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- PDB-5jon: Crystal structure of the unliganded form of HCN2 CNBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jon
タイトルCrystal structure of the unliganded form of HCN2 CNBD
要素Maltose-binding periplasmic protein,Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / HCN channels / cyclic nucleotide regulated channels / cyclic nucleotide binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


HCN channels / HCN channel complex / cellular response to cGMP / regulation of membrane depolarization / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / sodium ion import across plasma membrane / voltage-gated sodium channel activity / voltage-gated potassium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / carbohydrate transmembrane transporter activity ...HCN channels / HCN channel complex / cellular response to cGMP / regulation of membrane depolarization / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / sodium ion import across plasma membrane / voltage-gated sodium channel activity / voltage-gated potassium channel activity / potassium ion import across plasma membrane / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / sodium ion transmembrane transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / cAMP binding / cellular response to cAMP / potassium ion transmembrane transport / somatodendritic compartment / dendrite membrane / dendritic shaft / PDZ domain binding / regulation of membrane potential / outer membrane-bounded periplasmic space / molecular adaptor activity / axon / neuronal cell body / dendrite / protein-containing complex binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein ...Ion transport N-terminal / Ion transport protein N-terminal / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / NITRATE ION / Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.042 Å
データ登録者Klenchin, V.A. / Chanda, B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM084140 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01-NS081293 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structure and dynamics underlying elementary ligand binding events in human pacemaking channels.
著者: Goldschen-Ohm, M.P. / Klenchin, V.A. / White, D.S. / Cowgill, J.B. / Cui, Q. / Goldsmith, R.H. / Chanda, B.
履歴
登録2016年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein,Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
B: Maltose-binding periplasmic protein,Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,6997
ポリマ－114,8292
非ポリマー8715
水6,648369
1
A: Maltose-binding periplasmic protein,Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8193
ポリマ－57,4141
非ポリマー4042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Maltose-binding periplasmic protein,Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8814
ポリマ－57,4141
非ポリマー4663
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.517, 42.010, 198.376
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein,Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2 / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Brain cyclic nucleotide-gated channel 2 / BCNG-2 / ...MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Brain cyclic nucleotide-gated channel 2 / BCNG-2 / Hyperpolarization-activated cation channel 1 / HAC-1


分子量: 57414.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, Hcn2, Bcng2, Hac1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: O88703
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.89 % / 解説: thin plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 34-36% dimethyl PEG 500, 240 mM potassium nitrate, 20 mM magnesium chloride, 100 mM BIS-TRIS, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月13日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.878
11-h,-k,l20.122
反射解像度: 2.04→25 Å / Num. obs: 62519 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/av σ(I): 9.9 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.04→2.11 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ANF

1anf


解像度: 2.042→24.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 6.088 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.037 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22084 3134 5 %RANDOM
Rwork0.18036 ---
obs0.18237 59374 95.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.299 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.76 Å20 Å2-0.33 Å2
2---13.42 Å2-0 Å2
3---14.18 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.042→24.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7879 0 58 369 8306
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.028157
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3221.97111076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.005317819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.83551027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.01925.291361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.341151365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6171528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.21223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021784
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5172.4554072
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5172.4554071
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.57327.5555090
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.57327.5575091
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2062.8364085
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2062.8314076
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.79630.515971
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.69361.1579329
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.66160.5589230
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.042→2.095 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 92 -
Rwork0.216 1941 -
obs--42.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.03150.1090.04140.4027-0.36540.45490.0146-0.07680.06630.0371-0.0348-0.0571-0.09180.00270.02020.05210.00040.02470.05340.00260.03459.1542-7.6103-60.7679
20.2719-0.12880.05550.2765-0.30460.5260.02170.0319-0.0534-0.0056-0.03460.0175-0.0322-0.00310.01290.02890.00780.01640.0618-0.01290.0383-0.8348-6.9421-78.431
32.2387-0.28491.29710.44130.32761.3560.01280.0922-0.1545-0.11920.1327-0.0265-0.14770.2045-0.14550.0431-0.020.03410.09510.02560.075723.65532.3325-82.3066
40.9169-0.3044-0.80563.5099-0.69520.994-0.0278-0.30360.04250.406-0.0326-0.2452-0.070.3270.06040.06660.01950.00870.17140.04130.087432.151217.0542-66.5156
50.77980.1913-0.14483.3845-1.58590.773-0.0361-0.44880.17170.6501-0.1472-0.2792-0.24660.14040.18340.24760.08590.05590.3173-0.00720.216931.095214.0893-57.8702
61.27520.1411-0.00370.194-0.36410.7468-0.06380.1252-0.1693-0.02950.0122-0.03930.0618-0.00620.05160.0526-0.02110.03920.0648-0.02410.0427.45763.2802-38.6039
70.21130.13050.04040.2727-0.16360.35950.0127-0.01510.03560.0063-0.01780.00330.0283-0.01370.00510.0298-0.01160.02110.0676-0.00830.0288-2.66112.5923-20.7055
82.73380.0621-0.94350.83230.62130.828-0.08620.09880.1387-0.12180.1627-0.0329-0.05530.0636-0.07640.076-0.02440.01660.10130.04730.051121.8197-7.2329-16.5871
90.88930.82770.95822.67310.51732.5945-0.10210.1151-0.1439-0.1670.0778-0.0895-0.18780.40330.02430.0211-0.03720.0030.13820.01840.048130.1264-22.6267-32.4892
100.9165-1.4342.00473.0795-2.31255.44090.22130.35450.0087-0.757-0.2207-0.2548-0.0581.254-0.00060.341-0.1644-0.01440.36210.03820.274429.8445-12.4696-43.4118
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-371 - -297
2X-RAY DIFFRACTION2A-296 - -17
3X-RAY DIFFRACTION3A-16 - 514
4X-RAY DIFFRACTION4A515 - 585
5X-RAY DIFFRACTION5A586 - 635
6X-RAY DIFFRACTION6B-371 - -297
7X-RAY DIFFRACTION7B-296 - -18
8X-RAY DIFFRACTION8B-17 - 514
9X-RAY DIFFRACTION9B515 - 600
10X-RAY DIFFRACTION10B601 - 635

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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