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万見
- PDB-5jw3: Structure of MEDI8852 Fab Fragment in Complex with H7 HA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jw3
タイトルStructure of MEDI8852 Fab Fragment in Complex with H7 HA
要素
  • (Hemagglutinin) x 2
  • MEDI8852 heavy chain
  • MEDI8852 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody Influenza Broadly Neutralizing
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Collins, P.J. / Neu, U. / Walker, P.A. / Vorlaender, M.K. / Ogrodowicz, R.W. / Martin, S.R. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Structure and Function Analysis of an Antibody Recognizing All Influenza A Subtypes.
著者: Kallewaard, N.L. / Corti, D. / Collins, P.J. / Neu, U. / McAuliffe, J.M. / Benjamin, E. / Wachter-Rosati, L. / Palmer-Hill, F.J. / Yuan, A.Q. / Walker, P.A. / Vorlaender, M.K. / Bianchi, S. / ...著者: Kallewaard, N.L. / Corti, D. / Collins, P.J. / Neu, U. / McAuliffe, J.M. / Benjamin, E. / Wachter-Rosati, L. / Palmer-Hill, F.J. / Yuan, A.Q. / Walker, P.A. / Vorlaender, M.K. / Bianchi, S. / Guarino, B. / De Marco, A. / Vanzetta, F. / Agatic, G. / Foglierini, M. / Pinna, D. / Fernandez-Rodriguez, B. / Fruehwirth, A. / Silacci, C. / Ogrodowicz, R.W. / Martin, S.R. / Sallusto, F. / Suzich, J.A. / Lanzavecchia, A. / Zhu, Q. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.
履歴
登録2016年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: MEDI8852 heavy chain
L: MEDI8852 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,5297
ポリマ－101,1344
非ポリマー1,3943
水00
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: MEDI8852 heavy chain
L: MEDI8852 light chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: MEDI8852 heavy chain
L: MEDI8852 light chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
H: MEDI8852 heavy chain
L: MEDI8852 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)307,58621
ポリマ－303,40312
非ポリマー4,1839
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area52620 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area111020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.990, 143.990, 130.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 34533.840 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-334 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Influenza A virus (A/turkey/Italy/214845/2002(H7N3)) (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q701U0, UniProt: Q6GYW3*PLUS
#2: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 19679.570 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 340-509 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Influenza A virus (A/turkey/Italy/214845/2002(H7N3)) (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q701U0, UniProt: Q6GYW3*PLUS

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 MEDI8852 heavy chain


分子量: 24470.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 MEDI8852 light chain


分子量: 22450.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 3種, 3分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 45% PEP 15/4, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.75→48.433 Å / Num. obs: 15424 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.56 % / Biso Wilson estimate: 136.98 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 9.89
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.75-3.851.2711.1195.3
3.85-3.950.9181.48195.3
3.95-4.070.6482.06194
4.07-4.190.4942.67193.2
4.19-4.330.3793.78195.3
4.33-4.480.2784.67194.8
4.48-4.650.235.73194.4
4.65-4.840.216.2193.9
4.84-5.060.1926.44193
5.06-5.30.1697.81193.2
5.3-5.590.1628.12194.1
5.59-5.930.1369.32193.9
5.93-6.340.11510.96193
6.34-6.850.09912.23191.5
6.85-7.50.07117.78192.4
7.5-8.390.04624.07192.6
8.39-9.680.0333.29191.8
9.68-11.860.02144.9189.7
11.86-16.770.0245.87190.4
16.770.01852.09182.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BSG (chains A+B) and 5JW5 (chains H+L)

4bsg

5jw5


解像度: 3.75→48.433 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2631 1210 7.85 %
Rwork0.2242 --
obs0.2269 15416 93.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 289.49 Å2 / Biso mean: 151.4283 Å2 / Biso min: 100.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.75→48.433 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7051 0 92 0 7143
Biso mean--128.64 --
残基数----914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077299
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2319880
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681102
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051280
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.62657
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.7501-3.90020.32281430.32441581172495
3.9002-4.07770.30531270.30091548167594
4.0777-4.29250.28471470.2621554170194
4.2925-4.56130.3171220.22791595171795
4.5613-4.91310.23581260.21681585171194
4.9131-5.4070.24421570.23071550170793
5.407-6.1880.25681300.22631579170994
6.188-7.7910.22921560.22461558171492
7.791-48.43710.26541020.18251656175890
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5732-0.2133-0.35570.50140.54563.38980.24780.0438-0.2514-0.0194-0.0350.17210.6190.025401.42220.02320.05241.2449-0.04421.337467.804722.46120.7864
21.26080.4030.41512.3975-0.79512.0766-0.12940.67460.0463-1.78510.0150.532-0.1973-0.488202.08580.0383-0.30181.6147-0.0811.683657.730523.4839-33.2521
32.12271.7961-1.15671.6168-1.36642.3045-0.0921.20660.4364-2.4117-0.07080.01020.1203-0.214-03.71830.1819-0.57772.5640.15971.768957.279729.7678-52.0161
41.03250.1257-0.53391.1686-0.20724.35410.0826-0.1899-0.1350.2299-0.12360.15750.0218-0.2792-0.01751.370.0582-0.00091.30890.01851.281566.94230.275619.5456
53.35331.71390.5236.1517-1.69013.8120.0915-0.1952-0.53590.3934-0.20840.55940.3433-0.1401-01.4184-0.02060.1561.2984-0.03641.434453.68172.342427.9312
64.423-0.10640.18034.734-1.86340.7584-0.02020.19320.2651-0.42990.02231.4592-0.1323-0.4497-01.49430.0779-0.10231.4423-0.12661.850140.134616.665615.9354
73.4127-0.92851.87593.3712-1.34491.23110.67020.7539-0.5814-0.3246-0.30170.6990.81140.9438-01.8070.1712-0.14631.8749-0.18812.624329.5237-16.216117.2681
81.28060.31041.94261.39831.2213.56510.2091-0.47190.56980.317-0.09991.89380.4153-0.2133-01.48560.02580.03641.8695-0.14953.357614.4967-9.377918.8191
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 1:46 or resseq 260:316)A1 - 46
2X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 1:46 or resseq 260:316)A260 - 316
3X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 47:108 or resseq 251:259)A47 - 108
4X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 47:108 or resseq 251:259)A251 - 259
5X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resseq 109:250)A109 - 250
6X-RAY DIFFRACTION4chain BB1 - 170
7X-RAY DIFFRACTION5chain H and resseq 1:130H1 - 130
8X-RAY DIFFRACTION6chain L and resseq 4:103L4 - 103
9X-RAY DIFFRACTION7chain H and resseq 131:229H131 - 229
10X-RAY DIFFRACTION8chain L and resseq 104:210L104 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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