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- PDB-5jpq: Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jpq
タイトルCryo-EM structure of the 90S pre-ribosome
要素
  • (WD40 domain proteins) x 2
  • 18S ribosomal RNA
  • Bms1
  • Emg1
  • Imp3
  • KRR1 small subunit processome component
  • Kre33
  • Nop1
  • Pre mRNA splicing protein
  • Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein
  • Rcl1
  • Snu13
  • U3 RNA
  • U3 small nucleolar RNA-associated protein 21
  • UTP-A oligomerization domain
  • UTP-B oligomerisation domain
  • UTP10
  • UTP6
  • Utp24
  • Utp30
  • eS1
  • eS24
  • eS28
  • eS4
  • eS6
  • eS7
  • eS8
  • rrp9
  • uS11
  • uS15
  • uS17
  • uS4
  • uS7
  • uS8
  • uS9
キーワードRIBOSOME / nuclear RNP
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / tRNA N-acetyltransferase activity / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / tRNA acetylation / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / histone H2AQ104 methyltransferase activity / nuclear microtubule / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / regulation of rRNA processing / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / tRNA N-acetyltransferase activity / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / tRNA acetylation / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / histone H2AQ104 methyltransferase activity / nuclear microtubule / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / regulation of rRNA processing / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methyltransferase activity / box C/D methylation guide snoRNP complex / rRNA base methylation / ribonuclease P activity / rRNA primary transcript binding / tRNA 5'-leader removal / rRNA methylation / U3 snoRNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / tRNA processing / snoRNA binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / 90S preribosome / regulation of translational fidelity / RNA nuclease activity / ribosomal subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / enzyme activator activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / RNA endonuclease activity / nuclear periphery / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / translational initiation / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Archaeal Nop5/56-rel, N-terminal domain / : / Ribosomal RNA assembly KRR1 / : / : / : / KRR1 small subunit processome component, second KH domain / Possible tRNA binding domain / RNA cytidine acetyltransferase NAT10 ...: / Archaeal Nop5/56-rel, N-terminal domain / : / Ribosomal RNA assembly KRR1 / : / : / : / KRR1 small subunit processome component, second KH domain / Possible tRNA binding domain / RNA cytidine acetyltransferase NAT10 / Possible tRNA binding domain / Helicase domain / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / TmcA/NAT10/Kre33 / Helicase / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / GNAT acetyltransferase 2 / rRNA-processing protein Fcf1, PIN domain / rRNA-processing protein Fcf1/Utp23 / Fcf1 / BP28, C-terminal domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like, conserved site / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10, N-terminal / Ribosome biogenesis protein Bms1, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / BP28CT (NUC211) domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase signature. / BP28CT (NUC211) domain / Ribosomal RNA-processing protein Rrp9-like / Small-subunit processome, Utp21 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase type 2 / Utp21 specific WD40 associated putative domain / Ribosomal biogenesis, methyltransferase, EMG1/NEP1 / EMG1/NEP1 methyltransferase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase (RTC), insert domain / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / Krr1, KH1 domain / Krr1 KH1 domain / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site / Fibrillarin / Fibrillarin signature. / Fibrillarin / U3 snoRNP protein/Ribosome production factor 1 / Large family of predicted nucleotide-binding domains / Ribosome biogenesis protein BMS1/TSR1, C-terminal / AARP2CN / Bms1/Tsr1-type G domain / Ribosome biogenesis protein Bms1/Tsr1 / 40S ribosome biogenesis protein Tsr1 and BMS1 C-terminal / AARP2CN (NUC121) domain / Bms1-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / AARP2CN (NUC121) domain / Protein of unknown function (DUF663) / Ribosomal protein L7Ae, archaea / PIN domain / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / Brix domain / Brix domain / Brix domain profile. / Brix / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / K Homology domain, type 1 superfamily / PIN-like domain superfamily / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / GNAT domain / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / : / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit / 40S ribosomal protein S6 / RNA cytidine acetyltransferase / KRR1 small subunit processome component / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / Uncharacterized protein ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit / 40S ribosomal protein S6 / RNA cytidine acetyltransferase / KRR1 small subunit processome component / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / PIN domain-containing protein / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase / U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / Ribosomal RNA-processing protein 9 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein / Ribosome biogenesis protein BMS1 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S11, putative / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS28A
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å
データ登録者Turk, M. / Cheng, J. / Berninghausen, O. / Kornprobst, M. / Flemming, D. / Kos-Braun, I.C. / Kos, M. / Thoms, M. / Hurt, E. / Beckmann, R.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Architecture of the 90S Pre-ribosome: A Structural View on the Birth of the Eukaryotic Ribosome.
著者: Markus Kornprobst / Martin Turk / Nikola Kellner / Jingdong Cheng / Dirk Flemming / Isabelle Koš-Braun / Martin Koš / Matthias Thoms / Otto Berninghausen / Roland Beckmann / Ed Hurt /
要旨: The 90S pre-ribosome is an early biogenesis intermediate formed during co-transcriptional ribosome formation, composed of ∼70 assembly factors and several small nucleolar RNAs (snoRNAs) that ...The 90S pre-ribosome is an early biogenesis intermediate formed during co-transcriptional ribosome formation, composed of ∼70 assembly factors and several small nucleolar RNAs (snoRNAs) that associate with nascent pre-rRNA. We report the cryo-EM structure of the Chaetomium thermophilum 90S pre-ribosome, revealing how a network of biogenesis factors including 19 β-propellers and large α-solenoid proteins engulfs the pre-rRNA. Within the 90S pre-ribosome, we identify the UTP-A, UTP-B, Mpp10-Imp3-Imp4, Bms1-Rcl1, and U3 snoRNP modules, which are organized around 5'-ETS and partially folded 18S rRNA. The U3 snoRNP is strategically positioned at the center of the 90S particle to perform its multiple tasks during pre-rRNA folding and processing. The architecture of the elusive 90S pre-ribosome gives unprecedented structural insight into the early steps of pre-rRNA maturation. Nascent rRNA that is co-transcriptionally folded and given a particular shape by encapsulation within a dedicated mold-like structure is reminiscent of how polypeptides use chaperone chambers for their protein folding.
履歴
登録2016年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月3日Group: Other
改定 1.22017年7月5日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description
改定 1.32018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_image_scans / ndb_struct_na_base_pair ...em_image_scans / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.42018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.52019年1月23日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.62020年3月11日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat / Item: _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id
改定 1.72024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-8143
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8143
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD40 domain proteins
B: WD40 domain proteins
C: WD40 domain proteins
D: WD40 domain proteins
E: WD40 domain proteins
F: WD40 domain proteins
G: UTP10
H: UTP-A oligomerization domain
I: U3 small nucleolar RNA-associated protein 21
J: WD40 domain proteins
K: WD40 domain proteins
L: WD40 domain proteins
M: WD40 domain proteins
N: WD40 domain proteins
O: WD40 domain proteins
P: WD40 domain proteins
Q: UTP6
R: UTP-B oligomerisation domain
S: Pre mRNA splicing protein
T: Pre mRNA splicing protein
U: Snu13
V: Snu13
W: Nop1
X: Nop1
Y: rrp9
Z: Rcl1
a: Bms1
b: Imp3
c: Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein
d: Utp24
e: Emg1
f: Emg1
g: KRR1 small subunit processome component
h: KRR1 small subunit processome component
i: Kre33
j: Kre33
k: Utp30
l: WD40 domain proteins
m: WD40 domain proteins
n: WD40 domain proteins
o: eS1
p: eS4
q: uS7
r: eS6
s: eS7
t: eS8
u: uS4
v: uS15
w: uS11
x: uS9
y: uS17
z: uS8
0: eS24
1: eS28
2: 18S ribosomal RNA
3: U3 RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,984,52656
ポリマ－3,984,52656
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
タンパク質 , 34種, 54分子 ABCDEFJKLNPlnGHIMOmQRSTUVWXYZa...

