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- PDB-5jwc: Structure of NDH2 from plasmodium falciparum in complex with RYL-552 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jwc
タイトルStructure of NDH2 from plasmodium falciparum in complex with RYL-552
要素NADH dehydrogenase, putative
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PfNDH2 / NDH2 / plasmodium falciparum / malaria / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH:quinone reductase (non-electrogenic) / NADPH:quinone reductase activity / : / NADH dehydrogenase (quinone) (non-electrogenic) activity / oxidoreductase activity / nucleotide binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / PfNDH2 helical insertion domain / : / NDH2 C-terminal domain / Alternative NADH dehydrogenase / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4W0 / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic)
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.051 Å
データ登録者Yu, Y.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Target Elucidation by Cocrystal Structures of NADH-Ubiquinone Oxidoreductase of Plasmodium falciparum (PfNDH2) with Small Molecule To Eliminate Drug-Resistant Malaria
著者: Yang, Y. / Yu, Y. / Li, X. / Li, J. / Wu, Y. / Yu, J. / Ge, J. / Huang, Z. / Jiang, L. / Rao, Y. / Yang, M.
履歴
登録2016年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH dehydrogenase, putative
H: NADH dehydrogenase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,18922
ポリマ－120,5982
非ポリマー5,59020
水8,071448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11930 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area43170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.603, 192.603, 92.025
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AH

#1: タンパク質 NADH dehydrogenase, putative


分子量: 60299.215 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-533 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PFI0735c / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I302, NADH dehydrogenase

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非ポリマー , 5種, 468分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-TRT / FRAGMENT OF TRITON X-100 / 1-{2-[2-(2-METHOXYETHOXY)ETHOXY]ETHOXY}-4-(1,1,3,3-TETRAMETHYLBUTYL)BENZENE


分子量: 352.508 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36O4 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-4W0 / 5-fluoro-3-methyl-2-{4-[4-(trifluoromethoxy)benzyl]phenyl}quinolin-4(1H)-one


分子量: 427.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H17F4NO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.97 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: protein (10mg/ml) reservoir solution (2.7M sodium acetate trihydrate, pH screen kit from Hampoton Research at 4.8 or 10.0 )

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 105189 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 36.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 1.462 / Net I/av σ(I): 20.872 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 558294
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.05-2.125.40.7391100
2.12-2.215.40.5241100
2.21-2.315.40.3861100
2.31-2.435.40.2931100
2.43-2.585.40.2181100
2.58-2.785.40.1461100
2.78-3.065.40.0991100
3.06-3.515.30.0711100
3.51-4.424.80.062199.9
4.42-5050.047198.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G6G

4g6g


解像度: 2.051→30.453 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2205 5245 4.99 %
Rwork0.1871 --
obs0.1888 105154 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 95.27 Å2 / Biso mean: 40.38 Å2 / Biso min: 20.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.051→30.453 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8094 0 380 448 8922
Biso mean--44.47 43.65 -
残基数----990
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098702
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27111801
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051429
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2953285
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0508-2.07410.28711620.259132963458100
2.0741-2.09850.28841690.252533563525100
2.0985-2.1240.28241720.24832613433100
2.124-2.15090.28071620.244333843546100
2.1509-2.17920.26421900.233732913481100
2.1792-2.20910.26121800.23433093489100
2.2091-2.24060.24331520.22633423494100
2.2406-2.27410.23291920.213833083500100
2.2741-2.30960.28641550.221133473502100
2.3096-2.34740.28821610.224433323493100
2.3474-2.38790.2911920.220633233515100
2.3879-2.43130.28841630.220833303493100
2.4313-2.4780.28431840.221833263510100
2.478-2.52860.25721790.215832993478100
2.5286-2.58350.27821630.212533103473100
2.5835-2.64360.2442060.210233123518100
2.6436-2.70970.20791670.203233523519100
2.7097-2.78290.26111800.216333093489100
2.7829-2.86470.27941400.212933583498100
2.8647-2.95710.26241800.217933503530100
2.9571-3.06270.22241620.206533623524100
3.0627-3.18520.23141710.209333263497100
3.1852-3.330.21491840.191433223506100
3.33-3.50530.21161850.173533473532100
3.5053-3.72460.21491730.169933103483100
3.7246-4.01160.18392000.154433503550100
4.0116-4.41420.16861730.145633323505100
4.4142-5.05040.17031700.150433763546100
5.0504-6.35350.2191940.177133563550100
6.3535-30.45660.18991840.16163333351797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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