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万見
- PDB-5jpw: Molecular basis for protein recognition specificity of the DYNLT1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jpw
タイトルMolecular basis for protein recognition specificity of the DYNLT1/Tctex1 canonical binding groove. Characterization of the interaction with activin receptor IIB
要素Dynein light chain Tctex-type 1,Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2
キーワードMOTOR PROTEIN / DNYLT1/Tctex-1 / Dynein Intermediate Chain / Dynein motor / Dynein-mediated transport
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular transport of viral protein in host cell / secretory vesicle / transport along microtubule / dynein light chain binding / dynein heavy chain binding / dynein complex / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / cytoplasmic dynein complex ...intracellular transport of viral protein in host cell / secretory vesicle / transport along microtubule / dynein light chain binding / dynein heavy chain binding / dynein complex / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / cytoplasmic dynein complex / microtubule motor activity / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / cytoplasmic microtubule / establishment of mitotic spindle orientation / COPI-mediated anterograde transport / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / AURKA Activation by TPX2 / RHO GTPases Activate Formins / negative regulation of neurogenesis / spindle / Aggrephagy / HCMV Early Events / Separation of Sister Chromatids / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / host cell / nervous system development / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / microtubule / symbiont entry into host cell / cell division / centrosome / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 1/2 / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 / Dynein light chain Tctex-1 like / Tctex-1-like superfamily / Tctex-1 family / : / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat ...Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 1/2 / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 / Dynein light chain Tctex-1 like / Tctex-1-like superfamily / Tctex-1 family / : / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein light chain Tctex-type 1 / Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Rodriguez-Crespo, I. / Merino-Gracia, J. / Bruix, M. / Zamora-Carreras, H.
資金援助 スペイン, 3件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2012-37934 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessCTQ2014-52633-P スペイン
Comunidad de MadridS2010/BMD-2305 スペイン
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Molecular Basis for the Protein Recognition Specificity of the Dynein Light Chain DYNLT1/Tctex1: CHARACTERIZATION OF THE INTERACTION WITH ACTIVIN RECEPTOR IIB.
著者: Merino-Gracia, J. / Zamora-Carreras, H. / Bruix, M. / Rodriguez-Crespo, I.
履歴
登録2016年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年7月3日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein light chain Tctex-type 1,Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2
B: Dynein light chain Tctex-type 1,Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8632
ポリマ－30,8632
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2230 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Dynein light chain Tctex-type 1,Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 / Protein CW-1 / T-complex testis-specific protein 1 homolog / Cytoplasmic dynein intermediate chain ...Protein CW-1 / T-complex testis-specific protein 1 homolog / Cytoplasmic dynein intermediate chain 2 / Dynein intermediate chain 2 / cytosolic / DH IC-2


分子量: 15431.400 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-113,UNP residues 134-154 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues G1 to S2 correspond to the expression tag. Residues M3 to I115 correspond to the whole sequence of dynein light chain Tctex-type 1 (H. sapiens, UNIPROT entry P63172). Residues G116 ...詳細: Residues G1 to S2 correspond to the expression tag. Residues M3 to I115 correspond to the whole sequence of dynein light chain Tctex-type 1 (H. sapiens, UNIPROT entry P63172). Residues G116 to S122 correspond to a designed linker sequence. Residues G123 to V143 correspond to residues G134 to V154 of Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 (H. sapiens, UNIPROT entry Q13409)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: DYNLT1, TCTEL1, TCTEX-1, TCTEX1, DYNC1I2, DNCI2, DNCIC2
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63172, UniProt: Q13409

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
1111isotropic12D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D 1H-13C HSQC
122isotropic12D 1H-15N HSQC
143isotropic13D CBCA(CO)NH
153isotropic13D HN(CA)CB
163isotropic13D HNCA
173isotropic13D HN(CO)CA
183isotropic13D (H)CCH-TOCSY
193isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1103isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1100 uM DYNLT1/Tctex1-DIC chimera, 100 mM potassium phosphate, 1 mM DTT, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2ONon-labelled_sample90% H2O/10% D2O
solution2100 uM [U-99% 15N] DYNLT1/Tctex1-DIC chimera, 100 mM potassium phosphate, 1 mM DTT, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O15N_labelled _sample90% H2O/10% D2O
solution3100 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] DYNLT1/Tctex1-DIC chimera, 100 mM potassium phosphate, 1 mM DTT, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O15N_13C_labelled90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
100 uMDYNLT1/Tctex1-DIC chimeranatural abundance1
100 mMpotassium phosphatenatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
50 uMDSSnatural abundance1
100 uMDYNLT1/Tctex1-DIC chimera[U-99% 15N]2
100 mMpotassium phosphatenatural abundance2
1 mMDTTnatural abundance2
50 uMDSSnatural abundance2
100 uMDYNLT1/Tctex1-DIC chimera[U-99% 13C; U-99% 15N]3
100 mMpotassium phosphatenatural abundance3
1 mMDTTnatural abundance3
50 uMDSSnatural abundance3
試料状態Ionic strength units: Not defined / Label: Standard_conditions / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz / 詳細: With triple resonance z-gradient cryoprobe

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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