#1: タンパク質
WD40 domain proteins


分子量: 109801.734 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類)
#2: タンパク質 UTP10


分子量: 198508.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S5L1
#3: タンパク質 UTP-A oligomerization domain


分子量: 78313.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類)
#4: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / U3 snoRNA-associated protein 21 / U three protein 21


分子量: 104927.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q06078
#5: タンパク質 WD40 domain proteins


分子量: 74058.758 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類)
#6: タンパク質 UTP6


分子量: 38825.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類)
#7: タンパク質 UTP-B oligomerisation domain


分子量: 47676.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類)
#8: タンパク質 Pre mRNA splicing protein


分子量: 46765.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: A0A0E3MJI1*PLUS
#9: タンパク質 Snu13


分子量: 14074.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: P55858*PLUS
#10: タンパク質 Nop1


分子量: 26455.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: P58032*PLUS
#11: タンパク質 rrp9


分子量: 65146.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: Q06506*PLUS
#12: タンパク質 Rcl1


分子量: 40220.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: Q08096*PLUS
#13: タンパク質 Bms1


分子量: 135792.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: Q08965*PLUS
#14: タンパク質 Imp3


分子量: 21802.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SDL4
#15: タンパク質 Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein


分子量: 34216.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum / 参照: UniProt: G0SE90
#16: タンパク質 Utp24


分子量: 21103.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SE30
#17: タンパク質 Emg1


分子量: 27936.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: Q06287*PLUS
#18: タンパク質 KRR1 small subunit processome component / KRR-R motif-containing protein 1


分子量: 37500.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S3V7
#19: タンパク質 Kre33


分子量: 119795.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S273
#20: タンパク質 Utp30


分子量: 43700.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S7X0
#21: タンパク質 eS1


分子量: 29709.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: Q23DE3*PLUS
#22: タンパク質 eS4


分子量: 29512.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: P0C233*PLUS
#23: タンパク質 uS7


分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: P26783*PLUS
#24: タンパク質 eS6


分子量: 32614.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: A4VD76*PLUS
#25: タンパク質 eS7


分子量: 23231.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: I7MD19*PLUS
#26: タンパク質 eS8


分子量: 24250.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: Q22AV0*PLUS
#27: タンパク質 uS4


分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: O13516*PLUS
#28: タンパク質 uS15


分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: P05756*PLUS
#29: タンパク質 uS11


分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: P06367*PLUS
#30: タンパク質 uS9


分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: P0CX51*PLUS
#31: タンパク質 uS17


分子量: 18142.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: Q22B78*PLUS
#32: タンパク質 uS8


分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: P0C0W1*PLUS
#33: タンパク質 eS24


分子量: 17128.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: I7MAL3*PLUS
#34: タンパク質 eS28


分子量: 7605.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: Q3E7X9*PLUS

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 23

#35: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 579761.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類)
#36: RNA鎖 U3 RNA


分子量: 87969.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 90s pre-ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 16 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43000 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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