PDB-5jrb: Rad52(1-212) K102A/K133A/E202A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jrb

タイトル

Rad52(1-212) K102A/K133A/E202A mutant

要素

DNA repair protein RAD52 homolog

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA annealing protein / ssDNA binding / multimeric ring formation

機能・相同性

機能・相同性情報

double-strand break repair via single-strand annealing / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / DNA recombinase assembly / regulation of nucleotide-excision repair / mitotic recombination / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / protein-DNA complex / double-strand break repair via homologous recombination ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.405 Å

データ登録者

Saotome, M. / Saito, K. / Kurumizaka, H. / Kagawa, W.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Structure of the human DNA-repair protein RAD52 containing surface mutations.
著者: Saotome, M. / Saito, K. / Onodera, K. / Kurumizaka, H. / Kagawa, W.

履歴

登録	2016年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jrb.cif.gz	400.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jrb.ent.gz	329.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jrb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jrb_validation.pdf.gz	533.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jrb_full_validation.pdf.gz	574.2 KB	表示
XML形式データ	5jrb_validation.xml.gz	75.3 KB	表示
CIF形式データ	5jrb_validation.cif.gz	102.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/5jrb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/5jrb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1kn0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1kn0-d 1h2i-1 1h2i-2 5xrz-d 5xs0-2 5xs0-1 5gzv-d 6mvf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (2) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA repair protein RAD52 homolog

B: DNA repair protein RAD52 homolog

C: DNA repair protein RAD52 homolog

D: DNA repair protein RAD52 homolog

E: DNA repair protein RAD52 homolog

F: DNA repair protein RAD52 homolog

G: DNA repair protein RAD52 homolog

H: DNA repair protein RAD52 homolog

I: DNA repair protein RAD52 homolog

J: DNA repair protein RAD52 homolog

K: DNA repair protein RAD52 homolog

259 kDa, 11 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.955, 98.516, 116.367
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.99, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DNA repair protein RAD52 homolog 分子量: 23539.547 Da / 分子数: 11 / 断片: UNP residues 1-212 / 変異: K102A, K133A, E202A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAD52 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: P43351
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.05M Sodium malonate pH6.0, 5% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月15日
放射	モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→49.3 Å / Num. obs: 190708 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 49.4 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.4→2.55 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1kn0

1kn0

解像度: 2.405→49.258 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.95 / 位相誤差: 30.13 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2731	9527	5 %
R_work	0.2237	-	-
obs	0.2261	190634	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.405→49.258 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15852	0	0	400	16252

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	16117
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.018	21695
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.143	9705
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	2303
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2878

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4048-2.4321	0.336	308	0.3297	5810	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4321-2.4607	0.3259	319	0.3046	6070	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4607-2.4908	0.323	314	0.2931	5973	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4908-2.5223	0.3249	322	0.2807	6079	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5223-2.5555	0.3167	319	0.2947	6095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5555-2.5905	0.3638	325	0.2948	6116	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5905-2.6275	0.3355	318	0.2955	5975	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6275-2.6667	0.3346	312	0.2899	5996	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6667-2.7084	0.3484	313	0.2896	6004	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7084-2.7528	0.3541	318	0.2782	6086	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7528-2.8002	0.324	319	0.2796	6061	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8002-2.8511	0.3794	315	0.2699	6027	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8511-2.906	0.324	320	0.251	6117	X-RAY DIFFRACTION	100
2.906-2.9653	0.2819	322	0.2638	6015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9653-3.0298	0.309	321	0.2619	6063	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0298-3.1002	0.315	321	0.27	6069	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1002-3.1777	0.2941	317	0.2432	6051	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1777-3.2636	0.282	317	0.2361	6015	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2636-3.3597	0.2993	320	0.2384	6085	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3597-3.4681	0.3025	319	0.2423	6009	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4681-3.592	0.2574	318	0.2256	6023	X-RAY DIFFRACTION	100
3.592-3.7358	0.2887	316	0.2218	6045	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7358-3.9057	0.2341	325	0.2021	6068	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9057-4.1115	0.2811	316	0.2074	6051	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1115-4.369	0.2255	314	0.1853	6010	X-RAY DIFFRACTION	100
4.369-4.7061	0.2232	319	0.1858	6031	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7061-5.1792	0.2503	314	0.1928	6085	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1792-5.9276	0.2344	312	0.1853	6031	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9276-7.4639	0.2127	316	0.1835	6036	X-RAY DIFFRACTION	99
7.4639-49.2683	0.2222	318	0.1673	6011	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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