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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jn9 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure for the complex of human carbonic anhydrase IV and ethoxyzolamide | |||||||||
要素 | Carbonic anhydrase 4 | |||||||||
キーワード | lyase/lyase inhibitor / Carbonic anhydrase / Lyase / Inhibitor binding / lyase-lyase inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bicarbonate transport / transport vesicle membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / rough endoplasmic reticulum / secretory granule membrane / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / brush border membrane / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide ...bicarbonate transport / transport vesicle membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / rough endoplasmic reticulum / secretory granule membrane / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / brush border membrane / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / trans-Golgi network / one-carbon metabolic process / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cell surface / zinc ion binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen, Z. / Waheed, A. / Di Cera, E. / Sly, W.S. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Eur. Biophys. J. / 年: 2018 タイトル: Intrinsic thermodynamics of high affinity inhibitor binding to recombinant human carbonic anhydrase IV. 著者: Mickeviciute, A. / Timm, D.D. / Gedgaudas, M. / Linkuviene, V. / Chen, Z. / Waheed, A. / Michailoviene, V. / Zubriene, A. / Smirnov, A. / Capkauskaite, E. / Baranauskiene, L. / Jachno, J. / ...著者: Mickeviciute, A. / Timm, D.D. / Gedgaudas, M. / Linkuviene, V. / Chen, Z. / Waheed, A. / Michailoviene, V. / Zubriene, A. / Smirnov, A. / Capkauskaite, E. / Baranauskiene, L. / Jachno, J. / Revuckiene, J. / Manakova, E. / Grazulis, S. / Matuliene, J. / Di Cera, E. / Sly, W.S. / Matulis, D. #1: ジャーナル: PNAS / 年: 1996 タイトル: Crystal structure of the secretory form of membrane-associated human carbonic anhydrase IV at 2.8 A resolution 著者: Stams, T. / Nair, S.K. / Okuyama, T. / Waheed, A. / Sly, W.S. / Christianson, D.W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jn9.cif.gz | 243.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jn9.ent.gz | 193.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jn9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5jn9_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5jn9_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5jn9_validation.xml.gz | 49.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5jn9_validation.cif.gz | 72.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/5jn9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/5jn9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 30364.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA4 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P22748, carbonic anhydrase |
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-非ポリマー , 6種, 937分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-EZL / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 100 mM Na acetate, 200 mM AmSO4 and 16% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年5月20日 |
放射 | モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 68006 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): -0.6 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 93.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ID 1ZNC 解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 6.415 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -0.6 / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.183 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å
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拘束条件 |
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