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万見
- PDB-5k5g: Structure of human islet amyloid polypeptide in complex with an e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k5g
タイトルStructure of human islet amyloid polypeptide in complex with an engineered binding protein
要素
  • HI18
  • Islet amyloid polypeptide
キーワードHORMONE / amyloid / type 2 diabetes / beta-hairpin / signaling protein
機能・相同性
機能・相同性情報


amylin receptor 3 signaling pathway / amylin receptor 2 signaling pathway / amylin receptor 1 signaling pathway / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / Regulation of gene expression in beta cells ...amylin receptor 3 signaling pathway / amylin receptor 2 signaling pathway / amylin receptor 1 signaling pathway / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / Regulation of gene expression in beta cells / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / bone resorption / negative regulation of protein-containing complex assembly / sensory perception of pain / osteoclast differentiation / positive regulation of calcium-mediated signaling / hormone activity / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of apoptotic process / receptor ligand activity / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / neuronal cell body / apoptotic process / lipid binding / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Islet amyloid polypeptide / Immunoglobulin FC, subunit C / Calcitonin-like / Calcitonin peptide-like / Calcitonin, conserved site / Calcitonin / CGRP / IAPP family signature. / calcitonin / Calcitonin/adrenomedullin / Calcitonin / CGRP / IAPP family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Islet amyloid polypeptide / Immunoglobulin FC, subunit C / Calcitonin-like / Calcitonin peptide-like / Calcitonin, conserved site / Calcitonin / CGRP / IAPP family signature. / calcitonin / Calcitonin/adrenomedullin / Calcitonin / CGRP / IAPP family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Islet amyloid polypeptide
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Mirecka, E.A. / Feuerstein, S. / Gremer, L. / Schroeder, G.F. / Stoldt, M. / Willbold, D. / Hoyer, W.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: beta-Hairpin of Islet Amyloid Polypeptide Bound to an Aggregation Inhibitor.
著者: Mirecka, E.A. / Feuerstein, S. / Gremer, L. / Schroder, G.F. / Stoldt, M. / Willbold, D. / Hoyer, W.
履歴
登録2016年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr / pdbx_database_proc / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32023年3月8日Group: Advisory / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_PDB_obs_spr
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Islet amyloid polypeptide
B: HI18
C: HI18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5193
ポリマ－19,5193
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3090 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area6040 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Islet amyloid polypeptide / Amylin / Diabetes-associated peptide / DAP / Insulinoma amyloid peptide


分子量: 3909.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: B-CELL / 遺伝子: IAPP / 器官: PANCREAS / プラスミド: PET302 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P10997
#2: タンパク質 HI18


分子量: 7804.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: PET302 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCA
131isotropic13D HNHA
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D 1H-15N NOESY
161isotropic13D HNCO
171isotropic13D (H)CCH-COSY
181isotropic13D 1H-13C NOESY
192isotropic22D 1H-15N HSQC
1102isotropic23D HNCA
1112isotropic23D HNHA
1122isotropic23D HN(CA)CB
1132isotropic23D 1H-15N NOESY
1142isotropic23D (H)CCH-COSY
1152isotropic23D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.40 mM [U-13C; U-15N] ISLET AMYLOID POLYPEPTIDE, 0.48 mM HI18, 20 mM sodium phosphate, 93% H2O/7% D2O13C-15N-IAPP, NA-HI1813C_15N_IAPP93% H2O/7% D2O
solution20.48 mM ISLET AMYLOID POLYPEPTIDE, 0.40 mM [U-13C; U-15N] HI18, 20 mM sodium phosphate, 93% H2O/7% D2ONA-IAPP, 13C-15N-HI1813C_15N_HI1893% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.40 mMISLET AMYLOID POLYPEPTIDE[U-13C; U-15N]1
0.48 mMHI18natural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
0.48 mMISLET AMYLOID POLYPEPTIDEnatural abundance2
0.40 mMHI18[U-13C; U-15N]2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: conditions_1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian VNMRSVarianVNMRS8001
Varian VNMRSVarianVNMRS9002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.21BRUNGER A. T. ET.AL.精密化
ARIA2.3.2LINGE精密化
CcpNmr Analysis2.3構造決定
NMRPipe7.9構造決定
VnmrJ2.3A構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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