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Yorodumi- PDB-5jvh: The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5jvh | ||||||
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Title | The crystal structure large ribosomal subunit (50S) of Deinococcus radiodurans in complex with evernimicin | ||||||
Components |
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Keywords | RIBOSOME / Antibiotics | ||||||
Function / homology | Function and homology information large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome ...large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Deinococcus radiodurans R1 (radioresistant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.58 Å | ||||||
Authors | Yonath, A. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2016 Title: Avilamycin and evernimicin induce structural changes in rProteins uL16 and CTC that enhance the inhibition of A-site tRNA binding. Authors: Krupkin, M. / Wekselman, I. / Matzov, D. / Eyal, Z. / Diskin Posner, Y. / Rozenberg, H. / Zimmerman, E. / Bashan, A. / Yonath, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5jvh.cif.gz | 4.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5jvh.ent.gz | 3.4 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5jvh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/5jvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/5jvh | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5jvgC 2zjrS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-RNA chain , 2 types, 2 molecules XY
#1: RNA chain | Mass: 933405.000 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Deinococcus radiodurans R1 (radioresistant) References: GenBank: 1026245073 |
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#2: RNA chain | Mass: 39605.695 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Deinococcus radiodurans R1 (radioresistant) References: GenBank: 11612676 |
+50S ribosomal protein ... , 26 types, 26 molecules ABCDEGHIJKLMNOPQRSTUVWZ123
-Non-polymers , 2 types, 124 molecules
#29: Chemical | ChemComp-6O1 / |
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#30: Chemical | ChemComp-MG / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.82 Å3/Da / Density % sol: 74.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.8 Details: Magnesium chloride, HEPES, ammonium chloride, ethanol, 2-ethyl-1,3-hexandiol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 1.033 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 12, 2005 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.58→30 Å / Num. obs: 264969 / % possible obs: 94.4 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 112.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Χ2: 1.256 / Net I/av σ(I): 9.752 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 982811 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2ZJR Resolution: 3.58→29.845 Å / FOM work R set: 0.8126 / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.75 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 340.53 Å2 / Biso mean: 96.69 Å2 / Biso min: 29.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.58→29.845 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 212.6279 Å / Origin y: 534.8714 Å / Origin z: 109.1717 Å
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Refinement TLS group |
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