PDB-5kba: Computational Design of Self-Assembling Cyclic Protein Homooligomers

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kba

タイトル

Computational Design of Self-Assembling Cyclic Protein Homooligomers

要素

Designed protein ANK1C2

キーワード

DE NOVO PROTEIN / rosetta / de novo design

機能・相同性

Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.601 Å

データ登録者

Sankaran, B. / Zwart, P.H. / Fallas, J.A. / Pereira, J.H. / Ueda, G. / Baker, D.

引用

ジャーナル: Nat Chem / 年: 2017
タイトル: Computational design of self-assembling cyclic protein homo-oligomers.
著者: Fallas, J.A. / Ueda, G. / Sheffler, W. / Nguyen, V. / McNamara, D.E. / Sankaran, B. / Pereira, J.H. / Parmeggiani, F. / Brunette, T.J. / Cascio, D. / Yeates, T.R. / Zwart, P. / Baker, D.

履歴

登録	2016年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kba.cif.gz	246.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kba.ent.gz	203.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kba.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5kba_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5kba_full_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示
XML形式データ	5kba_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	5kba_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/5kba ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/5kba	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4gmrC 4gpmC 4hb5C 4hxtC 5hryC 5hrzC 5hs0C 5k7vC 5kwdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mog-d 2rbd-d 3bfw-d 6sy0-2 6sy0-1 5klh-2 3zd2-d 2z0u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Designed protein ANK1C2

B: Designed protein ANK1C2

C: Designed protein ANK1C2

D: Designed protein ANK1C2

72.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Designed protein ANK1C2

B: Designed protein ANK1C2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
36.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Designed protein ANK1C2

D: Designed protein ANK1C2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
36.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.372, 48.817, 139.267
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.87, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'A' and (resseq 1:157 )
2	1	1	chain 'B' and (resseq 1:157 )
3	1	1	chain 'C' and (resseq 1:157 )
4	1	1	chain 'D' and (resseq 1:157 )

詳細

Dimer according to SAXS

#1: タンパク質	Designed protein ANK1C2 分子量: 18129.912 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.4 M Sodium Chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 and 30 % PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 19299 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 14.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.2_869	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.601→19.907 Å / SU ML: 0.71 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 25.66

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2388	1017	5.36 %
R_work	0.201	-	-
obs	0.203	18970	97.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / B_sol: 34.722 Å² / k_sol: 0.358 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.9893 Å²	0 Å²	-2.7849 Å²
2-	-	1.0965 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.8928 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.601→19.907 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4724	0	0	95	4819

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4778
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.738	6464
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.863	1766
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	744
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	886

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1172	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1172	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.445
1	3	C	1172	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.641
1	4	D	1172	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.519

