[日本語] English
万見
- PDB-5jp4: Crystal structure of S. pombe Dcp1 in complex with the decapping ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jp4
タイトルCrystal structure of S. pombe Dcp1 in complex with the decapping enhancer EDC
要素
  • Uncharacterized protein C18G6.09c
  • mRNA-decapping enzyme subunit 1
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / EVH1 / complex / mRNA / decapping / Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA phosphatase activator activity / : / RNA decapping complex / mRNA methylguanosine-cap decapping / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / meiotic cell cycle / P-body / mRNA processing ...mRNA phosphatase activator activity / : / RNA decapping complex / mRNA methylguanosine-cap decapping / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / meiotic cell cycle / P-body / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / mRNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Proline-rich nuclear receptor coactivator motif / mRNA-decapping enzyme subunit 1 / Dcp1-like decapping family / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein C18G6.09c / mRNA-decapping enzyme subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.043 Å
データ登録者Wurm, J.P. / Sprangers, R.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2016
タイトル: The S. pombe mRNA decapping complex recruits cofactors and an Edc1-like activator through a single dynamic surface.
著者: Wurm, J.P. / Overbeck, J. / Sprangers, R.
履歴
登録2016年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Structure summary
改定 1.22023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: mRNA-decapping enzyme subunit 1
B: Uncharacterized protein C18G6.09c


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3432
ポリマ－19,3432
非ポリマー00
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area8220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.179, 41.452, 95.626
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

-
要素

#1: タンパク質 mRNA-decapping enzyme subunit 1


分子量: 15130.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: dcp1, SPBC3B9.21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P805
#2: タンパク質・ペプチド Uncharacterized protein C18G6.09c


分子量: 4212.566 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP Residues 156-181 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: SPAC18G6.09c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q10108
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1 M NaCl, 100 mM NaCitrate pH 5-6 / PH範囲: 5-6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→47.813 Å / Num. obs: 10434 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.04→2.15 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 1.21 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
Cootモデル構築
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2QKL

2qkl


解像度: 2.043→47.813 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2221 523 5.03 %
Rwork0.1957 --
obs0.197 10391 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.043→47.813 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1171 0 0 43 1214
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071212
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8621651
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.838722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058187
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005212
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0426-2.24820.29321280.24292395X-RAY DIFFRACTION100
2.2482-2.57350.22791300.20782434X-RAY DIFFRACTION100
2.5735-3.24220.2381270.20052452X-RAY DIFFRACTION100
3.2422-47.82610.20171380.18132587X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2776-0.19042.09635.8853.36536.3963-0.24670.3303-0.0296-0.80290.0936-0.04360.2767-0.06590.17120.512-0.08610.02830.38210.08560.17716.716118.2678101.2603
25.5974-0.4161-2.1044.5655-0.08416.63080.0772-0.03650.3055-0.1163-0.02110.4563-0.5093-0.307-0.06550.1817-0.02170.00010.15630.01360.26929.692318.0151118.8336
33.35260.17720.32274.8784-1.16675.31630.07190.06450.1157-0.2527-0.0075-0.0753-0.0501-0.1205-0.02330.2342-0.00720.01690.1295-0.00450.208517.505318.9525116.4687
44.6435-2.033-0.79325.33920.10453.7130.0691-0.2673-0.28170.2126-0.02490.1252-0.0229-0.0539-0.05160.2381-0.0320.01030.19220.01840.204614.755210.6086120.583
55.11450.46195.7054.8198-1.37617.11140.1817-0.16440.58351.0673-0.39810.03320.00320.361-0.12890.370.0612-0.02480.7735-0.20990.53968.098112.774128.7445
63.09070.2081-0.19938.36930.41460.7593-0.3664-0.7564-0.3181.45680.2731-0.50410.2307-0.3394-0.00420.8570.09990.31380.48170.01930.33139.124314.7807133.8628
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 59 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 60 through 90 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 91 through 127 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 142 through 168 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 169 through 179 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る