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- PDB-5jp9: Crystal Structure of cytidine monophosphate hydroxymethylase MilA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jp9
タイトルCrystal Structure of cytidine monophosphate hydroxymethylase MilA with dCMP
要素CMP 5-hydroxymethylase
キーワードTRANSFERASE / CMP hydroxymethylase
機能・相同性Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / methyltransferase activity / methylation / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP 5-hydroxymethylase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces rimofaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Zhao, G. / He, X.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural basis of the substrate preference towards CMP for a thymidylate synthase MilA involved in mildiomycin biosynthesis
著者: Zhao, G. / Chen, C. / Xiong, W. / Gao, T. / Deng, Z. / Wu, G. / He, X.
履歴
登録2016年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CMP 5-hydroxymethylase
B: CMP 5-hydroxymethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6704
ポリマ－73,0562
非ポリマー6142
水9,026501
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area23000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.298, 109.298, 113.155
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-697-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...
21(chain B and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRGLNGLN(chain A and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...AA5 - 101 - 6
12ASPASPASPASP(chain A and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...AA117
13THRTHRGLYGLY(chain A and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...AA5 - 3291 - 325
14THRTHRGLYGLY(chain A and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...AA5 - 3291 - 325
15THRTHRGLYGLY(chain A and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...AA5 - 3291 - 325
16THRTHRGLYGLY(chain A and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...AA5 - 3291 - 325
17THRTHRGLYGLY(chain A and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...AA5 - 3291 - 325
18THRTHRGLYGLY(chain A and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...AA5 - 3291 - 325
21THRTHRGLNGLN(chain B and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...BB5 - 101 - 6
22ASPASPASPASP(chain B and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...BB117
23THRTHRGLYGLY(chain B and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...BB5 - 3291 - 325
24THRTHRGLYGLY(chain B and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...BB5 - 3291 - 325
25THRTHRGLYGLY(chain B and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...BB5 - 3291 - 325
26THRTHRGLYGLY(chain B and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...BB5 - 3291 - 325
27THRTHRGLYGLY(chain B and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...BB5 - 3291 - 325
28THRTHRGLYGLY(chain B and (resseq 5:10 or (resid 11 and (name...BB5 - 3291 - 325

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要素

#1: タンパク質 CMP 5-hydroxymethylase / cytidine monophosphate hydroxymethylase MilA


分子量: 36528.031 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 5-329 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces rimofaciens (バクテリア)
遺伝子: milA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4Y380
#2: 化合物 ChemComp-DCM / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / dCMP


分子量: 307.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 501 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate(pH 6.5), 1.4 M Sodium acetate trihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 44002 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 20.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 1 / Net I/av σ(I): 17.824 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 484354
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.1811.30.32945080.970.1020.3440.998100
2.18-2.2610.40.32630770.9740.1040.3420.99868.1
2.26-2.3711.10.24145750.9850.0750.2530.999100
2.37-2.4911.30.18745480.9890.0580.1961.001100
2.49-2.6511.30.15845420.9930.0490.1651.001100
2.65-2.8511.20.16845800.9860.0520.1760.997100
2.85-3.1411.30.1245980.9940.0370.1251.001100
3.14-3.5911.20.13345840.9880.0420.141.003100
3.59-4.5210.10.08541730.9950.0280.090.99789.6
4.52-5010.80.05948170.9970.0190.0621.00299.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JNH

