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- PDB-5jmx: Crystal Structure of BcII metallo-beta-lactamase in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jmx
タイトルCrystal Structure of BcII metallo-beta-lactamase in complex with DZ-305
要素Metallo-beta-lactamase type 2
キーワードHYDROLASE / ANTIMICROBIAL RESISTANCE / METALLO BETA LACTAMASE / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like ...: / Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DZ5 / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Stepanovs, D. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. / Zhang, D. / Brem, J.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure activity relationship studies on rhodanines and derived enethiol inhibitors of metallo-beta-lactamases.
著者: Zhang, D. / Markoulides, M.S. / Stepanovs, D. / Rydzik, A.M. / El-Hussein, A. / Bon, C. / Kamps, J.J.A.G. / Umland, K.D. / Collins, P.M. / Cahill, S.T. / Wang, D.Y. / von Delft, F. / Brem, J. ...著者: Zhang, D. / Markoulides, M.S. / Stepanovs, D. / Rydzik, A.M. / El-Hussein, A. / Bon, C. / Kamps, J.J.A.G. / Umland, K.D. / Collins, P.M. / Cahill, S.T. / Wang, D.Y. / von Delft, F. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2016年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6978
ポリマ－24,9961
非ポリマー7017
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area9490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.250, 61.240, 69.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.090, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-596-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase II / Cephalosporinase / Metallo-beta-lactamase type II / ...B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase II / Cephalosporinase / Metallo-beta-lactamase type II / Metallothioprotein beta-lactamase II / Penicillinase / Zinc-requiring beta-lactamase II


分子量: 24995.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: blm / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04190, beta-lactamase

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非ポリマー , 5種, 204分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-DZ5 / (2Z)-3-(4-fluorophenyl)-2-sulfanylprop-2-enoic acid


分子量: 198.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7FO2S
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1MM TCEP, 5MM DZ-305, 50MM HEPES PH7.5, 100MM NACL, 0.1MM ZNCL2, 0.1M MAGNESIUM FORMATE, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月14日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→68.95 Å / Num. obs: 40059 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 17.718 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.44→1.48 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.567 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
xia2データ削減
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TYT

4tyt


解像度: 1.44→68.95 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1858 2008 5.01 %
Rwork0.146 --
obs0.1478 40041 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 76.2 Å2 / Biso mean: 29.6466 Å2 / Biso min: 11.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.44→68.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1651 0 38 198 1887
Biso mean--46.71 43.18 -
残基数----217
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011769
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1042409
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086285
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007304
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.753647
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.44-1.4760.34911620.334526642826100
1.476-1.51590.32241450.292827222867100
1.5159-1.56060.30531670.27226882855100
1.5606-1.61090.26961580.234426812839100
1.6109-1.66850.23321460.216826972843100
1.6685-1.73530.22881300.192927112841100
1.7353-1.81430.18321390.168527192858100
1.8143-1.910.19791430.151727202863100
1.91-2.02960.18741530.128527232876100
2.0296-2.18640.1421280.119327062834100
2.1864-2.40640.16111270.118727492876100
2.4064-2.75460.16671430.124227172860100
2.7546-3.47050.17411240.13227572881100
3.4705-69.02870.16811430.13272779292299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7141-0.84580.3814.81350.00484.1106-0.0120.39590.3663-0.1625-0.1179-0.4029-0.46320.94610.05210.2339-0.0684-0.01750.41160.080.182266.5463-0.11399.5646
25.2742-2.4755-3.56144.05126.25979.8637-0.05050.18310.2386-0.1791-0.06090.0176-0.73650.48990.06350.3182-0.0333-0.03960.28280.0470.172960.90214.30534.0608
30.2891-0.45190.91281.7858-0.34716.3228-0.09470.04770.08610.0674-0.0237-0.0359-0.22540.40240.10660.1631-0.0175-0.02590.19230.00570.153757.0586-1.549212.9647
43.358-1.31911.50365.8624-5.34276.3458-0.08850.30220.1072-0.15630.02430.0053-0.1725-0.48930.02790.19660.0025-0.02870.218-0.03560.147450.0786-0.934510.7812
56.3007-3.71930.77634.6283-0.2679.4812-0.1138-0.060.06280.085-0.00310.3299-0.5287-0.74680.10610.14040.002-0.00250.2128-0.02180.14447.9232-3.126522.2579
62.34070.00320.71345.07373.95289.18990.05090.18-0.2657-0.0426-0.07730.17850.54440.06650.09230.15480.0112-0.01790.1192-0.01150.1458.3973-11.722220.8718
72.7376-0.48710.7211.97520.82355.1071-0.01840.09020.15730.1382-0.0048-0.1561-0.02130.3943-0.0020.14110.011-0.03040.16040.02690.149566.7047-4.999325.7317
83.5301-0.1731-0.36642.90990.05144.5494-0.09490.0466-0.19050.04970.0313-0.12020.4340.63340.06410.15480.0508-0.03780.2136-0.00070.151568.615-10.369426.8833
97.4675-2.66-5.58636.97441.28174.9224-0.079-0.2848-0.02340.2930.0299-0.11340.15460.4191-0.00990.17690.0267-0.08830.3068-0.0060.183773.5134-6.071132.0007
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 37 through 90 )A37 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 105 )A91 - 105
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 106 through 124 )A106 - 124
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 125 through 138 )A125 - 138
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 139 through 159 )A139 - 159
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 160 through 184 )A160 - 184
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 185 through 217 )A185 - 217
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 218 through 245 )A218 - 245
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 246 through 257 )A246 - 257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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