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6011-2.7379	0.3339	129	0.2799	2235	X-RAY DIFFRACTION	86
2.7379-2.9089	0.3551	127	0.2722	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9089-3.1328	0.2734	154	0.2493	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1328-3.4465	0.2827	158	0.2202	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4465-3.9419	0.209	153	0.1822	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9419-4.9537	0.2103	142	0.1676	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9537-19.9072	0.1945	154	0.175	2703	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4577	0.2354	-0.0822	0.3265	-0.2451	0.2261	0.0094	-0.0952	0.1185	0.0602	-0.0689	-0.0614	-0.283	-0.0563	-0.0694	0.1642	0.0319	0.0131	0.0833	-0.053	0.2241	-3.4473	21.8214	42.5186
2	0.3871	-0.2381	0.1971	0.9352	-0.6147	0.4166	-0.0152	0.009	0.4795	0.1306	-0.2332	-0.2505	-0.3036	-0.0853	-0.0741	0.2144	0.0316	0.0265	0.1115	0.0013	0.1997	5.6549	19.7251	40.7961
3	0.0441	-0.0595	0.0314	0.1102	0.0138	0.1269	0.0878	-0.0864	-0.0093	0.0533	-0.0208	0.075	-0.0243	0.0156	0.0409	0.1048	-0.2051	-0.038	-0.0006	0.0231	0.2387	0.1867	10.1129	43.7086
4	0.1834	-0.0177	0.2015	0.4794	-0.2779	0.3581	-0.0359	0.0301	0.1587	-0.1112	-0.1983	-0.0591	0.0263	0.159	-0.0241	0.3192	-0.0229	0.0003	0.1886	-0.0013	0.1753	11.9059	15.1045	37.1251
5	0.2554	-0.1073	-0.074	0.0988	0.1121	0.1426	0.1126	-0.0922	0.0635	0.0117	0.0152	-0.1328	-0.0545	-0.0227	0.177	0.1281	-0.1505	0.0318	-0.2119	0.1128	0.076	11.5269	8.994	47.0184
6	0.8314	-0.3596	-0.497	0.4587	0.1588	0.7943	-0.1166	0.0743	-0.2086	-0.0845	0.0145	0.1126	0.1416	-0.2277	-0.2129	0.1914	-0.0151	0.0267	0.1374	0.1253	0.0924	21.562	10.6655	39.4446
7	0.9541	-0.2223	0.191	0.2565	-0.3049	0.357	-0.0377	-0.2344	0.2147	0.1162	-0.1651	-0.1402	-0.2884	0.0713	-0.0226	0.1363	-0.1819	0.1145	-0.0695	0.3365	-0.1388	20.2315	6.4023	50.6024
8	0.2002	0.0458	0.001	0.0099	-0.0002	-0.0001	0.0175	0.0909	0.1018	-0.0244	-0.1074	-0.1658	-0.0383	0.2064	-0.169	-0.0027	-0.119	0.1644	0.341	0.2119	0.3541	29.9456	7.9841	42.7421
9	0.0969	0.0554	-0.0309	0.1703	-0.0261	0.074	0.06	-0.0889	0.0675	0.119	-0.1173	0.049	0.0246	-0.0016	-0.0961	0.188	-0.3261	-0.0488	0.4228	0.3498	0.3865	29.5081	5.9718	54.9117
10	0.2901	-0.0529	0.1176	0.1914	0.0199	0.344	-0.1496	0.0285	0.1127	0.0467	-0.0718	-0.0489	-0.181	0.1565	-1.0258	0.2418	-0.0696	-0.15	0.314	0.0077	0.0737	25.7666	-14.7591	73.6888
11	0.3336	-0.5422	0.2987	0.9161	-0.3888	0.5602	0.1239	-0.0283	-0.0419	0.0236	0.1017	0.0976	0.1018	-0.0172	0.5448	0.2836	0.0995	0.0798	0.0739	0.0641	0.0408	20.7241	-20.6541	68.3047
12	0.0757	-0.1285	0.0522	0.2084	-0.0841	0.0358	-0.0292	0.0231	0.0685	0.1367	-0.007	-0.022	-0.1499	0.0166	-0.1762	0.1633	-0.1794	0.0559	0.1823	0.1621	-0.1416	19.4046	-9.8702	64.6258
13	0.2985	-0.2085	0.313	0.1496	-0.1978	0.4863	-0.0936	0.0541	0.0784	-0.0317	-0.0578	-0.0888	0.0982	0.181	-0.0247	0.1582	-0.0167	0.0134	0.1035	0.0177	0.0815	15.6987	-19.3235	59.7796
14	0.1955	0.031	0.1503	0.2617	0.218	0.3756	0.0082	-0.1378	0.0489	0.1227	-0.0686	0.0841	-0.0335	-0.1098	-0.2956	-0.0051	-0.208	0.1627	0.0422	0.123	-0.132	13.1385	-8.1673	58.1026
15	0.5324	-0.3998	-0.254	0.7751	0.2787	0.3242	0.0698	-0.0662	-0.1425	-0.0299	0.0807	0.1353	0.1363	0.0054	0.2612	0.2037	-0.0465	-0.0621	0.0609	0.0341	0.1762	4.8029	-14.2958	54.6059
16	0.5309	0.2338	-0.1562	0.4656	0.3572	0.5429	0.1292	0.0384	0.0932	-0.1772	0.0684	0.0501	-0.2499	0.1644	0.3514	0.2301	-0.0786	-0.0718	-0.0613	0.0555	0.1297	2.8252	-10.3813	49.4747
17	0.2061	-0.015	0.1814	0.4174	0.1071	0.1952	0.0479	-0.1413	-0.1763	0.1151	-0.0694	0.1632	0.0847	-0.0829	-0.4131	-0.1288	-0.3385	-0.0254	-0.1848	0.1445	0.1573	-5.2487	-5.3434	51.0985
18	0.0144	-0.0041	-0.004	0.005	0.0071	0.0063	-0.0504	0.014	0.1749	-0.0101	-0.1687	0.2626	0.1268	0.1841	0.0001	0.7043	0.0261	0.2888	0.6845	-0.0348	0.7635	14.5364	-7.6344	-4.0926
19	0.0015	0.0029	-0.0004	0.0065	0.0035	0.0063	0.0592	0.0118	-0.0896	0.0021	0.0435	-0.0677	0.0583	0.1873	-0.0002	1.0699	0.1639	0.287	0.8311	0.2044	1.2083	8.674	-14.3459	-0.0908
20	0.0117	0.0052	0.0079	0.0022	0.0048	0.0078	0.1493	-0.1108	-0.0857	-0.0355	0.211	-0.0918	-0.2157	0.222	0.0013	0.8072	-0.0029	0.1375	1.1881	0.2177	1.0758	17.9934	-4.1042	2.09
21	0.003	-0.0052	-0.0012	0.0119	-0.0042	0.0092	-0.0867	-0.0534	-0.0025	0.0074	-0.0096	-0.14	-0.0698	0.3572	-0	0.7407	-0.1204	0.0467	0.7001	-0.0203	0.5438	7.8602	-0.4873	3.4481
22	0.0022	-0.0034	-0.001	0.0034	0.0022	0.0061	-0.0355	-0.0528	-0.055	0.0644	0.0018	0.0224	0.0703	0.059	0.0007	0.7545	0.2924	0.3044	0.9696	0.4056	0.9093	7.1958	-9.7143	8.8498
23	0.0649	-0.0159	0.014	0.0079	0.0051	0.0169	0.0648	-0.0053	-0.2534	-0.0059	0.0629	-0.2037	0.1849	0.1876	-0.0006	0.7808	-0.2178	0.0826	1.196	-0.1164	0.8595	15.8317	3.4924	9.7793
24	0.0015	-0.005	-0.0037	0.033	0.0329	0.0304	-0.1594	-0.2439	0.0668	-0.2586	0.0452	0.219	-0.1608	0.393	0.0001	0.6483	-0.0579	0.1993	0.7735	0.0035	0.5584	3.8287	3.102	10.5222
