[日本語] English
万見
- PDB-5jpj: Crystal structure of 6aJL2-R24G -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jpj
タイトルCrystal structure of 6aJL2-R24G
要素6aJL2 protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Amyloidosis / light chain / lambda
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pelaez-Aguilar, A.E. / Diaz-Vilchis, A. / Amero, C. / Becerril, B. / Rudino-Pinera, E.
資金援助 メキシコ, 1件
組織認可番号国
UNAMDGAPA IN 209114-3 メキシコ
引用ジャーナル: Biochem Biophys Rep / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of 6aJL2-R24G light chain variable domain: Does crystal packing explain amyloid fibril formation?
著者: Rudino-Pinera, E. / Pelaez-Aguilar, A.E. / Amero, C. / Diaz-Vilchis, A.
履歴
登録2016年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 6aJL2 protein
B: 6aJL2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7242
ポリマ－23,7242
非ポリマー00
水2,756153
1
A: 6aJL2 protein

A: 6aJL2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7242
ポリマ－23,7242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-x+1/2,y,-z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10420 Å2
手法PISA
2
B: 6aJL2 protein

B: 6aJL2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7242
ポリマ－23,7242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554x,-y,-z-1/21
Buried area1000 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area10800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.929, 77.796, 93.387
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

-
要素

#1: 抗体 6aJL2 protein


分子量: 11861.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1 M sodium/potassium tartrate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.0, 200 mM lithium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.18076 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月30日
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→59.773 Å / Num. obs: 17490 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 31.48 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2→2.001 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2MKW

2mkw


解像度: 2→46.694 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 900 5.18 %
Rwork0.1949 --
obs0.1976 17360 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 96.87 Å2 / Biso mean: 35.8515 Å2 / Biso min: 15.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→46.694 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1666 0 0 153 1819
Biso mean---41.07 -
残基数----222
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051808
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7762480
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049272
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7341094
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.12540.31231310.25752650X-RAY DIFFRACTION96
2.1254-2.28950.31811510.24112728X-RAY DIFFRACTION100
2.2895-2.51990.28631580.24182737X-RAY DIFFRACTION100
2.5199-2.88440.27071350.2232764X-RAY DIFFRACTION100
2.8844-3.63390.2471670.18672757X-RAY DIFFRACTION99
3.6339-100.20961580.15992824X-RAY DIFFRACTION97

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る