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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5k7w | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the catalytic domain of Mettl3/Mettl14 complex with SAH | |||||||||||||||
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![]() | TRANSFERASE / methyltransferase / methyladenosine / m6A | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase activity / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / positive regulation of cap-independent translational initiation / adenosine to inosine editing / RNA methyltransferase activity / endothelial to hematopoietic transition / RNA methylation ...negative regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase activity / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / positive regulation of cap-independent translational initiation / adenosine to inosine editing / RNA methyltransferase activity / endothelial to hematopoietic transition / RNA methylation / regulation of meiotic cell cycle / primary miRNA processing / dosage compensation by inactivation of X chromosome / : / forebrain radial glial cell differentiation / S-adenosyl-L-methionine binding / gliogenesis / mRNA stabilization / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / regulation of T cell differentiation / regulation of neuron differentiation / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / stem cell population maintenance / oogenesis / mRNA destabilization / negative regulation of Notch signaling pathway / mRNA catabolic process / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / positive regulation of translation / mRNA processing / mRNA splicing, via spliceosome / circadian rhythm / cellular response to UV / spermatogenesis / nuclear body / nuclear speck / protein heterodimerization activity / innate immune response / mRNA binding / DNA damage response / Golgi apparatus / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Wang, P. / Doxtader, K.A. / Nam, Y. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Cooperative Function of Mettl3 and Mettl14 Methyltransferases. 著者: Wang, P. / Doxtader, K.A. / Nam, Y. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 242 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 189.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 725.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 731.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25732.504 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain residues 357-580 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q86U44, mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 39573.699 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain residues 111-456 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9HCE5, mRNA (2'-O-methyladenosine-N6-)-methyltransferase |
#3: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 75134 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.2 % / Net I/σ(I): 32.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→46.793 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -21.5231 Å / Origin y: 8.9624 Å / Origin z: -11.8504 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |