PDB-5vre: Crystal structure of a lysosomal potassium-selective channel TMEM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vre

タイトル

Crystal structure of a lysosomal potassium-selective channel TMEM175 homolog from Chamaesiphon Minutus

要素

Putative integral membrane protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / potassium channel

機能・相同性

Endosomal/lysomomal potassium channel TMEM175 / Endosomal/lysosomal potassium channel TMEM175 / proton channel activity / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / protein homotetramerization / identical protein binding / membrane / Potassium channel Cha6605_3372

機能・相同性情報

生物種

Chamaesiphon minutus PCC 6605 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.299 Å

データ登録者

Lee, C. / Guo, J. / Jiang, Y.

資金援助

米国, 3件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: The lysosomal potassium channel TMEM175 adopts a novel tetrameric architecture.
著者: Lee, C. / Guo, J. / Zeng, W. / Kim, S. / She, J. / Cang, C. / Ren, D. / Jiang, Y.

履歴

登録	2017年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月2日	Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / struct Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct.title
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vre.cif.gz	309.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vre.ent.gz	259.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vre.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vre_validation.pdf.gz	460 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vre_full_validation.pdf.gz	482.7 KB	表示
XML形式データ	5vre_validation.xml.gz	28.7 KB	表示
CIF形式データ	5vre_validation.cif.gz	38.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/5vre ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/5vre	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6g7h-1 1ma1-1 3s82-d 2ide-2 5b6x-1 1e12-1 3fs8-1 6evs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative integral membrane protein

B: Putative integral membrane protein

C: Putative integral membrane protein

D: Putative integral membrane protein

90.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.660, 108.880, 119.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.24, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative integral membrane protein 分子量: 22694.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chamaesiphon minutus PCC 6605 (バクテリア) 遺伝子: Cha6605_3372 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K9UJK2

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.67 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 16-22% PEG 1000, 50 mM CaCl2, 50 mM MgCl2, 100 mM NaAc pH4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.299→50 Å / Num. obs: 21668 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 30.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
autoSHARP		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.299→42.465 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.44

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2818	1087	5.02 %
R_work	0.2594	-	-
obs	0.2606	21648	82.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.299→42.465 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5972	0	0	0	5972

