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- PDB-5kbj: Structure of Rep-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kbj
タイトルStructure of Rep-DNA complex
要素
  • (DNA (32-MER)) x 2
  • Replication initiator A, N-terminal
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Replication initiation / Rep protein / S. aureus / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性Replication initiator A, N-terminal / Replication initiator protein A, C-terminal domain / Replication initiator protein A (RepA) N-terminus / Replication initiator protein A C-terminal domain / DNA / DNA (> 10) / Replication initiator A, N-terminal
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Schumacher, M.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2014
タイトル: Mechanism of staphylococcal multiresistance plasmid replication origin assembly by the RepA protein.
著者: Schumacher, M.A. / Tonthat, N.K. / Kwong, S.M. / Chinnam, N.B. / Liu, M.A. / Skurray, R.A. / Firth, N.
履歴
登録2016年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replication initiator A, N-terminal
B: Replication initiator A, N-terminal
C: Replication initiator A, N-terminal
H: Replication initiator A, N-terminal
D: Replication initiator A, N-terminal
E: Replication initiator A, N-terminal
F: Replication initiator A, N-terminal
G: Replication initiator A, N-terminal
R: DNA (32-MER)
W: DNA (32-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,41210
ポリマ－147,41210
非ポリマー00
水00
1
A: Replication initiator A, N-terminal
B: Replication initiator A, N-terminal
C: Replication initiator A, N-terminal
H: Replication initiator A, N-terminal
R: DNA (32-MER)
W: DNA (32-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5476
ポリマ－83,5476
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19350 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area34630 Å2
手法PISA
2
D: Replication initiator A, N-terminal
E: Replication initiator A, N-terminal
F: Replication initiator A, N-terminal
G: Replication initiator A, N-terminal


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8654
ポリマ－63,8654
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13010 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area27170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.200, 77.500, 100.700
Angle α, β, γ (deg.)80.800, 75.500, 71.900
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Replication initiator A, N-terminal


分子量: 15966.347 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 2-133 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: SAP042A_013, SAP058A_012, SAP071A_014 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2JDC3
#2: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 9843.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 9838.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 28% PEG 400, 0.1 M sodium/potassium phosphate (pH 6.9), 4% PEG 3350, and 10% polyethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→97.1 Å / Num. obs: 28484 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 1.8 % / Net I/σ(I): 7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PQL

4pql


解像度: 3.09→97.1 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 32.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 3682 12.93 %
Rwork0.2245 --
obs0.2313 28484 94.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.27 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / Bsol: 50.273 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 174.19 Å2 / Biso mean: 88.46 Å2 / Biso min: 30.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-28.5235 Å220.9395 Å2-19.3635 Å2
2---4.3348 Å2-4.5826 Å2
3----24.1887 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.09→97.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8747 1312 0 0 10059
残基数----1095
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310368
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64114206
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391542
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021580
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5474162
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0876-3.1980.40183500.36852411276193
3.198-3.3260.36693960.30082449284594
3.326-3.47740.34883900.26842485287594
3.4774-3.66070.28683510.22642473282494
3.6607-3.89010.28453560.20882514287095
3.8901-4.19050.25993780.19232448282695
4.1905-4.61220.23673530.17122490284394
4.6122-5.27950.24683440.19382439278393
5.2795-6.65140.29413920.2552515290796
6.6514-97.15180.23193720.21352578295098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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