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- PDB-5jp1: Structure of Xanthomonas campestris effector protein XopD bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jp1
タイトルStructure of Xanthomonas campestris effector protein XopD bound to tomato SUMO
要素
  • Small ubiquitin-related modifier
  • Xanthomonas outer protein D
キーワードHYDROLASE / Enzyme / CE clan / Deubiquitinase / DeSUMOylase
機能・相同性
機能・相同性情報


deNEDDylase activity / protein deneddylation / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / cysteine-type peptidase activity / protein tag activity / proteolysis / nucleus
類似検索 - 分子機能
NEDD8-specific protease 1/2-like / Adenoviral Proteinase; Chain / Adenoviral Proteinase; Chain A / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Ubiquitin-like protease family profile. / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin homologues ...NEDD8-specific protease 1/2-like / Adenoviral Proteinase; Chain / Adenoviral Proteinase; Chain A / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Ubiquitin-like protease family profile. / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(4S,5S)-1,2-DITHIANE-4,5-DIOL / MALONATE ION / Xanthomonas outer protein D / Small ubiquitin-related modifier
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris pv. vesicatoria (バクテリア)
Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Pruneda, J.N. / Komander, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)U105192732 英国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: The Molecular Basis for Ubiquitin and Ubiquitin-like Specificities in Bacterial Effector Proteases.
著者: Pruneda, J.N. / Durkin, C.H. / Geurink, P.P. / Ovaa, H. / Santhanam, B. / Holden, D.W. / Komander, D.
履歴
登録2016年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月3日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02024年1月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.12024年11月6日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xanthomonas outer protein D
B: Small ubiquitin-related modifier
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6745
ポリマ－35,3172
非ポリマー3563
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area13670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.103, 119.103, 50.463
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-848-

HOH

21B-212-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Xanthomonas outer protein D


分子量: 24438.215 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 298-515 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. vesicatoria (strain 85-10) (バクテリア)
遺伝子: xopD, XCV0437 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3BYJ5
#2: タンパク質 Small ubiquitin-related modifier / SUMO


分子量: 10879.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SMD1
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-D1D / (4S,5S)-1,2-DITHIANE-4,5-DIOL / 1,2-ジチアン-4β,5α-ジオ-ル


分子量: 152.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M bicine (pH 9.0) 1.6M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→59.55 Å / Num. obs: 23605 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OIV, 1TGZ

2oiv

1tgz


解像度: 2.1→59.551 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2168 1281 5.43 %
Rwork0.1813 --
obs0.1832 23602 97.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→59.551 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2162 0 22 199 2383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022245
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5073051
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5591365
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043333
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004414
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.18410.27251220.24782486X-RAY DIFFRACTION99
2.1841-2.28350.2661350.222362X-RAY DIFFRACTION94
2.2835-2.40390.2551320.2112499X-RAY DIFFRACTION99
2.4039-2.55450.25521430.20892482X-RAY DIFFRACTION99
2.5545-2.75180.231590.21172514X-RAY DIFFRACTION99
2.7518-3.02870.25071610.20772444X-RAY DIFFRACTION99
3.0287-3.46690.23281460.17322440X-RAY DIFFRACTION96
3.4669-4.36770.1711580.13362520X-RAY DIFFRACTION100
4.3677-59.57540.17171250.16282574X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5305-0.30840.05461.5009-0.39281.8111-0.00710.12910.177-0.0505-0.00630.069-0.0574-0.05170.01480.13970.013-0.00710.11640.00840.139949.181513.8391-2.147
24.82572.336-1.84123.7374-1.33323.3329-0.0798-0.1746-0.09710.30640.02460.29770.1557-0.2440.06780.2190.01790.03750.1711-0.00230.187742.1295-3.364513.0084
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 319 through 514)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 19 through 96)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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