PDB-5k1s: crystal structure of AibC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k1s

タイトル

crystal structure of AibC

要素

Oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family

キーワード

OXIDOREDUCTASE / medium chain reductase / isovalerate / hexahistidine tag / TEV-protease recognition sequence

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Myxococcus xanthus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Bock, T. / Mueller, R. / Blankenfeldt, W.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of AibC, a reductase involved in alternative de novo isovaleryl coenzyme A biosynthesis in Myxococcus xanthus.
著者: Bock, T. / Muller, R. / Blankenfeldt, W.

履歴

登録	2016年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月17日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k1s.cif.gz	713 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k1s.ent.gz	608.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k1s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5k1s_validation.pdf.gz	472.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5k1s_full_validation.pdf.gz	490.4 KB	表示
XML形式データ	5k1s_validation.xml.gz	46.3 KB	表示
CIF形式データ	5k1s_validation.cif.gz	63.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/5k1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/5k1s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7b3o-d 4xdn-d 4pbb-d 5w94-1 7ch5-d 2eb2-1 7ch4-d 3sdq-d 4zpv-1 1kb5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (7) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family

C: Oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family

B: Oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family

D: Oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family

ヘテロ分子

153 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family

B: Oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
76.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family

D: Oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
76.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.294, 77.427, 309.638
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family 分子量: 38227.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (strain DK 1622) (バクテリア) 株: DK 1622 / 遺伝子: MXAN_4266 / プラスミド: pET19m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1D4I2
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3 M NaCl, 0.1 M HEPES pH 7.4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 1.2779 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.2779 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.55→48.36 Å / Num. obs: 61786 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 53.71 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.145 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 800735

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.55-2.62	13.6	1.584	1	100
11.4-48.36	11.6	0.05	1	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
Aimless	0.5.25	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.55→42.942 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.24

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2688	3087	5 %
R_work	0.2343	-	-
obs	0.236	61690	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 291.05 Å² / B_iso mean: 82.6892 Å² / B_iso min: 25.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.55→42.942 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9836	0	8	107	9951
B_iso mean	-	-	91.17	37.86	-
残基数	-	-	-	-	1382

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	9992
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.437	13598
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1624
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1802
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.189	5940

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.55-2.5899	0.3732	146	0.3503	2619	2765
2.5899-2.6323	0.3708	167	0.3339	2578	2745
2.6323-2.6777	0.3492	144	0.3225	2623	2767
2.6777-2.7264	0.3276	142	0.3084	2613	2755
2.7264-2.7788	0.3149	146	0.3084	2631	2777
2.7788-2.8355	0.3241	159	0.2978	2606	2765
2.8355-2.8972	0.2881	127	0.3039	2624	2751
2.8972-2.9646	0.3684	124	0.3038	2671	2795
2.9646-3.0387	0.3372	151	0.3081	2643	2794
3.0387-3.1208	0.3142	138	0.2883	2594	2732
3.1208-3.2126	0.2954	151	0.2691	2665	2816
3.2126-3.3163	0.2957	141	0.261	2652	2793
3.3163-3.4348	0.313	135	0.2444	2611	2746
3.4348-3.5722	0.2886	172	0.2436	2613	2785
3.5722-3.7347	0.2638	153	0.2242	2649	2802
3.7347-3.9315	0.2394	114	0.2213	2716	2830
3.9315-4.1776	0.2502	134	0.198	2648	2782
4.1776-4.4999	0.176	123	0.1818	2729	2852
4.4999-4.9521	0.1984	148	0.1801	2686	2834
4.9521-5.6673	0.24	130	0.2034	2712	2842
5.6673-7.1349	0.2555	132	0.2284	2784	2916
7.1349-42.9481	0.2722	110	0.2111	2936	3046

