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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jsh | ||||||||||||
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タイトル | The 3D structure of recombinant [NiFeSe] hydrogenase from Desulfovibrio Vulgaris Hildenborough in the oxidized state at 1.30 Angstrom | ||||||||||||
![]() | (Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, ...) x 2 | ||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / hydrogenase / biological hydrogen production | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() cytochrome-c3 hydrogenase / ferredoxin hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...cytochrome-c3 hydrogenase / ferredoxin hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Marques, M.C. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The direct role of selenocysteine in [NiFeSe] hydrogenase maturation and catalysis. 著者: Marques, M.C. / Tapia, C. / Gutierrez-Sanz, O. / Ramos, A.R. / Keller, K.L. / Wall, J.D. / De Lacey, A.L. / Matias, P.M. / Pereira, I.A.C. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 464.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 379.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 33940.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hysB, DVU_1917 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q72AS4, ferredoxin hydrogenase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 55989.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Cysteine 75 is oxidized to sulfenate (CSD) in the crystal structure 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hysA, DVU_1918 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q72AS3, ferredoxin hydrogenase |
-非ポリマー , 8種, 865分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/6ML.gif)
![](data/chem/img/FCO.gif)
![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/H2S.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/6ML.gif)
![](data/chem/img/FCO.gif)
![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/H2S.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-6ML / | #5: 化合物 | ChemComp-FCO / | #6: 化合物 | ChemComp-NI / | #7: 化合物 | ChemComp-FE2 / | #8: 化合物 | ChemComp-H2S / | #9: 化合物 | ChemComp-CL / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.59 % / 解説: irregular hexagonal plate |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 1500 (w/v) and 0.1 mM Tris-HCl pH 7.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9334 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→54 Å / Num. obs: 169426 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 8.6 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 70.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2WPN 解像度: 1.3→51.819 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.68 / 位相誤差: 13.22 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: THE ANOMALOUS DISPERSION PARAMETERS FOR THE SE ATOM WERE REFINED. HYDROGEN ATOMS WERE ADDED IN CALCULATED POSITIONS AND REFINED IN RIDING POSITIONS. INDIVIDUAL ANISOTROPIC ATOMIC DISPLACEMENT ...詳細: THE ANOMALOUS DISPERSION PARAMETERS FOR THE SE ATOM WERE REFINED. HYDROGEN ATOMS WERE ADDED IN CALCULATED POSITIONS AND REFINED IN RIDING POSITIONS. INDIVIDUAL ANISOTROPIC ATOMIC DISPLACEMENT PARAMETERS FOR ALL PROTEIN NON- HYDROGEN ATOMS WERE REFINED.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→51.819 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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