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- PDB-5ka5: HIV-1 gp41 variant V549E resistance mutation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ka5
タイトルHIV-1 gp41 variant V549E resistance mutation
要素Transmembrane glycoprotein gp41
キーワードVIRAL PROTEIN / Hiv-1 / membrane fusion / 5-helix / C-peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / actin filament organization ...Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #210 / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bhardwaj, A. / Khasnis, M.D. / Halkidis, K. / Root, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM066682 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2016
タイトル: Receptor Activation of HIV-1 Env Leads to Asymmetric Exposure of the gp41 Trimer.
著者: Khasnis, M.D. / Halkidis, K. / Bhardwaj, A. / Root, M.J.
履歴
登録2016年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transmembrane glycoprotein gp41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6161
ポリマ－10,6161
非ポリマー00
水57632
1
A: Transmembrane glycoprotein gp41

A: Transmembrane glycoprotein gp41

A: Transmembrane glycoprotein gp41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8473
ポリマ－31,8473
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area12470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.716, 40.716, 115.521
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

HOH

21A-720-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transmembrane glycoprotein gp41 / Glycoprotein 41


分子量: 10615.807 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 543-582 and 625-661 linked via GGRGG / 変異: V549E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate HXB2 / 遺伝子: env / プラスミド: P4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RP3098 / 参照: UniProt: P04578
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 3M Sodium chloride, 0.1M Sodium Acetate Sample concentration: 6 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月10日 / 詳細: Adjustable focus K-B pair Si plus Pt, Rh coatings
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→18 Å / Num. obs: 13238 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AIK

1aik


解像度: 1.8→17.998 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.25 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2225 1292 10.5 %
Rwork0.1871 --
obs0.1939 12745 96.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→17.998 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数647 0 0 32 679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002655
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.321882
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.595392
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.02896
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001116
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8012-1.87320.3321370.31051198X-RAY DIFFRACTION81
1.8732-1.95820.32271440.29511245X-RAY DIFFRACTION84
1.9582-2.06110.27481400.27591228X-RAY DIFFRACTION85
2.0611-2.18980.28331420.25281223X-RAY DIFFRACTION85
2.1898-2.35820.24051460.23021304X-RAY DIFFRACTION87
2.3582-2.59410.23321500.2161268X-RAY DIFFRACTION87
2.5941-2.96640.24711530.18651295X-RAY DIFFRACTION88
2.9664-3.72560.17911420.16061327X-RAY DIFFRACTION90
3.7256-13.98890.221380.14671328X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.33050.079-0.24090.66360.76597.7584-0.01790.01840.03310.0048-0.09220.02550.0957-0.33250.06190.19580.014-0.00110.2445-0.02440.260714.1095-11.1729-5.5117
22.68511.00143.72440.38581.38065.3694-0.277-0.01320.2069-0.0466-0.09690.0655-0.4064-0.12010.13630.27730.0387-0.06540.2052-0.01710.245914.2055-1.8871-3.6067
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 542 through 624 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 625 through 663 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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