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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jt8
タイトルStructural basis for the limited antibody cross reactivity between the mite allergens Blo t 1 and Der p 1
要素Blo t 1 allergen
キーワードALLERGEN / allergen mite
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine peptidase, cysteine active site ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Cysteine protease
類似検索 - 構成要素
生物種Blomia tropicalis (ダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Meno, K. / Kastrup, J.S. / Gajhede, M.
引用ジャーナル: Allergy / 年: 2017
タイトル: The structure of the mite allergen Blo t 1 explains the limited antibody cross-reactivity to Der p 1.
著者: Meno, K.H. / Kastrup, J.S. / Kuo, I.C. / Chua, K.Y. / Gajhede, M.
履歴
登録2016年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Blo t 1 allergen
B: Blo t 1 allergen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,60414
ポリマ－76,4452
非ポリマー1,15912
水5,513306
1
A: Blo t 1 allergen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7638
ポリマ－38,2221
非ポリマー5407
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Blo t 1 allergen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8426
ポリマ－38,2221
非ポリマー6195
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.412, 117.412, 132.364
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Blo t 1 allergen


分子量: 38222.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Blomia tropicalis (ダニ) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A1KXI0

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 316分子

#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: single crystals were obtained with drops containing 4 ul sample solution containing 1 mg/ml rproBlo t 1, 0.5 mM YCl3, and 10 mM Tris-HCl pH 8.0, and 2 ul reservoir solution containing 4% w/v ...詳細: single crystals were obtained with drops containing 4 ul sample solution containing 1 mg/ml rproBlo t 1, 0.5 mM YCl3, and 10 mM Tris-HCl pH 8.0, and 2 ul reservoir solution containing 4% w/v PEG-6000, 0.1 M Na-HEPES pH 6.6 and 0.8 M LiNO3

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→55.486 Å / Num. obs: 79280 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.2 % / Net I/σ(I): 28.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XKG

1xkg


解像度: 2.1→55.468 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.06 / 位相誤差: 22.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2168 3981 5.02 %
Rwork0.1704 --
obs0.1728 79280 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→55.468 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5068 0 70 306 5444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085292
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0297163
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3091889
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045704
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004949
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.12560.30371480.25752740X-RAY DIFFRACTION100
2.1256-2.15250.271430.23572624X-RAY DIFFRACTION100
2.1525-2.18090.32771420.23392751X-RAY DIFFRACTION100
2.1809-2.21070.2741420.22472602X-RAY DIFFRACTION100
2.2107-2.24230.23091540.21352687X-RAY DIFFRACTION100
2.2423-2.27580.24161600.20692659X-RAY DIFFRACTION100
2.2758-2.31140.29821240.2122795X-RAY DIFFRACTION100
2.3114-2.34920.28561430.22172609X-RAY DIFFRACTION100
2.3492-2.38980.26161740.20062723X-RAY DIFFRACTION100
2.3898-2.43320.29391320.20292652X-RAY DIFFRACTION100
2.4332-2.480.22011280.18882676X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.53060.30961370.19432781X-RAY DIFFRACTION100
2.5306-2.58570.22041270.17872640X-RAY DIFFRACTION100
2.5857-2.64580.22541420.172676X-RAY DIFFRACTION100
2.6458-2.7120.24911480.18152719X-RAY DIFFRACTION100
2.712-2.78530.22481350.17742736X-RAY DIFFRACTION100
2.7853-2.86720.26641360.18912661X-RAY DIFFRACTION100
2.8672-2.95980.22841300.18572702X-RAY DIFFRACTION100
2.9598-3.06560.23351400.1892652X-RAY DIFFRACTION100
3.0656-3.18830.25431200.18232743X-RAY DIFFRACTION100
3.1883-3.33340.26781340.17482706X-RAY DIFFRACTION100
3.3334-3.50910.21091260.16742726X-RAY DIFFRACTION100
3.5091-3.72890.20171540.15422615X-RAY DIFFRACTION100
3.7289-4.01670.17551680.14082704X-RAY DIFFRACTION100
4.0167-4.42080.16191600.13012669X-RAY DIFFRACTION100
4.4208-5.06010.15611220.13012740X-RAY DIFFRACTION100
5.0601-6.37380.18631740.15622645X-RAY DIFFRACTION100
6.3738-55.4870.18661380.15552666X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.1992 Å / Origin y: 16.7066 Å / Origin z: -26.5859 Å
111213212223313233
T0.1547 Å2-0.0894 Å20.0314 Å2-0.2705 Å2-0.039 Å2--0.2195 Å2
L1.1392 °2-1.0417 °20.3695 °2-2.1009 °2-0.3167 °2--1.3726 °2
S-0.0677 Å °0.1133 Å °0.0559 Å °0.0154 Å °0.0067 Å °-0.3022 Å °-0.0574 Å °0.0741 Å °0.0479 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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