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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jpj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 6aJL2-R24G | ||||||
![]() | 6aJL2 protein | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / Amyloidosis / light chain / lambda | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pelaez-Aguilar, A.E. / Diaz-Vilchis, A. / Amero, C. / Becerril, B. / Rudino-Pinera, E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of 6aJL2-R24G light chain variable domain: Does crystal packing explain amyloid fibril formation? 著者: Rudino-Pinera, E. / Pelaez-Aguilar, A.E. / Amero, C. / Diaz-Vilchis, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 423.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 424.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2mkwS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 11861.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.05 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1 M sodium/potassium tartrate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.0, 200 mM lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月30日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.18076 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→59.773 Å / Num. obs: 17490 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 31.48 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.001 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 91.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2MKW 解像度: 2→46.694 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.6
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 96.87 Å2 / Biso mean: 35.8515 Å2 / Biso min: 15.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→46.694 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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