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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5k3o | ||||||
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タイトル | Wolinella succinogenes L-asparaginase P121 and L-Aspartic acid | ||||||
要素 | L-asparaginase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / L-asparaginase / P121 / L-aspartic acid | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Wolinella succinogenes (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.696 Å | ||||||
データ登録者 | Nguyen, H.A. / Lave, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: The differential ability of asparagine and glutamine in promoting the closed/active enzyme conformation rationalizes the Wolinella succinogenes L-asparaginase substrate specificity. 著者: Nguyen, H.A. / Durden, D.L. / Lavie, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5k3o.cif.gz | 268.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5k3o.ent.gz | 216.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5k3o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5k3o_validation.pdf.gz | 464 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5k3o_full_validation.pdf.gz | 472.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5k3o_validation.xml.gz | 55.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5k3o_validation.cif.gz | 81.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/5k3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/5k3o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 330 / Label seq-ID: 3 - 330
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34903.742 Da / 分子数: 4 / 変異: S121P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Wolinella succinogenes (strain ATCC 29543 / DSM 1740 / LMG 7466 / NCTC 11488 / FDC 602W) (バクテリア) 株: ATCC 29543 / DSM 1740 / LMG 7466 / NCTC 11488 / FDC 602W 遺伝子: ansA, ansB, WS0660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50286, asparaginase #2: 化合物 | ChemComp-ASP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.12 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG2000, HEPES 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月30日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.696→30 Å / Num. obs: 139440 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.74 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 16.37 |
反射 シェル | 解像度: 1.696→1.8 Å / Num. unique all: 22086 / Rsym value: 0.718 / % possible all: 97.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1wsa 解像度: 1.696→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.194 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.103 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.87 Å2 / Biso mean: 26.87 Å2 / Biso min: 10.09 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.696→30 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.696→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
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