[日本語] English
万見
- PDB-5k8k: Structure of the Haemophilus influenzae LpxH-lipid X complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k8k
タイトルStructure of the Haemophilus influenzae LpxH-lipid X complex
要素UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase
キーワードHYDROLASE / LpxH / lipid X / UDP-diacylglucosamine / lipid A / LPS / lipopolysaccharide / antibiotic / calcineurin-like phosphoesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-2,3-diacylglucosamine diphosphatase / UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase activity / lipid A biosynthetic process / extrinsic component of plasma membrane / manganese ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase / UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase LpxH-like / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-LP5 / : / UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Cho, J. / Lee, C.-J. / Zhou, P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115355 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM51310 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2016
タイトル: Structure of the essential Haemophilus influenzae UDP-diacylglucosamine pyrophosphohydrolase LpxH in lipid A biosynthesis.
著者: Cho, J. / Lee, C.J. / Zhao, J. / Young, H.E. / Zhou, P.
履歴
登録2016年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22016年11月9日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6408
ポリマ－30,5161
非ポリマー1,1247
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.840, 99.840, 200.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase / UDP-2 / 3-diacylglucosamine diphosphatase


分子量: 30515.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) (インフルエンザ菌)
株: ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd / 遺伝子: lpxH, HI_0735 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P44046, UDP-2,3-diacylglucosamine diphosphatase

-
非ポリマー , 5種, 26分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-LP5 / (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE / 脂質X


分子量: 711.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H66NO12P
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.23 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM NaCl, 10 mM HEPES, 35 mM sodium acetate pH 4.1, 2.2% PEG 4000, 0.3 mM sulfonyl piperazine, 0.7% DMSO, 22% glycerol, and ~3-4 mM n-decyl-beta-D-thiomaltopyranoside.
Temp details: 4.1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→79.42 Å / Num. obs: 12876 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 51.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 27.59
反射 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / Rmerge(I) obs: 0.739 / Mean I/σ(I) obs: 4.36 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Aimless0.1.27データスケーリング
XSCALEVERSION Oct 15, 2015データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSOct 15, 2015データ削減
PHENIX1.10.1-2155位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.55→79.42 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 1278 9.93 %
Rwork0.192 --
obs0.195 12872 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→79.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1869 0 70 19 1958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042031
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6172732
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1231196
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004346
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.65210.29851500.27111237X-RAY DIFFRACTION100
2.6521-2.77280.29351520.22831279X-RAY DIFFRACTION100
2.7728-2.9190.24441340.22041271X-RAY DIFFRACTION100
2.919-3.10190.26981550.20581258X-RAY DIFFRACTION100
3.1019-3.34140.23731460.19361276X-RAY DIFFRACTION100
3.3414-3.67770.20841280.17421293X-RAY DIFFRACTION100
3.6777-4.20980.21951420.17681290X-RAY DIFFRACTION100
4.2098-5.30380.21421390.16351304X-RAY DIFFRACTION100
5.3038-79.45620.20151320.20761386X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1862-0.54620.7752.2918-0.41683.9126-0.3205-0.49720.25140.67260.2604-0.1405-0.04820.20.05010.45620.15520.00330.4218-0.06340.3587-8.358433.524818.3413
20.4047-0.4487-0.16680.9692-0.30612.5894-0.1445-0.0801-0.36230.1190.2699-0.18681.20750.6808-0.08870.8510.39450.02250.57360.02250.5815-1.432914.549314.5872
34.1649-2.1575-0.34152.5840.12530.3074-0.09060.6040.3641-0.2277-0.0087-0.88810.31780.9050.05950.38270.150.10450.6435-0.0090.4916-2.788928.7967-2.474
42.240.9691-0.65972.06691.34822.137-0.13840.34290.2974-0.12410.1254-0.5715-0.33440.8682-0.04870.2849-0.05450.05220.43650.01270.5592-2.323638.23464.2064
50.3138-0.4225-0.52742.3987-0.3561.6515-0.11140.05430.3835-0.04480.15020.0432-0.68870.3765-0.02390.6185-0.0212-0.05920.4363-0.04710.696-4.902546.958112.0585
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 123 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 124 THROUGH 166 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 167 THROUGH 187 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 188 THROUGH 217 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 218 THROUGH 237 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る