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1113	0.0694	0.43	0.2548	-0.1233	0.2408	0.1581	-0.086	-0.2719	0.1106	0.0803	-0.0343	0.0447	-0.2651	-0.105	0.3217	-0.0273	-0.0427	0.933	0.2289	0.5457	30.7693	12.5488	160.8677
2	2.0563	-0.0141	-0.3416	0.8592	-0.1373	0.4432	0.0863	-0.1053	-0.0422	0.0154	-0.0236	0.0277	0.0045	0.0959	-0.0046	0.2473	-0.0153	-0.0038	0.7905	0.1531	0.4772	18.1161	21.7177	158.1853
3	0.5759	-0.5242	0.2349	0.8602	0.0744	0.3718	0.2799	-0.1758	0.254	-0.2594	-0.2291	-0.3292	-0.2818	0.3583	-0.0411	0.3155	-0.0065	0.1297	0.6971	0.1007	0.5372	23.9245	32.8499	150.568
4	3.0116	-0.0552	1.0915	2.247	1.1289	0.9815	0.0956	-0.1867	0.0045	0.2118	-0.054	-0.0153	0.0232	-0.0729	-0.0018	0.9322	0.2026	0.0537	0.6893	-0.0742	0.7748	9.9701	51.8914	160.768
5	3.1584	-0.1099	2.3836	0.8484	0.3242	1.9908	0.0535	-0.0672	0.2032	0.1514	-0.0323	0.1187	-0.2427	-0.1695	0.0203	0.8634	0.2323	0.2001	0.743	-0.1901	0.6995	2.719	54.5814	157.1506
6	0.7434	-0.2444	0.1274	0.6125	-0.1311	0.5848	0.0887	-0.3595	0.2644	0.0444	-0.088	-0.1307	-0.6482	-0.278	0.0236	0.5314	0.1772	0.1577	0.705	0.0736	0.5681	8.7896	44.2599	147.9847
7	2.6053	1.4076	-0.402	1.3788	0.2264	1.6333	0.0245	-0.1755	0.3633	0.3516	-0.0347	0.2203	-0.2507	-0.1267	0.0271	0.446	-0.0716	0.0959	1.1056	0.0467	0.5337	17.5151	28.8067	169.744
8	0.458	-0.369	0.0531	3.6345	-0.1345	0.0124	0.1603	-0.0752	-0.0317	-0.0198	0.1043	0.1719	0.2182	0.0328	-0.0588	1.0264	-0.1003	-0.2463	0.4265	0.0367	0.4203	-7.3451	54.5404	70.655
9	0.2416	0.0151	0.0282	0.6752	0.6395	0.6265	0.0635	0.1567	0.2007	-0.079	0.0297	0.1825	-0.0897	0.0085	-0.0621	1.0859	0.0075	-0.0929	0.3101	0.0548	0.3979	-0.2541	48.4707	72.0156
10	0.4486	-0.3062	0.2355	0.4055	-0.0662	0.6062	-0.085	-0.0907	0.1031	-0.3241	0.1098	0.0115	-0.0867	0.175	-0.0546	0.8543	-0.0104	-0.0596	0.2965	-0.0211	0.4773	6.0192	45.1204	80.6527
11	1.7442	-0.3223	-0.5184	0.8584	0.0488	0.6743	-0.0834	-0.2221	0.1134	0.0734	-0.0572	-0.258	-0.1041	0.3925	0.0636	0.5468	0.0296	-0.0242	0.6165	-0.0501	0.661	25.0977	38.5112	89.253
12	1.7104	-0.2497	-0.2448	1.7726	-0.5893	0.2593	-0.0797	0.2546	0.0365	-0.2119	0.0868	-0.3687	0.0569	0.2689	-0.0408	0.5438	0.0809	0.0796	0.8027	-0.0515	0.5671	30.6011	33.6521	77.3644
13	0.3763	-0.185	-0.0276	0.4609	-0.2039	0.3167	-0.1163	-0.0098	-0.0107	-0.3674	0.1056	-0.4084	0.5433	0.6244	-0.0062	0.8528	0.2792	0.0587	0.7004	-0.0952	0.6272	26.8136	23.4038	86.7849
14	1.6718	-0.1237	-0.4433	0.6886	0.3139	1.6853	-0.0785	0.1932	-0.0654	-0.1839	-0.0512	-0.3388	-0.0993	0.3812	-0.0114	0.8812	-0.0871	0.0545	0.5516	0.0127	0.6305	21.4222	46.7734	77.8738
15	1.3689	0.3683	0.1528	3.1725	-0.2734	1.7745	-0.0873	0.333	-0.2781	-0.1055	0.0188	-0.3393	0.2453	0.3915	0.0382	1.2114	0.0023	0.0658	0.511	-0.036	0.4094	10.3814	37.4475	63.4176
16	0.7602	-0.2184	0.1187	1.1321	-0.3692	0.5321	-0.1253	-0.0924	0.0442	0.0485	-0.0264	-0.062	0.0069	-0.0027	-0.0136	1.194	0.9155	0.146	1.1856	0.2118	0.9826	-21.731	66.2188	120.2583
17	0.5799	-0.7414	0.0251	1.2	0.1071	0.1398	0.0916	0.0337	0.2957	-0.179	0.1711	0.0421	-0.844	-0.4001	0.3071	1.1682	0.9102	0.2335	0.8742	0.371	0.77	-4.6971	55.7793	119.5354
18	0.4393	0.1288	-0.1696	0.9392	-0.1479	1.1849	0.1755	-0.0573	-0.1125	-0.2118	-0.0069	0.3518	0.1044	-0.5815	-0.0742	0.5084	0.2531	-0.0104	0.9563	0.1858	0.651	-3.2047	29.493	125.912
