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万見
- PDB-5jr3: Crystal structure of carminomycin-4-O-methyltransferase DnrK in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jr3
タイトルCrystal structure of carminomycin-4-O-methyltransferase DnrK in complex with SAH and 4-methylumbelliferone
要素Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
キーワードTRANSFERASE / natural product biosynthesis / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro
機能・相同性
機能・相同性情報


carminomycin 4-O-methyltransferase / daunorubicin biosynthetic process / O-methyltransferase activity / methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1350 / Plant methyltransferase dimerisation / O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helix Hairpins ...Helix Hairpins - #1350 / Plant methyltransferase dimerisation / O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-hydroxy-4-methyl-2H-chromen-2-one / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces peucetius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Wang, F. / Johnson, B.R. / Huber, T.D. / Singh, S. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U01GM098248 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of carminomycin-4-O-methyltransferase DnrK in complex with SAH and 4-methylumbelliferone (to be published)
著者: Wang, F. / Johnson, B.R. / Huber, T.D. / Singh, S. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2016年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02023年3月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id ..._atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_fragment / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
B: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
C: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,83621
ポリマ－123,0013
非ポリマー2,83418
水15,043835
1
A: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
ヘテロ分子

A: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,89014
ポリマ－82,0012
非ポリマー1,89012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
Buried area8380 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area27010 Å2
手法PISA
2
B: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
C: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,89014
ポリマ－82,0012
非ポリマー1,89012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8210 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area26850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.160, 111.098, 116.225
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK / COMT / Anthracycline 4-O-methyltransferase


分子量: 41000.406 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces peucetius (バクテリア)
遺伝子: dnrK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06528, carminomycin 4-O-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-4MU / 7-hydroxy-4-methyl-2H-chromen-2-one / 4-methylumbelliferone


分子量: 176.169 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 835 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.26M (NH4)SO4, 0.1M Tris pH 8.0, 0.2M Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→48.635 Å / Num. obs: 225303 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.06 % / Biso Wilson estimate: 21.73 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 8.92
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.84-1.960.3462.61198.4
1.96-2.090.2044.18199.5
2.09-2.260.1326.1199.5
2.26-2.470.0968.11199.3
2.47-2.770.07310.43199
2.77-3.190.05913.05198.8
3.19-3.910.0516.37198.2
3.91-5.510.04818.28197.7
5.51-48.6350.04818.64196.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EEH

5eeh


解像度: 1.84→48.632 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1801 1900 1.66 %
Rwork0.1595 --
obs0.1598 114398 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→48.632 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7934 0 177 835 8946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078382
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9111450
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9835015
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051491
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.84-1.8860.27121370.23447682X-RAY DIFFRACTION95
1.886-1.9370.27921290.20777793X-RAY DIFFRACTION96
1.937-1.9940.25121310.19547929X-RAY DIFFRACTION97
1.994-2.05840.20431280.17867966X-RAY DIFFRACTION97
2.0584-2.1320.19881380.16927937X-RAY DIFFRACTION98
2.132-2.21730.20531330.16818057X-RAY DIFFRACTION99
2.2173-2.31820.17611400.1598031X-RAY DIFFRACTION99
2.3182-2.44050.20761360.16158108X-RAY DIFFRACTION99
2.4405-2.59340.19361380.15528116X-RAY DIFFRACTION99
2.5934-2.79360.16671420.1578097X-RAY DIFFRACTION100
2.7936-3.07470.17311360.15918159X-RAY DIFFRACTION100
3.0747-3.51950.16141380.15358147X-RAY DIFFRACTION100
3.5195-4.43370.14081380.13568206X-RAY DIFFRACTION100
4.4337-48.64870.17071360.1558270X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.65850.05410.68430.33380.03241.9140.0217-0.05980.01160.06040.0103-0.0622-0.20810.181-0.0070.1355-0.0270.02130.1169-0.01940.1595-48.6457-30.667714.0164
20.68060.32430.61990.6952-0.08151.52830.01160.0057-0.103-0.0980.08940.06610.1623-0.1295-0.10310.1628-0.06140.010.17150.03590.2115-21.4802-8.036517.0352
30.4587-0.27680.18491.3823-1.30781.6216-0.0214-0.1642-0.04020.5639-0.1043-0.1226-0.45190.1583-0.06530.3888-0.1226-0.04290.27830.05020.2058-4.47570.494449.5095
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 11 through 402)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 13 through 402)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 10 through 402)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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