[日本語] English
万見
- PDB-4ka4: Crystal structure of a proteolytically defined Zbeta domain of hu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ka4
タイトルCrystal structure of a proteolytically defined Zbeta domain of human DAI (ZBP1, DLM-1)
要素
  • DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
  • Z-DNA-binding protein 1
キーワードDNA Binding Protein/DNA / wHTH / DNA sensor / Z-DNA binding / DNA Binding Protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ZBP1(DAI) mediated induction of type I IFNs / left-handed Z-DNA binding / regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / IRF3 mediated activation of type 1 IFN / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / positive regulation of necroptotic process / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / pyroptotic inflammatory response / defense response to fungus ...ZBP1(DAI) mediated induction of type I IFNs / left-handed Z-DNA binding / regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / IRF3 mediated activation of type 1 IFN / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / positive regulation of necroptotic process / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / pyroptotic inflammatory response / defense response to fungus / antiviral innate immune response / activation of innate immune response / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / positive regulation of inflammatory response / double-stranded RNA binding / regulation of inflammatory response / defense response to virus / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / DNA binding / RNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Z-DNA-binding protein 1 / RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / Z-DNA-binding domain in adenosine deaminases. / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Z-binding domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Z-DNA-binding protein 1 / RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / Z-DNA-binding domain in adenosine deaminases. / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Z-binding domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Z-DNA-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Athanasiadis, A. / de Rosa, M. / De Sanctis, D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a proteolytically defined Zbeta domain of human DAI (ZBP1, DLM-1)
著者: Athanasiadis, A. / de Rosa, M. / De Sanctis, D.
履歴
登録2013年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Z-DNA-binding protein 1
B: Z-DNA-binding protein 1
D: Z-DNA-binding protein 1
E: Z-DNA-binding protein 1
C: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4638
ポリマ－41,4638
非ポリマー00
水1086
1
A: Z-DNA-binding protein 1
D: Z-DNA-binding protein 1
C: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7324
ポリマ－20,7324
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area8970 Å2
手法PISA
2
B: Z-DNA-binding protein 1
E: Z-DNA-binding protein 1
F: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7324
ポリマ－20,7324
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area9100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.647, 63.208, 94.541
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Z-DNA-binding protein 1 / Tumor stroma and activated macrophage protein DLM-1


分子量: 8251.354 Da / 分子数: 4 / 断片: second Zalpha domain Zbeta, UNP RESIDUES 96-165 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZBP1, C20orf183, DLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H171
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 2114.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 8% PEG 8000, 0.1M sodium acetate, 20% glycerol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月17日
放射モノクロメーター: Silicon 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.27 Å / Num. all: 10325 / Num. obs: 10291 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 65.161 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EYI

3eyi


解像度: 2.6→47.27 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3017 1024 10 %
Rwork0.2477 --
obs0.2529 10244 98.85 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1860 493 0 6 2359
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0012434
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.553375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.664931
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001350
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6-2.73710.3891390.3266124796
2.7371-2.90850.30151430.2931129099
2.9085-3.13310.35051450.2915130399
3.1331-3.44830.32181450.26411311100
3.4483-3.9470.27481470.2309132199
3.947-4.9720.28091490.21311336100
4.972-47.27830.29061560.2388141299

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る