25	0.0118	0.0265	-0.0086	0.067	-0.0238	0.0073	0.0425	-0.2062	0.2847	-0.255	0.0813	-0.1067	-0.5424	0.2529	-0.0019	1.0299	-0.3637	0.1125	1.2679	-0.1161	0.9816	11.6658	8.2456	15.777
26	0.0016	0.0019	-0.0005	0.1105	0.0914	0.0759	-0.0121	-0.487	0.1698	-0.279	0.0548	-0.0237	-0.1331	0.1288	-0.0099	0.8505	-0.3065	0.4061	0.8142	-0.1648	0.9343	0.4112	10.7752	14.4514
27	0.0151	0.0152	-0.0094	0.0129	-0.0094	0.0127	0.184	0.0289	0.2231	-0.1622	-0.0239	-0.069	-0.0743	-0.007	0.0014	1.3195	-0.3391	0.1446	1.1468	-0.3426	1.1586	9.2104	19.0223	18.5756
28	0.0009	0.0009	-0.0014	0.0118	-0.0099	0.0076	0.0506	-0.072	0.0491	-0.0623	0.0247	-0.0433	-0.1272	0.0275	0.0003	1.4325	-0.0947	0.3563	0.8715	-0.1178	1.4142	0.6367	22.1509	12.4377
29	0.0004	-0.0019	0.0014	0.01	-0.0094	0.0096	0.046	0.0327	0.1311	-0.0721	0.0219	0.0992	-0.1139	-0.018	0.0013	1.5753	0.0155	0.4044	0.8712	-0.015	1.4827	-5.7327	18.7132	18.6856
30	0.0053	-0.0012	-0.0073	0.0212	0.049	0.1152	0.1519	0.0467	0.0591	-0.042	0.0339	0.1411	0.0296	-0.0389	0.0911	1.0951	0.2132	0.2114	0.5716	0.2789	1.2268	-28.3595	15.3589	24.9706
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33	0.0446	-0.0198	0.0207	0.0309	-0.026	0.0246	0.1736	-0.0877	0.4652	-0.0332	0.0803	-0.1968	-0.6769	0.3025	0.0098	0.5209	-0.1125	0.0678	0.4371	0.0866	0.4104	-19.3242	2.1694	32.3627
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36	0.1914	-0.1434	0.0998	0.1084	-0.0771	0.0577	-0.4013	-0.2289	-0.0783	0.1328	-0.1619	-0.2268	-0.3028	0.6852	-0.0142	0.7225	0.1171	0.1084	0.7707	0.3296	0.5946	-12.8489	-5.217	31.1611
37	0.0236	0.0039	0.0135	0.2192	0.0279	0.0158	-0.2649	-0.3428	-0.0059	-0.2644	-0.0278	0.1198	0.3391	0.7282	-0.0178	0.6286	0.1431	0.2251	0.6274	0.1722	0.5406	-9.037	-6.0947	20.0868
38	0.0227	-0.0402	0.0081	0.0763	-0.0104	0.0053	-0.1375	-0.068	-0.1645	0.0491	-0.0692	0.1455	0.0843	0.1028	-0.132	1.0721	0.47	0.3628	1.0656	0.4654	1.31	-8.9496	-14.8379	29.3236
39	0.0002	0.0025	0.0006	0.0216	0.0073	0.0037	-0.0976	-0.0537	-0.0177	0.0693	0.0064	-0.0311	0.2418	0.1315	-0.001	1.4202	0.27	0.5276	0.8109	0.1249	1.2856	-6.9908	-15.7083	17.0588

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 0:24)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 25:48)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 49:57)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 58:71)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 72:91)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 92:104)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 105:124)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 125:137)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 138:157)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq -2:24)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 25:38)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 39:57)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 58:71)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 72:91)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 92:114)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 115:137)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 138:157)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resseq 0:13)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resseq 14:24)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resseq 25:38)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resseq 39:48)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resseq 49:58)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resseq 59:71)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resseq 72:89)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resseq 90:104)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resseq 105:124)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resseq 125:137)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resseq 138:147)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'C' and (resseq 148:157)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resseq 1:24)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resseq 25:48)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resseq 49:57)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resseq 58:71)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resseq 72:81)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resseq 82:90)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resseq 91:104)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'D' and (resseq 105:124)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'D' and (resseq 125:137)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'D' and (resseq 138:157)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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