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- PDB-5k0k: Crystal structure of the catalytic domain of the proto-oncogene t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k0k
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of the proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER in complex with inhibitor UNC2434
要素Tyrosine-protein kinase Mer
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / Macrocyclic / Pyrrolopyrimidines / Drug Design / Fibrinolytic Agents / Protein Kinase Inhibitors / Proto-Oncogene Proteins / Pyrimidines / Receptor Protein-Tyrosine Kinases / Structure-Activity Relationship / Thrombosis / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis ...negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / establishment of localization in cell / Cell surface interactions at the vascular wall / receptor protein-tyrosine kinase / platelet activation / cell migration / cell-cell signaling / retina development in camera-type eye / nervous system development / spermatogenesis / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / protein phosphorylation / extracellular space / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6Q1 / Tyrosine-protein kinase Mer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.545 Å
データ登録者Wang, X. / Liu, J. / Zhang, W. / Stashko, M.A. / Nichols, J. / DeRyckere, D. / Miley, M.J. / Norris-Drouin, J. / Chen, Z. / Machius, M. ...Wang, X. / Liu, J. / Zhang, W. / Stashko, M.A. / Nichols, J. / DeRyckere, D. / Miley, M.J. / Norris-Drouin, J. / Chen, Z. / Machius, M. / Wood, E. / Graham, D.K. / Earp, H.S. / Graham, K. / Kireev, D. / Frye, S.V.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2016
タイトル: Design and Synthesis of Novel Macrocyclic Mer Tyrosine Kinase Inhibitors.
著者: Wang, X. / Liu, J. / Zhang, W. / Stashko, M.A. / Nichols, J. / Miley, M.J. / Norris-Drouin, J. / Chen, Z. / Machius, M. / DeRyckere, D. / Wood, E. / Graham, D.K. / Earp, H.S. / Kireev, D. / Frye, S.V.
履歴
登録2016年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase Mer
B: Tyrosine-protein kinase Mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,93911
ポリマ－71,7792
非ポリマー1,1609
水50428
1
A: Tyrosine-protein kinase Mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4936
ポリマ－35,8891
非ポリマー6035
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein kinase Mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4465
ポリマ－35,8891
非ポリマー5574
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.072, 91.315, 69.203
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase Mer / Proto-oncogene c-Mer / Receptor tyrosine kinase MerTK


分子量: 35889.434 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain, UNP residues 570-864 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MERTK, MER / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12866, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-6Q1 / 15-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]phenyl}-4,5,6,7,9,10,11,12-octahydro-2,16-(azenometheno)pyrrolo[2,1-d][1,3,5,9]te traazacyclotetradecin-8(3H)-one / UNC2434


分子量: 461.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H35N7O
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.37 %
結晶化温度: 285.2 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein at 32.5 mg/mL (in 20 mM Tris pH 8.0, 500 mM NaCl, 2mM BME) was incubated overnight with inhibitor at 2.5 mM final concentration, and then was mixed 1:1 with crystallization solution ...詳細: Protein at 32.5 mg/mL (in 20 mM Tris pH 8.0, 500 mM NaCl, 2mM BME) was incubated overnight with inhibitor at 2.5 mM final concentration, and then was mixed 1:1 with crystallization solution (27-33% (v/v) Peg 400, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris pH 8.5).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月12日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.545→34.55 Å / Num. obs: 20516 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 35.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.545→2.57 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.686 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1261精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BRB

3brb


解像度: 2.545→34.547 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.97
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2543 1772 10 %Random selection
Rwork0.1979 ---
obs0.2035 17714 86.05 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 209.51 Å2 / Biso mean: 56.6 Å2 / Biso min: 20.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.545→34.547 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4076 0 145 28 4249
Biso mean--57.12 36.25 -
残基数----508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044276
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.725782
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043640
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003722
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7991650
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5446-2.61340.2717690.238761768644
2.6134-2.69020.3441850.245876985454
2.6902-2.7770.31921010.2399910101165
2.777-2.87620.29351160.23651045116173
2.8762-2.99130.32581330.23941197133085
2.9913-3.12740.31891540.24151380153498
3.1274-3.29210.34571580.232314231581100
3.2921-3.49820.27891570.199514131570100
3.4982-3.7680.22561600.185714381598100
3.768-4.14660.2241590.168414281587100
4.1466-4.74540.18311580.159914271585100
4.7454-5.97360.20761590.176214341593100
5.9736-34.54980.23541630.192514611624100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.1120.05871.78268.98550.50279.44330.1617-0.6049-0.4162-0.0165-0.0011-0.51120.31930.6197-0.19830.33930.0389-0.04790.4068-0.04770.334410.8882-9.369419.0199
24.70530.86584.14860.3790.46013.9801-0.6445-0.31910.32930.0186-0.0298-0.56040.07840.95120.29630.33930.0619-0.14570.8161-0.0410.525315.4194-2.047725.3059
33.5886-4.68114.43337.0578-3.94878.86640.37310.65180.06270.6522-0.2473-0.81-0.1661.4965-0.12970.54090.01420.04570.5161-0.05730.46756.643-4.35433.4314
42.5908-1.0789-1.21474.2866-0.21912.94710.0311-0.1054-0.221-0.25590.14550.10370.20460.1161-0.19780.2118-0.0362-0.0190.24230.00160.2538-2.48184.113123.8314
54.5398-0.1019-0.655.5246-0.13345.68270.1998-0.35040.3940.4138-0.0403-0.6326-0.69940.5306-0.15670.2444-0.0726-0.02350.336-0.00830.37940.468619.773832.604
64.94230.9277-0.0055.9934-0.76663.98370.0484-0.2144-0.01360.22520.18020.1548-0.4129-0.5894-0.19610.22450.03020.11010.32380.01550.2554-13.118916.546834.6716
75.6950.3533-2.41813.9328-1.53275.81550.09530.31730.2254-0.31620.1542-0.0873-0.42020.7967-0.24920.3275-0.1135-0.03870.501-0.06710.309810.731651.422417.7656
84.5042.78752.65884.5111.43332.6625-0.17360.01430.06070.04820.1085-0.01710.09670.91890.09040.338-0.05230.00290.54140.00920.239410.764247.73715.2608
92.4004-0.2269-0.12185.0714-1.015.27330.01630.0676-0.0195-0.1005-0.01-0.14260.15480.12220.01090.1986-0.0427-0.00930.26010.03540.2486-1.10429.29473.7596
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 577 through 612 )A577 - 612
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 613 through 628 )A613 - 628
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 629 through 651 )A629 - 651
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 652 through 763 )A652 - 763
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 764 through 814 )A764 - 814
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 815 through 863 )A815 - 863
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 577 through 643 )B577 - 643
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 644 through 678 )B644 - 678
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 679 through 862 )B679 - 862

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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