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万見
- PDB-5kbd: Structural Studies of Transcription Factor p73 DNA Binding Domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kbd
タイトルStructural Studies of Transcription Factor p73 DNA Binding Domain Bound to PA26 20-mer Response Element
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*AP*AP*GP*TP*CP*T)-3')
  • Tumor protein p73
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / tumor suppressor transcription factor p53 response element / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lung ciliated cell differentiation / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / negative regulation of neuron differentiation ...positive regulation of lung ciliated cell differentiation / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / negative regulation of neuron differentiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / mismatch repair / MDM2/MDM4 family protein binding / : / regulation of mitotic cell cycle / transcription corepressor binding / kidney development / protein tetramerization / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / p53 binding / cell junction / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / positive regulation of MAPK cascade / regulation of cell cycle / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / DNA damage response / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tumour protein p73, SAM domain / Immunoglobulin-like - #720 / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily ...Tumour protein p73, SAM domain / Immunoglobulin-like - #720 / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Tumor protein p73
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Nguyen, H.T. / Huang, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA009523 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Studies of Transcription Factor p73 DNA Binding Domain Bound to PA26 20-mer Response Element
著者: Nguyen, H.T. / Huang, D.
履歴
登録2016年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor protein p73
B: Tumor protein p73
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*AP*AP*GP*TP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*AP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1196
ポリマ－52,9884
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)174.878, 174.878, 34.282
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Tumor protein p73 / p53-like transcription factor / p53-related protein


分子量: 23449.557 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 115-312 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP73, P73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15350
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*CP*AP*AP*GP*TP*CP*T)-3')


分子量: 3069.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*C)-3')


分子量: 3019.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris pH 9.0, 50 mM Sodium Acetate, 16% (w/v) PEG 3350; 2:1 or 4:1 Protein:DNA ratio, 1:1 protein/DNA solution:well solution ratio

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→29.411 Å / Num. obs: 15238 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 20.26
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.737 / Mean I/σ(I) obs: 1.48 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G82

4g82


解像度: 2.8→29.411 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.51
詳細: Simulated annealing, XYZ and B-factor refinement through CNS 1.3. XYZ, B-factor, and TLS refinement through PHENIX.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3076 729 9.98 %
Rwork0.2788 --
obs0.2817 15157 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.411 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3172 410 2 0 3584
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033712
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5465126
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6962186
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003610
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8003-2.89060.49191360.44291230X-RAY DIFFRACTION99
2.8906-2.99390.41071360.39311199X-RAY DIFFRACTION99
2.9939-3.11360.39631450.40561257X-RAY DIFFRACTION100
3.1136-3.25510.42111310.40061208X-RAY DIFFRACTION100
3.2551-3.42650.3561390.35111231X-RAY DIFFRACTION97
3.4265-3.64080.36021320.33011210X-RAY DIFFRACTION100
3.6408-3.92130.3311410.31151252X-RAY DIFFRACTION100
3.9213-4.31490.28121350.26981261X-RAY DIFFRACTION100
4.3149-4.93670.24241390.23471253X-RAY DIFFRACTION99
4.9367-6.21010.26941370.21231238X-RAY DIFFRACTION98
6.2101-29.41250.26261410.21151306X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.2846 Å / Origin y: -67.557 Å / Origin z: -2.5744 Å
111213212223313233
T0.2723 Å2-0.019 Å2-0.034 Å2-0.3801 Å2-0.0616 Å2--0.1653 Å2
L1.9347 °2-0.4266 °2-0.9774 °2-1.6826 °2-0.0222 °2--0.7056 °2
S-0.0198 Å °0.2038 Å °0.1481 Å °-0.0524 Å °-0.0704 Å °-0.0826 Å °-0.0567 Å °0.0216 Å °0.0301 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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