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- PDB-5k70: Sidekick-2 immunoglobulin domains 1-4 H18R/N22S mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k70
タイトルSidekick-2 immunoglobulin domains 1-4 H18R/N22S mutant
要素Protein sidekick-2
キーワードCELL ADHESION / immunoglobulin
機能・相同性
機能・相同性情報


SDK interactions / camera-type eye photoreceptor cell differentiation / retina layer formation / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / synapse assembly / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily ...Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Protein sidekick-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Goodman, K.M. / Mannepalli, S. / Honig, B. / Shapiro, L.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Molecular basis of sidekick-mediated cell-cell adhesion and specificity.
著者: Goodman, K.M. / Yamagata, M. / Jin, X. / Mannepalli, S. / Katsamba, P.S. / Ahlsen, G. / Sergeeva, A.P. / Honig, B. / Sanes, J.R. / Shapiro, L.
履歴
登録2016年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein sidekick-2
B: Protein sidekick-2
C: Protein sidekick-2
D: Protein sidekick-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,19125
ポリマ－169,5254
非ポリマー3,66621
水1,11762
1
A: Protein sidekick-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7439
ポリマ－42,3811
非ポリマー1,3628
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein sidekick-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3507
ポリマ－42,3811
非ポリマー9686
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Protein sidekick-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1605
ポリマ－42,3811
非ポリマー7784
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Protein sidekick-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9384
ポリマ－42,3811
非ポリマー5573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.890, 113.430, 185.906
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Protein sidekick-2


分子量: 42381.191 Da / 分子数: 4 / 変異: H18R/N22S mutant / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal residues GPAGA are expression construct-derived and would be cleaved in the native protein
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sdk2, Kiaa1514 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6V4S5

-
糖 , 3種, 7分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 76分子

#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.29 %
結晶化温度: 295 K / 手法: batch mode
詳細: 13.5% PEG3350 (w/v), 0.1M ammonium sulfate, 0.2M sodium dihydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→65 Å / Num. obs: 61442 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Sdk1