19	0.0611	0.0876	0.0384	0.3532	-0.3001	0.6513	0.2842	0.0251	0.0068	-0.3893	0.0361	0.254	-0.4166	-0.3122	0.0025	0.6234	0.4403	0.1527	0.6969	0.1978	0.5825	0.598	42.8094	128.3803
20	0.9551	-0.0659	0.37	0.0055	-0.0199	0.1572	0.0236	-0.0229	-0.2771	-0.0668	-0.0853	0.2725	0.3353	-0.1194	0.1097	1.0471	0.4864	-0.1078	1.1553	0.227	0.9728	-22.8985	49.1113	116.3865
21	0.0029	0.0001	-0.0038	0.001	-0.0012	0.0034	-0.0565	-0.1459	-0.2152	0.1966	-0.0316	0.2579	0.3604	-0.3976	0.0978	1.2858	0.3106	0.2026	1.4409	-0.0097	1.5987	-19.6073	43.0373	118.8829
22	4.0058	0.2356	0.0235	5.7616	-3.2092	7.9444	-0.0145	0.2665	0.1819	-0.326	-0.1277	-0.0901	-0.0166	0.1003	0.09	1.2467	0.3158	-0.0739	1.2941	0.272	1.2299	-20.234	57.9269	109.0343
23	0.9051	-0.4482	0.2862	0.4897	-0.3101	0.4031	0.0742	-0.1771	-0.1526	0.0455	0.0605	-0.2297	0.6996	0.6374	0.0404	0.8277	0.6529	-0.2438	0.936	-0.0422	0.6893	30.7367	12.6608	115.4902
24	0.5685	0.0124	0.6846	0.4489	-0.2876	1.4634	0.0329	-0.1968	-0.3126	-0.1898	0.147	-0.0413	0.4774	0.1953	-0.103	0.8074	0.2607	-0.1176	0.4698	-0.0453	0.5777	15.752	19.7044	104.5233
25	0.7343	-0.1941	0.0808	1.2611	0.3885	1.7205	0.1339	0.1156	-0.3999	-0.2871	-0.2545	0.3243	0.1264	-0.2344	-0.0631	1.2455	0.6471	-0.3201	0.8231	-0.1152	1.058	25.9871	-2.6388	117.0956

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -13 through 28 )	A	-13 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 62 )	A	29 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 190 )	A	63 - 190
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 191 through 209 )	A	191 - 209
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 210 through 230 )	A	210 - 230
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 231 through 312 )	A	231 - 312
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 313 through 344 )	A	313 - 344
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid -13 through 11 )	C	-13 - 11
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 12 through 40 )	C	12 - 40
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 41 through 150 )	C	41 - 150
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 151 through 168 )	C	151 - 168
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 169 through 213 )	C	169 - 213
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 214 through 293 )	C	214 - 293
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 294 through 315 )	C	294 - 315
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 316 through 344 )	C	316 - 344
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 0 through 28 )	B	0 - 28
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 29 through 189 )	B	29 - 189
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 190 through 253 )	B	190 - 253
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 254 through 311 )	B	254 - 311
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 312 through 330 )	B	312 - 330
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 331 through 338 )	B	331 - 338
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 339 through 344 )	B	339 - 344
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid -1 through 217 )	D	-1 - 217
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 218 through 312 )	D	218 - 312
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 313 through 343 )	D	313 - 343

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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