[日本語] English
万見
- PDB-5kb0: Crystal Structure of a Tris-thiolate Pb(II) Complex in a de Novo ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kb0
タイトルCrystal Structure of a Tris-thiolate Pb(II) Complex in a de Novo Three-stranded Coiled Coil Peptide
要素Pb(II)Zn(II)(GRAND Coil Ser-L16CL30H)3+
キーワードDE NOVO PROTEIN / Three-stranded Coiled Coil Tris-thiolate Pb(II) Complex in de Novo Peptide / De Novo Designed Peptide
機能・相同性LEAD (II) ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Ruckthong, L. / Zastrow, M.L. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ES012236 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: A Crystallographic Examination of Predisposition versus Preorganization in de Novo Designed Metalloproteins.
著者: Ruckthong, L. / Zastrow, M.L. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L.
履歴
登録2016年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pb(II)Zn(II)(GRAND Coil Ser-L16CL30H)3+
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,5135
ポリマ－4,1401
非ポリマー3734
水27015
1
A: Pb(II)Zn(II)(GRAND Coil Ser-L16CL30H)3+
ヘテロ分子

A: Pb(II)Zn(II)(GRAND Coil Ser-L16CL30H)3+
ヘテロ分子

A: Pb(II)Zn(II)(GRAND Coil Ser-L16CL30H)3+
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,54015
ポリマ－12,4193
非ポリマー1,12012
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-203 kcal/mol
Surface area7610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.117, 38.117, 144.455
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-102-

ZN

21A-103-

PB

31A-104-

CL

41A-208-

HOH

51A-213-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Pb(II)Zn(II)(GRAND Coil Ser-L16CL30H)3+


分子量: 4139.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PB / LEAD (II) ION


分子量: 207.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MES pH 6.5, PEG-1000 / PH範囲: 6.5-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月24日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→50 Å / Num. obs: 2406 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 36.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/av σ(I): 9.604 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.13-2.175.80.4461100
2.17-2.215.60.35198.4
2.21-2.255.70.3511100
2.25-2.295.70.3281100
2.29-2.345.60.325198.4
2.34-2.45.40.266199.1
2.4-2.465.80.2821100
2.46-2.535.50.269199.2
2.53-2.65.70.224199.1
2.6-2.685.80.217199.2
2.68-2.785.90.211198.3
2.78-2.895.80.1941100
2.89-3.025.30.16199.1
3.02-3.185.60.1691100
3.18-3.385.60.142198.3
3.38-3.645.60.156199.2
3.64-4.015.50.128199.2
4.01-4.595.60.1091100
4.59-5.785.30.1041100
5.78-504.40.106195.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: A peptide strand from Hg(II)Zn(II)(GRAND-CSL16CL30H)3+ structure

解像度: 2.13→32.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.254 / SU Rfree Blow DPI: 0.19 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.182
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 128 5.32 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.208 2405 97.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 140.03 Å2 / Biso mean: 53.38 Å2 / Biso min: 25.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9744 Å20 Å20 Å2
2--0.9744 Å20 Å2
3----1.9489 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.13→32.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数289 0 4 16 309
Biso mean--36.8 49.44 -
残基数----36
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d118SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes10HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes40HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it296HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion36SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact312SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d296HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg394HARMONIC21.1
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.8
LS精密化 シェル解像度: 2.13→2.38 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 33 5.24 %
Rwork0.179 597 -
all-630 -
obs--91.97 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.1188 Å / Origin y: 6.9583 Å / Origin z: 13.091 Å
111213212223313233
T-0.065 Å20.0183 Å2-0.0107 Å2--0.0546 Å20.0231 Å2---0.0231 Å2
L2.0139 °20.7085 °2-0.5173 °2-2.8441 °2-2.6791 °2--6.3666 °2
S-0.0608 Å °-0.3358 Å °-0.2066 Å °0.3519 Å °0.0257 Å °-0.0472 Å °-0.0614 Å °-0.0667 Å °0.0351 Å °
精密化 TLSグループSelection details: {A|1 - 36}

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る