PDB-5jvi: Thermolysin in complex with JC148.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jvi

タイトル

Thermolysin in complex with JC148.

要素

Thermolysin

キーワード

HYDROLASE / METALLOPROTEASE / HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.12 Å

データ登録者

Krimmer, S.G. / Cramer, J. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2016
タイトル: Rational Design of Thermodynamic and Kinetic Binding Profiles by Optimizing Surface Water Networks Coating Protein-Bound Ligands.
著者: Krimmer, S.G. / Cramer, J. / Betz, M. / Fridh, V. / Karlsson, R. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jvi.cif.gz	208.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jvi.ent.gz	167.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jvi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jvi_validation.pdf.gz	939 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jvi_full_validation.pdf.gz	939.2 KB	表示
XML形式データ	5jvi_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	5jvi_validation.cif.gz	28.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/5jvi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/5jvi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5js3C 5jssC 5jt9C 5jxnC 5l3uC 5l41C 5l8pC 8tlnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jxn-d 5n3y-d 3t8g-d 3ms3-d 5fss-d 5n31-d 1kr6-d 8tli-d 1tlx-d 1qf2-d 6d5p-d 2tmn-d 3f28-d 4d9w-d 1lnf-d 1kjp-d 1fju-d 1z9g-d 3p7u-d 1lne-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

E: Thermolysin

ヘテロ分子

35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.580, 92.580, 131.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-778- HOH
2	1	E-843- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質	Thermolysin / Thermostable neutral proteinase 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, thermolysin

-
非ポリマー , 6種, 446分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-6QC / ~{N}-[(2~{S})-1-[[(2~{R})-2,3-dimethylbutyl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]-(phenylmethoxycarbonylaminomethyl)phosphonamidic acid / JC148 分子量: 441.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₃O₅P
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / Density meas: 47.68 Mg/m³ / 溶媒含有率: 47.94 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 50 MM TRIS/HCL, 1.9 M CSCL, 50% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月9日
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.12→50 Å / Num. obs: 127067 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.4 % / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 26.06
反射シェル	解像度: 1.12→1.19 Å / 冗長度: 18.8 % / R_merge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 5.95 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8TLN

8tln

解像度: 1.12→30.364 Å / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 8.22

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1188	6352	5 %
R_work	0.1019	-	-
obs	0.1028	127058	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.12→30.364 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2419	0	58	435	2912

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2624
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.181	3586
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.037	920
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.097	379
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	473

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1196-1.1323	0.1491	208	0.1165	3952	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1323-1.1457	0.1328	209	0.1081	3963	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1457-1.1596	0.1274	208	0.1071	3964	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1596-1.1743	0.1351	209	0.0997	3953	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1743-1.1898	0.12	209	0.1012	3983	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1898-1.2061	0.1381	209	0.0983	3971	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2061-1.2233	0.1136	209	0.0979	3962	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2233-1.2415	0.1114	209	0.0936	3970	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2415-1.2609	0.1158	208	0.0924	3969	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2609-1.2816	0.1121	211	0.0925	3996	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2816-1.3037	0.1014	210	0.0872	3999	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3037-1.3274	0.1058	209	0.0866	3970	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3274-1.353	0.1124	210	0.0867	3979	X-RAY DIFFRACTION	100
1.353-1.3806	0.1194	210	0.0834	3999	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3806-1.4106	0.1193	210	0.0867	3991	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4106-1.4434	0.1166	210	0.0844	3985	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4434-1.4795	0.1024	210	0.0822	3994	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4795-1.5195	0.096	212	0.0812	4016	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5195-1.5642	0.1045	210	0.0805	4003	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5642-1.6147	0.0923	211	0.0829	4012	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6147-1.6724	0.092	212	0.0845	4029	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6724-1.7394	0.105	212	0.0883	4030	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7394-1.8185	0.1025	213	0.0919	4040	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8185-1.9144	0.1231	212	0.0946	4033	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9144-2.0343	0.1079	214	0.0996	4058	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0343-2.1913	0.1095	214	0.0965	4073	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1913-2.4118	0.1152	216	0.1019	4091	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4118-2.7606	0.1184	217	0.1072	4132	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7606-3.4772	0.127	220	0.1147	4178	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4772-30.375	0.1486	231	0.1363	4411	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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