[日本語] English
万見
- PDB-5k9g: Crystal Structure of GTP Cyclohydrolase-IB with Tris -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k9g
タイトルCrystal Structure of GTP Cyclohydrolase-IB with Tris
要素GTP cyclohydrolase FolE2
キーワードHYDROLASE / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I activity
類似検索 - 分子機能
GTP cyclohydrolase FolE2/MptA / GTP cyclohydrolase FolE2 / Type I GTP cyclohydrolase folE2 / Urate Oxidase / Urate Oxidase; / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / GTP cyclohydrolase FolE2
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Alvarez, J. / Stec, B. / Swairjo, M.A.
引用
ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2017
タイトル: Mechanism and catalytic strategy of the prokaryotic-specific GTP cyclohydrolase-IB.
著者: Paranagama, N. / Bonnett, S.A. / Alvarez, J. / Luthra, A. / Stec, B. / Gustafson, A. / Iwata-Reuyl, D. / Swairjo, M.A.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2009
タイトル: Zinc-independent folate biosynthesis: genetic, biochemical, and structural investigations reveal new metal dependence for GTP cyclohydrolase IB.
著者: Sankaran, B. / Bonnett, S.A. / Shah, K. / Gabriel, S. / Reddy, R. / Schimmel, P. / Rodionov, D.A. / de Crecy-Lagard, V. / Helmann, J.D. / Iwata-Reuyl, D. / Swairjo, M.A.
履歴
登録2016年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2016年9月7日ID: 3D1T
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_PDB_obs_spr / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _pdbx_database_PDB_obs_spr.replace_pdb_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22022年4月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.32023年2月1日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr / Item: _pdbx_database_PDB_obs_spr.replace_pdb_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GTP cyclohydrolase FolE2
B: GTP cyclohydrolase FolE2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,41914
ポリマ－57,6242
非ポリマー79612
水6,900383
1
A: GTP cyclohydrolase FolE2
B: GTP cyclohydrolase FolE2
ヘテロ分子

A: GTP cyclohydrolase FolE2
B: GTP cyclohydrolase FolE2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,83828
ポリマ－115,2474
非ポリマー1,59124
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area20680 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area35170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.707, 100.557, 114.017
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-54-

GLU

21B-501-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GTP cyclohydrolase FolE2 / GTP cyclohydrolase 1B


分子量: 28811.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain ATCC 700825 / FA 1090) (淋菌)
株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: folE2, NGO0387 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F9K6, GTP cyclohydrolase I

-
非ポリマー , 5種, 395分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C4H12NO3 / 参照: GTP cyclohydrolase I / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: (PEG 6000, 10-16%), LiCl (1-1.4 M), Tris (50 mM, pH 9.0) and Tris-Cl (50 mM, pH 7.0). Enzym sample prepared at 10 mg/mL in 50 mM Tris-HCl, 50 mM KCl, 1 mM DTT, pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9767 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9767 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→68.16 Å / Num. obs: 41832 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 36.17
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 2.05

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D1T

3d1t
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.9→68.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.63 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22079 2068 4.9 %RANDOM
Rwork0.17305 ---
obs0.17537 39731 99.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.031 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.33 Å2-0 Å20 Å2
2--0.62 Å2-0 Å2
3---1.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→68.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3841 0 45 383 4269
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0194112
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9921.9715581
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9635.019533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.55923.889180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.48415733
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.7021525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1730.2640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213070
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6983.8692009
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4165.7762523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.7864.2772103
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.01933.9166517
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 158 -
Rwork0.265 2643 -
obs--91.57 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る