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万見
- PDB-5jxv: Solid-state MAS NMR structure of immunoglobulin beta 1 binding do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jxv
タイトルSolid-state MAS NMR structure of immunoglobulin beta 1 binding domain of protein G (GB1)
要素Immunoglobulin G-binding protein G
キーワードIMMUNE SYSTEM / Globular / alpha beta
機能・相同性Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis (バクテリア)
手法個体NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Andreas, L.B. / Jaudzems, K. / Stanek, J. / Lalli, D. / Bertarello, A. / Le Marchand, T. / Cala-De Paepe, D. / Kotelovica, S. / Akopjana, I. / Knott, B. ...Andreas, L.B. / Jaudzems, K. / Stanek, J. / Lalli, D. / Bertarello, A. / Le Marchand, T. / Cala-De Paepe, D. / Kotelovica, S. / Akopjana, I. / Knott, B. / Wegner, S. / Engelke, F. / Lesage, A. / Emsley, L. / Tars, K. / Herrmann, T. / Pintacuda, G.
資金援助 フランス, ドイツ, 6件
組織認可番号国
Centre national de la recherche scientifiqueIR-RMN FR3050 フランス
European Union's FP72012-ITN no 317127 フランス
European Research Council648974 フランス
European Union's FP7624918 フランス
European Union's Horison 2020661175 フランス
European Molecular Biology OrganizationGA-2013-609409 ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structure of fully protonated proteins by proton-detected magic-angle spinning NMR.
著者: Andreas, L.B. / Jaudzems, K. / Stanek, J. / Lalli, D. / Bertarello, A. / Le Marchand, T. / Cala-De Paepe, D. / Kotelovica, S. / Akopjana, I. / Knott, B. / Wegner, S. / Engelke, F. / Lesage, A. ...著者: Andreas, L.B. / Jaudzems, K. / Stanek, J. / Lalli, D. / Bertarello, A. / Le Marchand, T. / Cala-De Paepe, D. / Kotelovica, S. / Akopjana, I. / Knott, B. / Wegner, S. / Engelke, F. / Lesage, A. / Emsley, L. / Tars, K. / Herrmann, T. / Pintacuda, G.
履歴
登録2016年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22016年8月31日Group: Database references
改定 1.32018年2月7日Group: Experimental preparation / カテゴリ: pdbx_nmr_exptl_sample_conditions
Item: _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature_units
改定 1.42018年2月28日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.62024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin G-binding protein G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2291
ポリマ－6,2291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4100 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein G


分子量: 6228.809 Da / 分子数: 1 / 変異: T2Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis (バクテリア)
遺伝子: WH79_02070 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F5P4G8

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic1(H)NCAH
1111isotropic1(H)N(CO)CAH
1121isotropic1(H)COCAH
1131isotropic1(H)CO(N)CAH
121isotropic1(H)CANH
131isotropic1(H)(CO)CA(CO)NH
141isotropic1(H)(CA)CB(CA)NH
151isotropic1(H)N(CA)(CO)NH
161isotropic1(H)N(CO)(CA)NH
171isotropic1(H)CCH-TOCSY
181isotropic1(H)NHH-RFDR
191isotropic1(H)CHH-RFDR
1101isotropic1H(H)CH-RFDR-aromatic13C

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試料調製

詳細タイプ: solid
内容: 12.5 mM sodium phosphate, 45 % methyl-2,4-pentane diol, 22.5 % isopropyl alcohol, 800 mg/mL [U-99% 13C; U-99% 15N] B1 domain of Immunoglobulin G-Binding protein G, H20/MPD/IPA
詳細: microcrystalline / Label: A / 溶媒系: H20/MPD/IPA
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
12.5 mMsodium phosphatenatural abundance1
45 %methyl-2,4-pentane diolnatural abundance1
22.5 %isopropyl alcoholnatural abundance1
800 mg/mLB1 domain of Immunoglobulin G-Binding protein G[U-99% 13C; U-99% 15N]1
試料状態イオン強度: 12.5 mM / Ionic strength err: 5 / Label: A / pH: 5.6 / PH err: 0.1 / 圧: variable atm / 温度: 283 K / Temperature err: 5

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 1000 MHz / 詳細: MAS 111 kHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CANDID2.6.0Herrmann, Guntert and Wuthrichstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
SparkyGoddardchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxstructure calculation
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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