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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jql | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Phosphatidic acid Transporter Ups1/Mdm35 Void of Bound Phospholipid from Saccharomyces Cerevisiae at 2.9 Angstroms Resolution | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Lipid Transport | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / phosphatidic acid transfer activity / cardiolipin metabolic process / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / mitochondrial respiratory chain complex assembly / intermembrane lipid transfer / phospholipid transport / phospholipid translocation / mitochondrion organization / mitochondrial intermembrane space ...TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / phosphatidic acid transfer activity / cardiolipin metabolic process / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / mitochondrial respiratory chain complex assembly / intermembrane lipid transfer / phospholipid transport / phospholipid translocation / mitochondrion organization / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / lipid binding / mitochondrion / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Lu, J. / Chan, K.C. / Zhai, Y. / Fan, J. / Sun, F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020 タイトル: Molecular mechanism of mitochondrial phosphatidate transfer by Ups1 著者: Lu, J. / Chan, C. / Yu, L. / Fan, J. / Sun, F. / Zhai, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jql.cif.gz | 283.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jql.ent.gz | 235.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jql.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5jql_validation.pdf.gz | 510.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5jql_full_validation.pdf.gz | 522 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5jql_validation.xml.gz | 47.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5jql_validation.cif.gz | 65.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/5jql ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/5jql | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21943.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: UPS1, YLR193C / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q05776 #2: タンパク質 | 分子量: 9723.954 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MDM35, YKL053C-A / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O60200 #3: タンパク質 | | 分子量: 21990.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: UPS1, YLR193C / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q05776 #4: タンパク質 | | 分子量: 22037.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: UPS1, YLR193C / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q05776 #5: タンパク質 | | 分子量: 9770.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MDM35, YKL053C-A / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O60200 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 8% Tacsimate, pH5.0, 20% PEG 3350, 200mM Sodium thiocyanate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月19日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 76995 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 70.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 2.797 / Net I/av σ(I): 31.707 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 279505 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→48.404 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.51 詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 168.67 Å2 / Biso mean: 38.11 Å2 / Biso min: 0.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→48.404 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27
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