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- PDB-5k9f: Crystal structure of a NIPSNAP domain protein from Burkholderia x... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k9f
タイトルCrystal structure of a NIPSNAP domain protein from Burkholderia xenovorans
要素NIPSNAP domain protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / SSGCID / NIPSNAP / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


NIPSNAP / : / NIPSNAP / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / OXAMIC ACID / NIPSNAP domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a NIPSNAP domain protein from Burkholderia xenovorans
著者: Mayclin, S.J. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NIPSNAP domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8543
ポリマ－12,7061
非ポリマー1482
水2,810156
1
A: NIPSNAP domain protein
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,83624
ポリマ－101,6518
非ポリマー1,18516
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area19850 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area32840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.360, 95.360, 63.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 NIPSNAP domain protein


分子量: 12706.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (strain LB400) (バクテリア)
株: LB400 / 遺伝子: Bxe_A1114 / プラスミド: BuxeA.00127.d.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13VQ7
#2: 化合物 ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸


分子量: 89.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3NO3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / Mosaicity: 0.25 °
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MORPHEUS G2: 10% w/v PEG8000, 20% v/v ethylene glycol, 100mM MES/imidazole pH 6.5, 20mM citrate, 20mM tartrate, 20mM acetate, 20mM oxamate, 20mM formate; dc; protein 9.94mg/mL; fsu3-9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月13日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 17813 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 17.46 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 27.58
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.65-1.690.4266.261100
1.69-1.740.3567.371100
1.74-1.790.2799.261100
1.79-1.840.22911.021100
1.84-1.910.16914.861100
1.91-1.970.13417.971100
1.97-2.050.10821.521100
2.05-2.130.0925.251100
2.13-2.220.07729.751100
2.22-2.330.06932.71100
2.33-2.460.06135.661100
2.46-2.610.05739.161100
2.61-2.790.05240.481100
2.79-3.010.04746.331100
3.01-3.30.04349.831100
3.3-3.690.0453.91100
3.69-4.260.03755.51100
4.26-5.220.03457.07199.8
5.22-7.380.03354.641100
7.380.02951.39194.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VQS

1vqs


解像度: 1.65→35.346 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1873 1831 10.28 %
Rwork0.1586 --
obs0.1615 17812 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 76.18 Å2 / Biso mean: 23.1097 Å2 / Biso min: 9.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→35.346 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数808 0 10 156 974
Biso mean--36.89 38.09 -
残基数----103
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006887
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8151214
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047130
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005160
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.671532
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.69460.20611510.16311891340100
1.6946-1.74450.19371340.160311991333100
1.7445-1.80080.19931380.157612181356100
1.8008-1.86520.16751480.152212001348100
1.8652-1.93980.20181370.15812141351100
1.9398-2.02810.17921270.153612291356100
2.0281-2.1350.18121490.149312081357100
2.135-2.26880.1711530.15912131366100
2.2688-2.44390.1851420.164112251367100
2.4439-2.68980.19031290.163712421371100
2.6898-3.07880.19571420.170612471389100
3.0788-3.87820.18891290.163912721401100
3.8782-35.35370.18671520.14821325147799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.58010.1893-0.20642.64390.43111.7449-0.09080.1434-0.0904-0.22020.0117-0.1590.00120.2570.04780.1092-0.01730.0220.14910.01650.114218.43640.167-13.075
20.53410.1436-0.15741.4131-0.11210.858-0.04440.09140.01-0.25320.0575-0.1618-0.08430.168-0.00950.1367-0.03550.02520.15560.01550.126520.21166.3276-11.2415
34.2414-3.21192.95755.9211.24777.0426-0.0289-0.1015-0.040.0539-0.0259-1.092-0.14451.0857-0.10460.1669-0.0332-0.04790.32530.08380.32428.04714.60779.2303
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 33 )A9 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 104 )A34 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 105 through 111 )A105 - 111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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