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- PDB-5jt0: Crystal structure of glucosyl-3-phosphoglycerate synthase from My... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jt0
タイトルCrystal structure of glucosyl-3-phosphoglycerate synthase from Mycobacterium tuberculosis in complex with Mn2+, uridine-diphosphate (UDP) and glucosyl-3-phosphoglycerate (GPG) - GpgS*GPG*UDP*Mn2+
要素Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosyl-3-phosphoglycerate synthase / UDP-alpha-D-glucose metabolic process / hexosyltransferase activity / magnesium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-XDX / Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Albesa-Jove, D. / Sancho-Vaello, E. / Rodrigo-Unzueta, A. / Comino, N. / Carreras-Gonzalez, A. / Arrasate, P. / Urresti, S. / Guerin, M.E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Snapshots and Loop Dynamics along the Catalytic Cycle of Glycosyltransferase GpgS.
著者: Albesa-Jove, D. / Romero-Garcia, J. / Sancho-Vaello, E. / Contreras, F.X. / Rodrigo-Unzueta, A. / Comino, N. / Carreras-Gonzalez, A. / Arrasate, P. / Urresti, S. / Biarnes, X. / Planas, A. / Guerin, M.E.
履歴
登録2016年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp / struct_site / struct_site_gen / Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6156
ポリマ－34,6841
非ポリマー9315
水48627
1
A: Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
ヘテロ分子

A: Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,23012
ポリマ－69,3672
非ポリマー1,86310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y,z1
Buried area5720 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area20120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.734, 98.734, 127.589
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase


分子量: 34683.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: gpgS, Rv1208 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WMW9, glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
#5: 糖 ChemComp-XDX / (2R)-2-(alpha-D-glucopyranosyloxy)-3-(phosphonooxy)propanoic acid / (2R)-2-(alpha-D-glucosyloxy)-3-(phosphonooxy)propanoic acid / (2R)-2-(D-glucosyloxy)-3-(phosphonooxy)propanoic acid / (2R)-2-(glucosyloxy)-3-(phosphonooxy)propanoic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 348.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17O12P

-
非ポリマー , 4種, 31分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 14% PEG 8,000, 0.3-0.5 M Li sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→69.82 Å / Num. obs: 21639 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 62.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0957 / Net I/σ(I): 7.93
反射 シェル解像度: 2.48→2.569 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2219: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y6N

4y6n


解像度: 2.8→69.816 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2183 758 5.04 %Random selection
Rwork0.1927 ---
obs0.194 15036 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→69.816 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2105 0 56 27 2188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072210
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0293025
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8531330
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062363
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007388
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8001-3.01630.34371160.2652861X-RAY DIFFRACTION99
3.0163-3.31990.29121550.23832837X-RAY DIFFRACTION100
3.3199-3.80030.23541580.19942858X-RAY DIFFRACTION100
3.8003-4.78780.18591800.16972830X-RAY DIFFRACTION100
4.7878-69.83740.20231490.18132892X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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