解像度: 2.7→39.516 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2434 3112 5.06 %
Rwork0.206 --
obs0.2079 61442 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.516 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11311 0 222 62 11595
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06416146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2554263
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041886
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042086
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.74220.37121440.31822615X-RAY DIFFRACTION100
2.7422-2.78710.37841500.30952622X-RAY DIFFRACTION100
2.7871-2.83520.3681540.29182649X-RAY DIFFRACTION100
2.8352-2.88670.32331430.28292616X-RAY DIFFRACTION100
2.8867-2.94220.31011190.28032675X-RAY DIFFRACTION100
2.9422-3.00230.311530.26462635X-RAY DIFFRACTION100
3.0023-3.06750.2861170.24782653X-RAY DIFFRACTION100
3.0675-3.13880.27751540.24612633X-RAY DIFFRACTION100
3.1388-3.21730.26221460.242625X-RAY DIFFRACTION100
3.2173-3.30420.28011430.23452655X-RAY DIFFRACTION100
3.3042-3.40140.2441250.23322638X-RAY DIFFRACTION100
3.4014-3.51110.3031500.22382657X-RAY DIFFRACTION100
3.5111-3.63660.25441270.21072641X-RAY DIFFRACTION100
3.6366-3.7820.25031450.20652674X-RAY DIFFRACTION100
3.782-3.9540.26831560.18892624X-RAY DIFFRACTION100
3.954-4.16230.20611520.17792639X-RAY DIFFRACTION100
4.1623-4.42270.17641420.16042648X-RAY DIFFRACTION100
4.4227-4.76370.16441230.14662680X-RAY DIFFRACTION100
4.7637-5.24210.1991520.15962654X-RAY DIFFRACTION100
5.2421-5.99840.2061510.172662X-RAY DIFFRACTION100
5.9984-7.54870.23811360.19822693X-RAY DIFFRACTION100
7.5487-39.520.19051300.18782742X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.45110.10461.07310.72540.24661.7960.0546-0.29230.01270.02690.01240.0268-0.0210.0169-0.04460.27220.03210.03840.32920.00360.2032-15.0158-37.4761-5.6012
24.6236-1.85631.9994.8155-1.0573.91390.24270.0089-0.7405-0.0443-0.0428-0.08380.64910.2464-0.15030.41330.0075-0.020.3028-0.02130.3063-32.3609-49.1508-35.4935
31.50680.1894-0.8771.3624-0.41983.6725-0.1997-0.46110.02590.15590.3340.2617-0.3066-1.2-0.12770.6572-0.0013-0.03850.9913-0.00750.3211-83.0119-48.9784-75.0881
42.4618-0.61691.29215.1516-0.77872.6439-0.18490.11760.28160.0191-0.0044-0.0134-0.3938-0.04640.26410.3722-0.0938-0.04910.3588-0.05120.2878-53.8861-37.6695-56.99
53.5675-0.73250.96521.2668-0.33443.1427-0.0503-0.2374-0.19670.010.08880.0864-0.095-0.1684-0.03750.27640.00970.01260.26620.00530.266-55.2639-27.3511-14.1339
64.9236-0.42491.49672.5791-0.6591.60380.23190.5125-0.99320.0610.0290.13280.49310.2405-0.17990.45630.1174-0.0190.4193-0.09160.45313.6701-66.5838-20.4198
74.3983-1.34190.56662.37940.65923.4379-0.0176-0.3966-0.40040.58810.07540.34230.0508-0.7809-0.0760.716-0.14950.08730.6155-0.02410.322-74.4566-61.178-35.1749
80.8010.05050.14880.1062-0.01980.3919-0.8323-0.17981.2018-1.2668-0.21250.3439-2.8476-0.13940.23842.6672-0.0115-0.49260.18620.38880.5382-68.3555-19.224-92.5044
94.9247-1.1117-0.88061.65720.57721.6819-0.0140.43130.2351-0.21170.0259-0.1177-0.3148-0.0014-0.01150.35670.0075-0.03390.22960.01760.214-45.3288-19.2046-33.0835
101.1514-1.21210.38192.4760.29691.78940.24010.75950.3608-0.2799-0.2826-0.5011-0.01130.28190.05030.3350.07540.07070.64090.01960.334210.9018-45.2973-23.5611
113.94590.6626-0.03514.0928-0.62313.4771-0.0029-0.2499-0.63620.26920.1382-0.35860.39640.1893-0.12060.5115-0.0808-0.05930.3196-0.00860.4146-55.2452-68.3578-45.6569
120.90060.521-0.73710.8647-0.92852.1035-0.34070.84140.0031-1.1772-0.0604-0.2955-0.5970.43240.45991.2447-0.18750.04190.80350.07280.4211-64.861-40.0236-100.0439
134.3152-0.53941.24772.8155-0.05281.2633-0.33530.66931.7442-0.0485-0.205-0.6733-0.49440.65160.40740.4394-0.0997-0.07470.44810.14140.7067-2.7844-22.9715-16.7537
143.8296-0.53791.74770.88250.07622.9387-0.19250.72760.4551-0.2163-0.0462-0.17070.12110.34410.22520.3399-0.09840.03640.58260.08950.2932-25.9936-30.8561-46.9276
151.15-0.32850.89150.7725-0.34032.51380.06810.3658-0.1596-1.30710.1752-0.15080.45760.2244-0.23241.0674-0.21650.01650.5081-0.04210.3895-70.9539-62.5048-88.1285
161.93670.10711.61571.7390.09213.46920.14360.7384-0.2845-0.39390.2143-0.48450.71891.1047-0.38340.5024-0.01690.04910.744-0.25440.4443-41.8966-54.8238-64.1727
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 1:90))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and ((resseq 1:90))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and ((resseq 1:90))
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and ((resseq 1:90))
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and ((resseq 91:184))
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and ((resseq 91:184))
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and ((resseq 91:184))
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and ((resseq 91:183))
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and ((resseq 192:285))
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and ((resseq 192:285))
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and ((resseq 192:285))
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and ((resseq 193:285))
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and ((resseq 286:379))
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and ((resseq 286:379))
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and ((resseq 286:379))
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and ((resseq 286:378))

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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