.3126	36.9177	25.1462
9	1.0432	-0.0303	-0.0568	1.0724	-0.3969	1.2799	0.0329	-0.0335	0.0219	0.0765	-0.0621	-0.2518	-0.1104	0.1137	0.0262	0.4176	-0.0045	-0.0808	0.2931	-0.0216	0.3167	83.6703	18.7488	41.8486

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 114 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 115 through 279 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 280 through 895 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 3 through 96 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 97 through 279 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 280 through 390 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 391 through 508 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 509 through 768 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 769 through 895 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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