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- PDB-5jzj: Crystal structure of DCLK1-KD in complex with AMPPN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jzj
タイトルCrystal structure of DCLK1-KD in complex with AMPPN
要素Serine/threonine-protein kinase DCLK1
キーワードTRANSFERASE / kinase / doublecortin
機能・相同性
機能・相同性情報


central nervous system projection neuron axonogenesis / axon extension / negative regulation of protein localization to nucleus / dendrite morphogenesis / endosomal transport / protein localization to nucleus / forebrain development / neuron projection morphogenesis / central nervous system development / neuron migration ...central nervous system projection neuron axonogenesis / axon extension / negative regulation of protein localization to nucleus / dendrite morphogenesis / endosomal transport / protein localization to nucleus / forebrain development / neuron projection morphogenesis / central nervous system development / neuron migration / response to virus / nervous system development / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Doublecortin / Doublecortin domain profile. / Domain in the Doublecortin (DCX) gene product / Doublecortin domain / Doublecortin domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Doublecortin / Doublecortin domain profile. / Domain in the Doublecortin (DCX) gene product / Doublecortin domain / Doublecortin domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMP PHOSPHORAMIDATE / Serine/threonine-protein kinase DCLK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Patel, O. / Lucet, I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Biochemical and Structural Insights into Doublecortin-like Kinase Domain 1.
著者: Patel, O. / Dai, W. / Mentzel, M. / Griffin, M.D. / Serindoux, J. / Gay, Y. / Fischer, S. / Sterle, S. / Kropp, A. / Burns, C.J. / Ernst, M. / Buchert, M. / Lucet, I.S.
履歴
登録2016年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase DCLK1
B: Serine/threonine-protein kinase DCLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9477
ポリマ－66,9502
非ポリマー9975
水8,881493
1
A: Serine/threonine-protein kinase DCLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0224
ポリマ－33,4751
非ポリマー5473
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase DCLK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9263
ポリマ－33,4751
非ポリマー4512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.390, 81.270, 59.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.100, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase DCLK1 / Doublecortin domain-containing protein 3A / Doublecortin-like and CAM kinase-like 1 / Doublecortin- ...Doublecortin domain-containing protein 3A / Doublecortin-like and CAM kinase-like 1 / Doublecortin-like kinase 1


分子量: 33475.086 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 372-649 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCLK1, DCAMKL1, DCDC3A, KIAA0369 / プラスミド: pCOLD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O15075, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-AN2 / AMP PHOSPHORAMIDATE / アミドりん酸5′-アデニリル


分子量: 426.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N6O9P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG MME 5000, ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→56.35 Å / Num. obs: 57833 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 21.39 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 297540 / Scaling rejects: 65
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.71-1.744.90.6961479530130.7770.3510.783399.8
9.06-56.3550.08920704140.9830.0430.09917.699.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.2.7データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.0精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Y7J

2y7j


解像度: 1.71→56.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9445 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9334 / SU R Cruickshank DPI: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.108 / SU Rfree Blow DPI: 0.103 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.101
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2083 2932 5.07 %RANDOM
Rwork0.1768 ---
obs0.1784 57807 99.57 %-
原子変位パラメータBiso max: 95.67 Å2 / Biso mean: 25.92 Å2 / Biso min: 8.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.2428 Å20 Å26.635 Å2
2--4.9689 Å20 Å2
3----1.7261 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.186 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.71→56.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4099 0 56 493 4648
Biso mean--18.11 35.27 -
残基数----533
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1950SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes94HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes621HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4281HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion582SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5406SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4281HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5852HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.61
LS精密化 シェル解像度: 1.71→1.75 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2253 217 5.36 %
Rwork0.21 3831 -
all0.2109 4048 -
obs--99.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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