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- PDB-5jpr: Neutron Structure of Compound II of Ascorbate Peroxidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jpr
タイトルNeutron Structure of Compound II of Ascorbate Peroxidase
要素Ascorbate peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Heme Peroxidase / Intermediate / Ferryle Heme / Compound II / Cryo-trapping
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ascorbate peroxidase / L-ascorbate peroxidase activity / chloroplast / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. ...Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / L-ascorbate peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Glycine max (ダイズ)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.806 Å
データ登録者Kwon, H. / Blakeley, M.P. / Raven, E.L. / Moody, P.C.E.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K015656/1 英国
Wellcome TrustWT094104MA 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Direct visualization of a Fe(IV)-OH intermediate in a heme enzyme.
著者: Kwon, H. / Basran, J. / Casadei, C.M. / Fielding, A.J. / Schrader, T.E. / Ostermann, A. / Devos, J.M. / Aller, P. / Blakeley, M.P. / Moody, P.C. / Raven, E.L.
履歴
登録2016年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年8月30日Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 3.02018年10月3日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / entity_src_gen / refine
Item: _atom_site.occupancy / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 3.12018年11月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type
改定 3.22019年3月6日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type
改定 3.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 3.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ascorbate peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2105
ポリマ－28,3621
非ポリマー8484
水7,026390
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area10500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.095, 82.095, 75.162
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-435-

DOD

21A-565-

DOD

31A-697-

DOD

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要素

#1: タンパク質 Ascorbate peroxidase / Cytosolic ascorbate peroxidase 1 / Uncharacterized protein


分子量: 28361.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: apx1, GLYMA_U021900 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q43758, L-ascorbate peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.91 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2.25 M Lithium sulfate, 0.1 M HEPES pH 8.3 - 8.9 / PH範囲: 8.3 - 8.9

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
NUCLEAR REACTORILL LADI III13.2 - 4.2
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF21.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
MAATEL IMAGINE1IMAGE PLATE2015年10月14日multilayer
RIGAKU SATURN 944+2CCD2015年10月20日multilayer
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1LAUELneutron1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
13.21
24.21
31.54181
反射

Entry-ID: 5JPR

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
2.2-40922069.840.1817
1.8-19.912385798.726.80.1629.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.3_928精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化

Baniso 11: 0.4889 Å2 / Baniso 12: -0 Å2 / Baniso 13: -0 Å2 / Baniso 22: 0.4889 Å2 / Baniso 23: 0 Å2 / Baniso 33: -0.9778 Å2 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 18.4 / 減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 開始モデル: 2XIF

2xif

/ Bsol: 34.834 Å2 / ksol: 0.429 e/Å3

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-IDσ(F)
1.806-19.91X-RAY DIFFRACTION0.21590.15470.1578119423857598.7221.36
2.202-36.714NEUTRON DIFFRACTION0.31040.23640.240146292205.0168.1412.03
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.806→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1899 0 54 390 2343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0164845
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3668082
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8981174
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.115280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009850
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0164845
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.3668082
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8981174
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.115280
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.009850
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.806-1.87790.25991240.19132354X-RAY DIFFRACTION94
1.8779-1.96330.23031300.16572470X-RAY DIFFRACTION99
1.9633-2.06670.211330.14712515X-RAY DIFFRACTION100
2.0667-2.1960.21111310.15012500X-RAY DIFFRACTION100
2.196-2.36540.24091310.15362514X-RAY DIFFRACTION99
2.3654-2.60290.241340.15212521X-RAY DIFFRACTION99
2.6029-2.97850.21021310.15652514X-RAY DIFFRACTION99
2.9785-3.74850.19561370.14592575X-RAY DIFFRACTION99
3.7485-19.910.20371430.1562700X-RAY DIFFRACTION99
2.2021-2.52070.39181060.36092024NEUTRON DIFFRACTION48
2.5207-3.17560.3361470.23992768NEUTRON DIFFRACTION65
3.1756-36.710.27352090.19873966NEUTRON DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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