5jnh


解像度: 2.101→49.21 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2063 2159 4.92 %
Rwork0.155 --
obs0.1574 43870 95.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.42 Å2 / Biso mean: 21.5548 Å2 / Biso min: 6.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.101→49.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5079 0 40 501 5620
Biso mean--16.26 31.62 -
残基数----635
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075263
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8627165
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067751
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006943
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2343048
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2767X-RAY DIFFRACTION5.23TORSIONAL
12B2767X-RAY DIFFRACTION5.23TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1014-2.15020.24061250.155328572982100
2.1502-2.2040.2221580.151928813039100
2.204-2.26360.2513700.22841446151651
2.2636-2.33020.27071550.1682834298998
2.3302-2.40540.21281510.148228723023100
2.4054-2.49140.20431790.145828803059100
2.4914-2.59110.2131500.152328763026100
2.5911-2.70910.20911620.150628813043100
2.7091-2.85190.19971630.154628773040100
2.8519-3.03050.21461340.154729383072100
3.0305-3.26450.20741460.156728903036100
3.2645-3.59290.20381490.153529283077100
3.5929-4.11260.20361240.15342482260684
4.1126-5.18050.16241310.132929913122100
5.1805-49.22390.20311620.177130783240100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2596-0.00750.07280.04030.020.10030.0870.22890.0270.0102-0.1218-0.0898-0.04650.0658-0.00760.14490.02250.01810.162-0.00150.086672.543528.165999.7804
20.0024-0.0025-0.0062-0.00250.012-0.00010.0391-0.0567-0.06950.0329-0.1286-0.0536-0.06160.0593-0.00020.0633-0.01-0.01210.1420.02560.107882.462624.5094113.9999
30.5284-0.0746-0.21440.1737-0.10070.22090.1468-0.5613-0.10410.1408-0.1037-0.0396-0.02560.12190.01220.0832-0.029-0.02040.17980.01940.083771.340623.5661123.977
40.2722-0.0422-0.07320.01280.00140.07650.0781-0.1807-0.06710.0443-0.1474-0.0307-0.0064-0.0025-0.00740.1152-0.0217-0.01410.1209-0.0110.118661.627621.5996116.5185
50.2852-0.0770.03880.09980.00880.1380.06030.064-0.0655-0.03-0.0918-0.0369-0.03040.13610.00020.09110.00690.00820.11320.00420.109373.349222.5783107.1315
60.48740.25610.08510.2396-0.08340.21550.2172-0.4693-0.58070.1005-0.1169-0.42320.10260.09270.03890.09030.0139-0.0270.24310.1260.226488.708814.2118122.665
70.04040.0303-0.02510.51080.23030.14070.0023-0.1099-0.1046-0.1295-0.0119-0.2186-0.02630.1192-0.01460.08230.00110.00190.21050.03860.178795.124821.8692114.9833
80.34360.2740.10540.10730.10310.0561-0.08410.1305-0.0971-0.04880.0611-0.0027-0.0122-0.0286-0.00140.11560.0130.01130.1123-0.01330.097446.848515.982899.0361
90.0259-0.00290.04120.03710.00670.03130.0448-0.12340.07180.157-0.05190.1584-0.0415-0.10370.00010.11640.0116-0.00310.11210.00840.124837.112815.4979118.1105
100.0251-0.0087-0.01770.04620.03070.06150.0447-0.12610.0569-0.03110.0417-0.02350.01330.0828-00.1342-0.00470.01330.1381-0.00430.133349.559932.3486118.5349
110.6104-0.0289-0.21480.0560.21840.17850.02430.0692-0.0328-0.0206-0.04810.0182-0.0044-0.0279-0.00070.1002-0.00070.00220.07850.0070.067250.036222.4267106.6303
120.17340.09320.00480.06530.0060.0439-0.0284-0.00910.0239-0.04210.02060.0355-0.0162-0.03790.08610.08420.0416-0.01120.08930.00360.105627.456929.6254107.7162
130.02050.00140.03330.03760.01830.03720.09990.2664-0.1607-0.0416-0.02490.23080.0424-0.20200.15960.0222-0.04190.2089-0.00640.203323.36620.112898.5863
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 55 )A5 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 56 through 73 )A56 - 73
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 74 through 128 )A74 - 128
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 129 through 164 )A129 - 164
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 165 through 230 )A165 - 230
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 231 through 282 )A231 - 282
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 283 through 329 )A283 - 329
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 5 through 73 )B5 - 73
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 74 through 103 )B74 - 103
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 104 through 128 )B104 - 128
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 129 through 230 )B129 - 230
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 231 through 299 )B231 - 299
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 300 through 329 )B300 - 329

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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