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	6148
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.28	8396
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.6	3484
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	996
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2994-3.4495	0.4027	23	0.3542	425	X-RAY DIFFRACTION	14
3.4495-3.6313	0.3523	91	0.3129	1667	X-RAY DIFFRACTION	54
3.6313-3.8587	0.3308	161	0.3034	3050	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8587-4.1564	0.2729	162	0.2668	3101	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1564-4.5742	0.2598	163	0.2357	3100	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5742-5.2351	0.2649	165	0.2383	3128	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2351-6.5917	0.2753	163	0.3009	3108	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5917-42.4687	0.2818	159	0.2367	2982	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6658	-0.5795	-0.2386	3.3554	-0.8998	2.0262	0.104	-0.2211	0.38	0.04	-0.4252	-0.689	-0.2961	0.7141	0.2753	0.5004	-0.1833	-0.0615	0.7663	0.2639	0.6089	19.5375	3.9565	21.2753
2	2.0372	-0.1105	1.9916	1.9342	0.688	2.1901	-0.0366	-0.5213	0.3734	-0.2269	-0.546	-1.4609	-0.5002	0.9873	-0.0007	0.6854	-0.4053	-0.0775	1.4841	0.2705	1.2351	29.1325	12.4446	18.7575
3	0.51	-0.571	-0.1246	1.3432	0.7168	0.5192	0.2953	0.2656	0.5081	0.1974	1.0602	-1.4837	0.2408	1.0103	-0.3972	0.8579	-0.3326	-0.056	1.8406	-0.0477	1.3253	38.1562	9.7364	23.8708
4	0.6218	-0.3398	0.0865	0.8035	-0.0122	0.0072	-0.0156	-0.2098	0.8564	-0.1358	-0.0085	-0.6275	-0.1161	0.1466	0.003	0.2245	-0.247	0.108	2.2918	0.6697	1.4545	33.9265	-0.0761	17.6338
5	2.5462	0.3671	0.3683	3.8236	1.5614	1.84	-0.2595	-0.3605	-0.1063	0.3101	-0.1781	0.1017	-0.1504	-0.6395	0.4704	0.5134	-0.159	0.016	0.7681	-0.1563	0.5085	-3.5658	2.1176	28.6077
6	0.3403	0.2733	-1.1157	1.8085	-0.5595	3.9301	-0.0023	-0.774	-0.1729	0.2922	-0.152	0.8529	0.922	-1.3356	0.3467	0.6388	-0.2689	0.2209	1.102	-0.1664	0.7731	-12.9763	-6.2707	32.1225
7	1.4924	0.2117	-0.029	1.7081	0.3584	0.0812	-0.4028	-0.0691	-0.4962	0.765	-0.0102	1.3309	0.4385	-0.5582	-0.2234	0.6005	-0.5637	0.5058	1.6808	0.2209	1.0535	-17.0486	-3.7493	41.6698
8	0.6487	-0.4282	-0.1687	1.6413	-0.2757	0.3131	0.4784	-0.7051	-0.3306	0.9844	-0.6663	1.1478	0.5655	0.352	0.1225	0.9321	-0.2648	0.3828	1.6903	-0.3321	0.9022	-17.7632	5.9977	33.8763
9	2.2871	0.1176	-2.0839	3.5237	0.0352	2.4269	-0.147	-0.3128	-0.3947	-0.0425	-0.2792	-0.0835	0.6832	0.0617	0.3561	0.6676	-0.0706	0.0967	0.4203	0.1629	0.4348	8.7775	-9.1803	24.2849
10	2.3441	-1.6595	1.557	1.1655	-1.2169	1.5546	0.0738	0.2289	-1.0785	0.7429	-0.2111	-0.0741	1.088	0.701	0.223	1.0499	0.2436	0.0101	0.8829	0.242	0.7118	17.9243	-18.8453	24.2253
11	1.7982	-0.0582	-1.5819	0.6452	0.4468	1.6534	-0.2834	-0.5999	-1.261	0.2121	-0.7778	-0.4249	0.4525	0.8796	-1.1767	1.8865	0.3075	-0.413	0.4023	0.4159	1.1069	17.1985	-25.8721	30.6114
12	1.3871	-0.6706	1.0501	0.3084	-0.7407	7.6497	-0.0957	-0.3473	-0.8529	0.9741	-0.9612	-1.1291	-0.0345	1.0623	0.5245	1.3607	-0.3412	-0.0574	0.699	0.215	1.0611	5.4072	-24.0429	26.6186
13	3.1751	-0.454	-0.0475	2.6796	0.5786	1.4906	-0.1055	-0.3984	0.5812	0.2075	-0.3578	-0.1605	-0.9226	-0.0013	0.3506	0.9202	-0.2167	-0.2212	0.5042	-0.0663	0.6416	5.403	17.2344	25.9276
14	1.8367	-0.0106	-0.775	1.5282	-0.3586	3.7187	0.3082	-0.4027	0.9091	-0.6254	-0.529	0.5644	-0.3723	0.1996	-1.2133	2.0399	0.7694	-0.2775	0.6705	-0.7436	1.1111	3.3617	32.2119	35.1171
15	1.188	-0.4924	0.3707	0.2797	-0.687	3.6783	0.4955	-0.9137	0.9102	1.2465	-0.435	0.6215	-0.722	-0.8381	0.1905	2.0368	-0.5023	-0.4843	0.8324	0.0267	1.1782	10.8142	30.3795	24.7704

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 114 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 115 through 143 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 144 through 181 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 182 through 203 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 7 through 114 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 115 through 143 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 144 through 181 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 182 through 203 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 7 through 116 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 117 through 143 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 144 through 181 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 182 through 203 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 7 through 143 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 144 through 181 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 182 through 203 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)