PDB-5ka6: HIV-1 gp41 variant Q552R and L555M resistance mutations

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ka6

タイトル

HIV-1 gp41 variant Q552R and L555M resistance mutations

要素

Transmembrane protein gp41

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Hiv-1 / membrane fusion / 5-helix / C-peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / actin filament organization / host cell endosome membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Bhardwaj, A. / Khasnis, M.D. / Halkidis, K. / Root, M.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2016
タイトル: Receptor Activation of HIV-1 Env Leads to Asymmetric Exposure of the gp41 Trimer.
著者: Khasnis, M.D. / Halkidis, K. / Bhardwaj, A. / Root, M.J.

履歴

登録	2016年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月18日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ka6.cif.gz	112.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ka6.ent.gz	87.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ka6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ka6_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ka6_full_validation.pdf.gz	444 KB	表示
XML形式データ	5ka6_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	5ka6_validation.cif.gz	15 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/5ka6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/5ka6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ka5C 1aikS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1fdq-d 3tpz-1 1oib-1 3f4y-d 5svw-2 4i4u-1 4jg9-2 5zt8-1 5zt7-2 4i4s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (11) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (7) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (6) #162 - 2013年6月ダームシジン (Dermcidin) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (11)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (2)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (2)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (7)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (6)
#162 - 2013年6月
ダームシジン (Dermcidin)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (1)
#6 - 2000年6月
HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transmembrane protein gp41

B: Transmembrane protein gp41

C: Transmembrane protein gp41

31.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.591, 43.591, 113.048
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Transmembrane protein gp41 / Glycoprotein 41 分子量: 10632.926 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 543-582 and 625-661 linked via GGRGG / 変異: Q552R, L555M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate HXB2 / 遺伝子: env / プラスミド: P4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RP3098 / 参照: UniProt: P04578
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Transmembrane protein gp41 / Glycoprotein 41

分子量: 10632.926 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 543-582 and 625-661 linked via GGRGG / 変異: Q552R, L555M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate HXB2 / 遺伝子: env / プラスミド: P4 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RP3098 / 参照: UniProt: P04578

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.73 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 8000, 0.3M Calcium Acetate, 0.1M Sodium Cacodylate Sample concentration: 6.35 mg/ml

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月25日 / 詳細: Oxford Danfysik toroidal focusing mirror.
放射	モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→35.81 Å / Num. obs: 41094 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 1.489 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1AIK

1aik

解像度: 1.85→35.807 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 34.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2776	1692	9.72 %
R_work	0.2309	-	-
obs	0.2354	39786	96.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→35.807 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1939	0	0	96	2035

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1962
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.532	2644
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.739	1184
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	297
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	341

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8501-1.8726	0.4584	137	0.4777	1231	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8726-1.8963	0.6525	110	0.5538	971	X-RAY DIFFRACTION	69
1.8963-1.9213	0.4409	125	0.4597	1186	X-RAY DIFFRACTION	91
1.9213-1.9476	0.574	131	0.473	1074	X-RAY DIFFRACTION	85
1.9476-1.9754	0.4245	140	0.3822	1339	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9754-2.0049	0.3482	143	0.3335	1228	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0049-2.0362	0.3866	148	0.3213	1383	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0362-2.0696	0.3936	136	0.3609	1342	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0696-2.1053	0.3789	147	0.3206	1317	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1053-2.1436	0.3216	136	0.2734	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1436-2.1848	0.3456	164	0.262	1374	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1848-2.2294	0.3314	120	0.2865	1282	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2294-2.2779	0.3317	142	0.3044	1354	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2779-2.3309	0.3032	123	0.2747	1272	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3309-2.3891	0.3006	151	0.2372	1322	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3891-2.4537	0.3199	151	0.2247	1292	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4537-2.5259	0.3143	128	0.2191	1327	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5259-2.6074	0.2306	148	0.222	1291	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6074-2.7006	0.2771	132	0.2255	1363	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7006-2.8086	0.2826	142	0.2312	1244	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8086-2.9364	0.2823	139	0.2165	1296	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9364-3.0912	0.2919	151	0.229	1301	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0912-3.2847	0.2614	135	0.2329	1331	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2847-3.5381	0.2529	116	0.192	1295	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5381-3.8938	0.2734	148	0.1731	1344	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8938-4.4563	0.1849	142	0.1686	1321	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4563-5.611	0.2213	142	0.1901	1286	X-RAY DIFFRACTION	98
5.611-35.8139	0.2116	142	0.2034	1280	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6592	0.1258	0.4724	1.4594	-0.9786	6.5038	-0.0854	0.0159	-0.1637	-0.0751	-0.0942	-0.0576	0.3832	-0.0712	0.1036	0.2104	-0.0228	0.0226	0.2543	-0.0195	0.2486	-3.1901	7.514	8.5783
2	0.8069	-0.1255	0.8739	1.9072	-1.7647	6.1197	-0.0982	0.0603	0.1376	0.0797	-0.4998	-0.3176	0.0948	0.6742	0.5591	0.1662	-0.0066	-0.0087	0.3364	0.0379	0.2702	4.3435	11.5683	7.8709
3	1.7203	-0.1418	-0.0446	1.8822	-0.0962	6.1086	0.0701	-0.1465	0.1778	0.134	-0.0453	0.1207	-0.3602	-0.5191	0.037	0.1775	-0.0613	0.0285	0.1942	-0.0182	0.2748	-4.139	17.1589	9.0525
4	3.2419	-0.6752	1.562	1.7107	0.7453	6.3757	-0.2741	-0.4407	0.4021	-0.1446	-0.2217	0.289	-0.9789	-1.1332	0.3514	0.1823	0.0241	0.0149	0.3083	-0.0292	0.2748	-11.9032	21.6345	7.4196
5	6.1187	-0.0509	1.4394	4.1615	2.6756	6.367	0.5859	-0.0808	0.1142	-0.411	0.5539	-0.3316	0.5693	0.709	-0.6013	0.5215	-0.031	-0.1793	0.4761	-0.0504	0.4902	-14.1104	6.3454	-12.2112
6	2.1924	-0.3689	0.0846	1.4612	-0.0918	1.9301	-0.0692	-0.2154	0.1824	0.2413	0.0104	0.1587	-0.0073	-0.1155	0.0233	0.267	-0.0678	0.0788	0.3838	-0.0574	0.2969	-12.0811	13.6541	18.6399
7	1.6361	-1.3086	-2.1684	1.965	1.1326	7.8323	-0.4018	0.0935	-0.3819	0.1751	-0.0718	0.3737	1.1851	-0.2491	0.2406	0.2798	-0.0756	0.1013	0.2774	-0.0936	0.3787	-11.5574	2.0994	6.0053

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 542 through 580 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 581 through 661 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 543 through 580 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 581 through 663 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 544 through 553 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 554 through 626 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 627 through 663 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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